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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b9k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CD8alpha-beta in complex with YTS 156.7 FAB | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin domain / V-set / IgSF dimer / Glycoprotein / Immune response / Membrane / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / calcium-mediated signaling / T cell receptor signaling pathway / defense response to virus ...cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / calcium-mediated signaling / T cell receptor signaling pathway / defense response to virus / adaptive immune response / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shore, D. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of CD8 in Complex with YTS156.7.7 Fab and Interaction with Other CD8 Antibodies Define the Binding Mode of CD8 alphabeta to MHC Class I 著者: Shore, D.A. / Issafras, H. / Landais, E. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 272 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 217.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Refine code: 6
NCSアンサンブル:
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要素
-T-cell surface glycoprotein CD8 ... , 2種, 4分子 AEBF
#3: タンパク質 | 分子量: 14783.935 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig-like V-type domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SC2 / 参照: UniProt: P01731 #4: タンパク質 | 分子量: 14080.103 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig-like V-type domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SC2 / 参照: UniProt: P10300 |
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-抗体 , 2種, 4分子 LCHD
#1: 抗体 | 分子量: 23459.062 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 22864.342 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-糖 / 非ポリマー , 2種, 38分子 


#5: 糖 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 8000, 0.1 M Na/K phosphate, 0.2 M NaCl, pH 6.2, sitting drop, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93.2 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Av σ(I) over netI: 9.6 / 数: 147032 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.04 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44334 / % possible obs: 97.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 45395 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 70.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique all: 4468 / Χ2: 1.078 / % possible all: 99.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.349 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.33 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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