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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cad
タイトルMechanism of farnesylated CAAX protein processing by the integral membrane protease Rce1
要素
  • (ANTIBODY FAB FRAGMENT ...) x 2
  • RAS AND A-FACTOR CONVERTING ENZYME 1, RCE1
キーワードPROTEIN BINDING / INTEGRAL MEMBRANE PROTEASE / MONOCLONAL ANTIBODY FAB FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


intramembrane prenyl-peptidase Rce1 / CAAX-box protein processing / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CAAX prenyl protease 2, MmRce1-like / Type II CAAX prenyl endopeptidase Rce1-like / Type II CAAX prenyl endopeptidase Rce1-like / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CAAX prenyl protease 2
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOCOCCUS MARIPALUDIS (古細菌)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kulkarni, K. / Manolaridis, I. / Dodd, R.B. / Cronin, N. / Ogasawara, S. / Iwata, S. / Barford, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Mechanism of Farnesylated Caax Protein Processing by the Intramembrane Protease Rce1
著者: Manolaridis, I. / Kulkarni, K. / Dodd, R.B. / Ogasawara, S. / Zhang, Z. / Bineva, G. / O'Reilly, N. / Hanrahan, S.J. / Thompson, A.J. / Cronin, N. / Iwata, S. / Barford, D.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
C: RAS AND A-FACTOR CONVERTING ENZYME 1, RCE1
D: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
E: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
F: RAS AND A-FACTOR CONVERTING ENZYME 1, RCE1
G: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
H: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
I: RAS AND A-FACTOR CONVERTING ENZYME 1, RCE1
J: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
K: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
L: RAS AND A-FACTOR CONVERTING ENZYME 1, RCE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,56316
ポリマ－316,95712
非ポリマー1,6064
水5,819323
1
A: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
C: RAS AND A-FACTOR CONVERTING ENZYME 1, RCE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5324
ポリマ－79,2393
非ポリマー2921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-32.4 kcal/mol
Surface area30530 Å2
手法PISA
2
D: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
E: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
F: RAS AND A-FACTOR CONVERTING ENZYME 1, RCE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5324
ポリマ－79,2393
非ポリマー2921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-31.5 kcal/mol
Surface area30540 Å2
手法PISA
3
G: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
H: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
I: RAS AND A-FACTOR CONVERTING ENZYME 1, RCE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7504
ポリマ－79,2393
非ポリマー5111
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-38.8 kcal/mol
Surface area30740 Å2
手法PISA
4
J: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
K: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
L: RAS AND A-FACTOR CONVERTING ENZYME 1, RCE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7504
ポリマ－79,2393
非ポリマー5111
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-39.6 kcal/mol
Surface area31050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.063, 90.087, 99.300
Angle α, β, γ (deg.)89.06, 102.29, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
抗体 , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: 抗体
ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN


分子量: 23664.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NATURAL SOURCE / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体
ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量: 24371.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 327分子 CFIL

#3: タンパク質
RAS AND A-FACTOR CONVERTING ENZYME 1, RCE1


分子量: 31204.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCOCCUS MARIPALUDIS (古細菌)
解説: LEIBNIZ-INSTITUT DSMZ - DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q6LZY8
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 12.5 MM MOPS PH 7.0, 350 MM NACL, 30% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91997
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→42.34 Å / Num. obs: 129829 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 42.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VG9

