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- PDB-3rpk: Structure of the Full-Length Major Pilin RrgB from Streptococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rpk
タイトルStructure of the Full-Length Major Pilin RrgB from Streptococcus pneumoniae
要素Backbone pilus subunit
キーワードCELL ADHESION / Isopeptide bond / Ig-like fold / Cell wall / Peptidoglycan-anchor / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif ...Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Immunoglobulin-like - #740 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell wall surface anchor family protein / Backbone pilus subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Paterson, N.G. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structure of the Full-Length Major Pilin from Streptococcus pneumoniae: Implications for Isopeptide Bond Formation in Gram-Positive Bacterial Pili
著者: Paterson, N.G. / Baker, E.N.
履歴
登録2011年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Backbone pilus subunit
B: Backbone pilus subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,2672
ポリマ－130,2672
非ポリマー00
水00
1
A: Backbone pilus subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1331
ポリマ－65,1331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Backbone pilus subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1331
ポリマ－65,1331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.37, 107.93, 142.45
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Backbone pilus subunit


分子量: 65133.422 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-628, domains D1-D4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: rrgB / プラスミド: pDest17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7KT39, UniProt: A0A0H2UNM7*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.9M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 100mM ammonium iodide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月27日
放射モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 30964 / Num. obs: 30964 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2.9 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 46.78 Å2 / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4554 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2X9W

2x9w


解像度: 2.8→19.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8849 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2805 1570 5.09 %RANDOM
Rwork0.2174 ---
all0.2206 30964 --
obs0.2206 30817 --
原子変位パラメータBiso mean: 29.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.9006 Å20 Å20 Å2
2--6.0933 Å20 Å2
3---9.8073 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.392 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8964 0 0 0 8964
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3152SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes292HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1302HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9140HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1278SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10129SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9140HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12450HARMONIC21.32
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.13
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3289 172 5.62 %
Rwork0.2321 2890 -
all0.2376 3062 -
obs-3062 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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