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Yorodumi- PDB-4f2m: Crystal structure of a TGEV coronavirus Spike fragment in complex... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f2m | |||||||||
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Title | Crystal structure of a TGEV coronavirus Spike fragment in complex with the TGEV neutralizing monoclonal antibody 1AF10 | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / beta-barrel / immunoglobulin / virus entry / virus neutralization / cellular receptor / aminopeptidase N / glycosylation / virus membrane / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information : / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) TGEV virulent Purdue (virus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | |||||||||
Authors | Reguera, J. / Santiago, C. / Mudgal, G. / Ordono, D. / Enjuanes, L. / Casasnovas, J.M. | |||||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2012 Title: Structural bases of coronavirus attachment to host aminopeptidase N and its inhibition by neutralizing antibodies. Authors: Reguera, J. / Santiago, C. / Mudgal, G. / Ordono, D. / Enjuanes, L. / Casasnovas, J.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f2m.cif.gz | 464 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f2m.ent.gz | 388.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f2m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4f2m_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4f2m_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 4f2m_validation.xml.gz | 48.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4f2m_validation.cif.gz | 65.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2m | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules EF
#3: Protein | Mass: 23191.023 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 481-650 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) TGEV virulent Purdue (virus) / Strain: SC11 / Gene: S / Plasmid: pBJ5-GS / Cell line (production host): CHO Lec 3.2.8.1 / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) / References: UniProt: Q0PKZ5 |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Antibody | Mass: 23643.396 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Description: Fab fragment prepared by papain digestion / Cell: hybridoma #2: Antibody | Mass: 23484.758 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Description: Fab fragment prepared by papain digestion / Cell: hybridoma |
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-Sugars , 2 types, 5 molecules
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-NAG / | |
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-Non-polymers , 2 types, 4 molecules
#5: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 16% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M 1,2,3-octanetriol isomer T, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 27, 2007 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→25 Å / Num. all: 35787 / Num. obs: 33913 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 8.4 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.16 Å / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4997 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 95.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3→25 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1 / Phase error: 27.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.586 Å2 / ksol: 0.264 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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