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- PDB-3b9k: Crystal structure of CD8alpha-beta in complex with YTS 156.7 FAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b9k
タイトルCrystal structure of CD8alpha-beta in complex with YTS 156.7 FAB
要素
  • (T-cell surface glycoprotein CD8 ...) x 2
  • Fab Heavy chain
  • Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin domain / V-set / IgSF dimer / Glycoprotein / Immune response / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / calcium-mediated signaling / T cell receptor signaling pathway / defense response to virus ...cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class I protein binding / coreceptor activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / calcium-mediated signaling / T cell receptor signaling pathway / defense response to virus / adaptive immune response / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / CD8 alpha subunit / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shore, D. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2008
タイトル: The Crystal Structure of CD8 in Complex with YTS156.7.7 Fab and Interaction with Other CD8 Antibodies Define the Binding Mode of CD8 alphabeta to MHC Class I
著者: Shore, D.A. / Issafras, H. / Landais, E. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
履歴
登録2007年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22013年9月25日Group: Derived calculations
改定 1.32016年6月22日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Fab Light Chain
H: Fab Heavy chain
A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
B: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
C: Fab Light Chain
D: Fab Heavy chain
E: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
F: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,81710
ポリマ-150,3758
非ポリマー4422
64936
1
L: Fab Light Chain
H: Fab Heavy chain
A: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
B: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4095
ポリマ-75,1874
非ポリマー2211
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area30590 Å2
手法PISA
2
C: Fab Light Chain
D: Fab Heavy chain
E: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
F: T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4095
ポリマ-75,1874
非ポリマー2211
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area30770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.779, 92.747, 190.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21D
12L
22D
13H
23B
14H
24B
15C
25A
16F
26E

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRALAALALA5 - 1005 - 99
221GLNGLNTYRTYRDF5 - 1005 - 103
112ASPASPTHRTHRLA110 - 200109 - 199
222THRTHRPROPRODF110 - 200114 - 191
113GLNGLNTHRTHRHB5 - 1105 - 114
223PROPROVALVALBD5 - 1175 - 117
114SERSERVALVALHB120 - 210124 - 199
115THRTHRGLUGLUCE5 - 1055 - 104
225PROPROILEILEAC5 - 1055 - 105
216ALAALALYSLYSEG4 - 1214 - 121

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
T-cell surface glycoprotein CD8 ... , 2種, 4分子 AEBF

#3: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-2 / CD8a antigen


分子量: 14783.935 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig-like V-type domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8a, Lyt-2, Lyt2 / プラスミド: pRMHa3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SC2 / 参照: UniProt: P01731
#4: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD8 beta chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-3 / T-cell membrane glycoprotein Ly-3 / Lymphocyte antigen 3 / CD8b antigen


分子量: 14080.103 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig-like V-type domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8b, Cd8b1, Ly-3, Lyt-3, Lyt3 / プラスミド: pRMHa3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SC2 / 参照: UniProt: P10300

-
抗体 , 2種, 4分子 LCHD

#1: 抗体 Fab Light Chain


分子量: 23459.062 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rattus rattus (エジプトネズミ) / 細胞株: hybridoma / : YTS156.7
#2: 抗体 Fab Heavy chain


分子量: 22864.342 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab Fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rattus rattus (エジプトネズミ) / 細胞株: hybridoma / : YTS156.7

