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- PDB-6vmj: Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vmj | ||||||
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Title | Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / CFD / Factor D / Fab / HYDROLASE / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | ![]() complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / complement activation / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, P. / Harris, S.F. / Eigenbrot, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of human Complement Factor D with anti-Factor D Fab 20D12 Authors: Dion, M. / Wu, P. / Morando, A. / Bullen, G. / Shatz, W. / Harris, S.F. / Eigenbrot, C. / Loyet, K.M. / Yadav, D. / Tassew, N. / Booler, H. / Scheer, J. / Kelley, R.F. / Tesar, D.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 276.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 279.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 2.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6vmkC ![]() 4d9rS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23360.787 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23668.393 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 24438.807 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Chemical | ChemComp-CIT / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.35 Å3/Da / Density % sol: 71.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1 M sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 29, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00003 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.95→50 Å / Num. obs: 106295 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 55.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 767163 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4D9R Resolution: 2.95→47.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9177 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8686 / SU R Cruickshank DPI: 0.563 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.54 / SU Rfree Blow DPI: 0.332 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.34
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Displacement parameters | Biso max: 172.25 Å2 / Biso mean: 53.17 Å2 / Biso min: 8.89 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.498 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.95→47.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.95→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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