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- PDB-1fns: CRYSTAL STRUCTURE OF THE VON WILLEBRAND FACTOR (VWF) A1 DOMAIN I5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fns
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE VON WILLEBRAND FACTOR (VWF) A1 DOMAIN I546V MUTANT IN COMPLEX WITH THE FUNCTION BLOCKING FAB NMC4
要素
  • (IMMUNOGLOBULIN NMC-4 IGG1) x 2
  • VON WILLEBRAND FACTOR
キーワードIMMUNE SYSTEM / VON WILLEBRAND FACTOR / GLYCOPROTEIN IBA (A:ALPHA) BINDING / COMPLEX (WILLEBRAND-IMMUNOGLOBULIN) / BLOOD COAGULATION TYPE 2B VON WILLEBRAND DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / positive regulation of intracellular signal transduction / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / Integrin cell surface interactions / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / B cell differentiation / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of immune response / platelet activation / response to wounding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / blood coagulation / antibacterial humoral response / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / integrin binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / : / cell adhesion / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / von Willebrand factor type C domain / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / : / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-1 chain C region secreted form / von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Varughese, K.I.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: von Willebrand factor conformation and adhesive function is modulated by an internalized water molecule.
著者: Celikel, R. / Ruggeri, Z.M. / Varughese, K.I.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of the Von Willebrand Factor A1 D Domain in Complex with the Function Blocking Nmc-4 DOMAIN IN COMPLEX WITH THE FUNCTION BLOCKING NMC-4 FAB
著者: Celikel, R. / Varughese, K.I. / Madhusudan / Yoshioka, A. / Ware, J. / Ruggeri, Z.M.
履歴
登録2000年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN NMC-4 IGG1
H: IMMUNOGLOBULIN NMC-4 IGG1
A: VON WILLEBRAND FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2303
ポリマ－70,2303
非ポリマー00
水11,458636
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.396, 62.673, 73.789
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1226-

HOH

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要素

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN NMC-4 IGG1


分子量: 23694.061 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA CELLS, MOPC21 CELLS / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN NMC-4 IGG1


分子量: 24105.848 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA CELLS, MOPC21 CELLS / 参照: UniProt: P01868*PLUS
#3: タンパク質 VON WILLEBRAND FACTOR


分子量: 22430.107 Da / 分子数: 1
断片: A1 DOMAIN RESIDUES 507 - 702, OR GLYCOPROTEIN IBA (A\:ALPHA) BINDING DOMAIN
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET8C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04275
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.27 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
260 mMcalcium acetate1drop
312 %(w/v)mPEG50001reservoir
40.12 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 23.5 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 57228 / % possible obs: 93.2 % / Num. measured all: 175343 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.4 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 666370.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1139 2.3 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.172 49150 80 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.94 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.96 Å20 Å2-0.09 Å2
2--5.52 Å20 Å2
3----1.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4900 0 0 636 5536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.22.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 136 2.3 %
Rwork0.208 5706 -
obs--57.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 0.4 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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