-
/ 非ポリマー , 2種, 38分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 296 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 8000, 0.1 M Na/K phosphate, 0.2 M NaCl, pH 6.2, sitting drop, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 9.6 / : 147032 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.04 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44334 / % possible obs: 97.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
5.815091.710.0620.967
4.625.8194.110.1021.072
4.034.6294.910.1211.078
3.664.0396.710.161.028
3.43.669910.1961
3.23.499.810.2010.978
3.043.299.910.2511.061
2.913.0499.810.3241.056
2.82.9199.910.4271.083
2.72.899.810.5791.078
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 45395 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 70.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique all: 4468 / Χ2: 1.078 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→42.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 32.285 / SU ML: 0.327 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.22 / ESU R Free: 0.389 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 2216 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.238 42077 97.57 %-
all-42077 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.349 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.44 Å20 Å20 Å2
2--2.26 Å20 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→42.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10234 0 28 36 10298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02210500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.027042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.95714262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9073.00217238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.61251316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95824.417412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.508151768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6091540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022058
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.21903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.26879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.24915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.25890
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0830.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3120.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2770.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.45238295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.32432656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.847510730
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.14584653
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.595113532
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1L1232LOOSE POSITIONAL0.345
2L1182LOOSE POSITIONAL0.415
3H1400LOOSE POSITIONAL0.375
4H1069LOOSE POSITIONAL0.45
5C1381LOOSE POSITIONAL0.495
6F1340LOOSE POSITIONAL0.45
1L1232LOOSE THERMAL2.1910
2L1182LOOSE THERMAL3.0910
3H1400LOOSE THERMAL2.3310
4H1069LOOSE THERMAL3.4810
5C1381LOOSE THERMAL210
6F1340LOOSE THERMAL2.210
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 176 -
Rwork0.35 3110 -
all-3286 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.047-0.158-0.11482.3459-1.39183.7626-0.06410.1236-0.2313-0.09540.11190.19920.185-0.0949-0.04780.0436-0.05370.0256-0.2441-0.0368-0.1367-11.457-52.99328.988
23.7105-1.3326-1.14872.85980.14864.23740.01890.07480.23890.0694-0.0448-0.0833-0.3646-0.02580.02590.1454-0.0606-0.0434-0.1790.0246-0.1106-10.893-31.57722.646
35.26631.0535-1.50557.3194-0.17063.55860.1363-0.5768-0.17061.8856-0.22490.9634-0.13940.1280.08860.4023-0.09330.327-0.64880.0556-0.142-24.77-31.20357.438
43.6763-3.4059-1.47779.73191.60694.35080.00910.0265-0.06520.54490.28882.29570.0067-0.3773-0.29790.0298-0.1130.3965-0.72580.06540.524-35.822-41.37453.551
52.90650.2779-0.41722.9795-1.824.5673-0.03780.0716-0.105-0.0562-0.01220.08960.26210.01490.050.04-0.0270.0343-0.3486-0.0589-0.188-11.574-99.06743.431
67.7354-3.4514-2.504910.01692.96111.4374-0.4197-0.1947-0.14641.61060.68612.2848-0.4335-0.6874-0.26640.44130.29390.5748-0.21320.34220.3543-36.817-89.71667.272
70.8145-0.0568-1.56494.08130.17084.49510.16350.01440.16120.21560.03810.0749-0.3888-0.0256-0.20160.0866-0.01020.0429-0.23270.0277-0.074-11.183-77.48537.897
88.1254-2.33290.219612.4945-8.883117.5056-0.6291-1.11410.36083.30120.9273-0.3995-1.62520.1229-0.29831.13690.43720.1779-0.3599-0.1631-0.0221-26.653-78.67872.163
98.9485-1.7767-1.82373.65031.09325.63590.1660.9206-0.6294-0.0664-0.17560.28950.19870.03770.0096-0.24760.02210.0262-0.053-0.0634-0.279715.777-95.2175.47
106.9845-0.4207-1.20564.34431.03654.85890.04370.6617-0.70420.0213-0.25630.25720.3271-0.02370.2127-0.2584-0.0060.03270.0135-0.0908-0.29615.768-50.32-9.373
113.4630.65040.61242.19550.42262.4565-0.13720.52880.2586-0.14330.0543-0.0315-0.18970.16350.0829-0.0816-0.01130.08320.01790.0225-0.183-2.792-84.85511.902
123.67860.160.5552.0390.4554.2916-0.00830.67050.2767-0.2049-0.0372-0.0261-0.24290.32040.0455-0.0845-0.01410.05580.00480.0381-0.2449-2.677-39.873-3.038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3H121 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4L110 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 109
6X-RAY DIFFRACTION6D110 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8B121 - 210
9X-RAY DIFFRACTION9A4 - 110
10X-RAY DIFFRACTION10C4 - 110
11X-RAY DIFFRACTION11E4 - 110
12X-RAY DIFFRACTION12R1 - 110

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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