3vg9


解像度: 2.5→42.343 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 42.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 6440 5 %
Rwork0.2262 --
obs0.2282 128358 96.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.343 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21358 0 74 323 21755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00422034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88629982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9437662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.52840.35831700.33433254X-RAY DIFFRACTION79
2.5284-2.55820.35922180.33324057X-RAY DIFFRACTION96
2.5582-2.58940.352250.31424029X-RAY DIFFRACTION97
2.5894-2.62210.36452170.3184102X-RAY DIFFRACTION97
2.6221-2.65660.38242430.30674061X-RAY DIFFRACTION98
2.6566-2.6930.35982040.31484120X-RAY DIFFRACTION99
2.693-2.73150.35372200.29554205X-RAY DIFFRACTION99
2.7315-2.77220.34082160.28034146X-RAY DIFFRACTION99
2.7722-2.81550.3252120.27894141X-RAY DIFFRACTION99
2.8155-2.86170.31092180.26994163X-RAY DIFFRACTION99
2.8617-2.9110.26931940.26264218X-RAY DIFFRACTION99
2.911-2.9640.31522140.26774121X-RAY DIFFRACTION99
2.964-3.02090.30062160.26434117X-RAY DIFFRACTION98
3.0209-3.08260.30731990.26253869X-RAY DIFFRACTION92
3.0826-3.14960.28641970.24174138X-RAY DIFFRACTION99
3.1496-3.22280.28442170.24494207X-RAY DIFFRACTION100
3.2228-3.30340.25782410.2294114X-RAY DIFFRACTION100
3.3034-3.39270.28572360.22794136X-RAY DIFFRACTION99
3.3927-3.49250.26452370.22264184X-RAY DIFFRACTION100
3.4925-3.60510.21332210.21224215X-RAY DIFFRACTION100
3.6051-3.73390.24682410.2054125X-RAY DIFFRACTION100
3.7339-3.88330.22712180.19914145X-RAY DIFFRACTION99
3.8833-4.05990.24492040.19574219X-RAY DIFFRACTION99
4.0599-4.27380.22572260.1864131X-RAY DIFFRACTION99
4.2738-4.54130.22051900.17213968X-RAY DIFFRACTION94
4.5413-4.89140.20432040.16734151X-RAY DIFFRACTION99
4.8914-5.38280.19912400.17454185X-RAY DIFFRACTION100
5.3828-6.15960.24621960.18134175X-RAY DIFFRACTION99
6.1596-7.75270.26182600.20594127X-RAY DIFFRACTION99
7.7527-42.34940.30461460.24633095X-RAY DIFFRACTION73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.02062.28740.82813.5883-2.5594.66990.022-0.6685-0.38540.5237-0.7088-1.5944-0.1614-0.19440.76080.49630.1432-0.1940.5363-0.04830.8867-70.2992-18.4682-60.0165
28.2935-6.748-6.13728.36753.8024.99880.191-1.4760.1663-0.17660.54030.0561.4780.3526-0.75360.4865-0.1233-0.11190.4608-0.01530.4454-84.1051-15.415-62.6709
37.7484.55480.97416.89371.92059.40860.53910.16330.4324-0.1264-0.5792-0.6908-0.03430.50890.01490.29250.09880.02940.37790.10380.4637-70.978-7.6779-66.891
46.5805-1.88990.42655.12170.90061.82480.0417-0.1023-0.218-0.20590.0536-0.55460.16660.0596-0.15040.289-0.10060.07150.34860.09940.3672-73.3334-13.5172-67.8369
51.91781.04860.98481.75712.27247.44890.0093-0.1532-0.03660.22770.02070.11720.1043-0.1799-0.02850.424-0.0285-0.1270.3093-0.01810.8404-54.0089-8.8323-35.7618
64.24951.50262.06850.66490.39964.0779-0.66840.37681.1861-0.68950.12020.8229-0.40870.93470.46340.72340.0767-0.22410.46070.00880.5009-71.672810.0983-68.2019
77.62822.36191.97846.1741.08062.3501-0.1461-0.00090.74960.16270.10310.7173-0.28360.16290.00950.68440.1382-0.01990.276-0.05150.5388-79.34159.1049-65.3353
86.84120.2244.54495.09753.36167.3873-0.5141-0.01520.2543-0.26170.11530.3685-0.27060.36480.27890.47350.01320.01720.40430.16320.2708-76.64643.6117-66.8685
91.98230.53791.67260.6232-0.24612.3910.1418-0.07060.3836-0.2148-0.222-0.65560.18790.01260.06140.40060.1428-0.08610.3367-0.12240.7967-53.17922.4845-49.3261
104.6819-5.03162.77845.0035-2.95023.48020.10680.2259-0.0090.2591-0.53520.4778-0.39920.27370.45670.4853-0.0764-0.13950.394-0.14670.8745-43.01512.6845-42.3956
111.76880.0243-0.28820.81320.08694.8411-0.13860.1903-0.0019-0.3445-0.0050.51850.4025-1.20960.18930.6185-0.1059-0.16540.7209-0.00930.7435-104.9077-9.4413-87.1474
125.32560.64970.63132.7193-3.54385.068-0.0889-1.73680.72921.0713-0.3834-2.0097-0.74580.08390.41091.5823-0.1784-0.54861.2414-0.08141.1199-77.54372.9839-93.4216
131.58054.2440.87311.99042.30940.486-1.69510.84471.6218-2.54370.42260.9873-0.73191.33121.15241.8412-0.1123-0.17361.06190.17411.0647-83.7568-15.2585-86.2765
142.1580.32450.96791.30290.09515.4981-0.22970.3375-0.0115-0.54860.11210.4746-0.0795-1.10560.06040.6685-0.0316-0.23980.69870.00570.6694-101.2034-2.5432-91.5163
152.0103-1.9421-2.05193.0041-1.117.20890.33320.4965-1.0628-0.92490.0792.0673-0.5216-2.3953-0.47021.03560.0625-0.27331.66940.33931.1579-113.60863.6305-107.4763
164.7178-0.3893-0.50342.8321-0.53324.91980.5215-0.4147-0.1211-0.48590.50730.49490.122-0.0138-0.88820.5226-0.11250.02010.22-0.03880.461-127.6491-63.4387-60.2576
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43X-RAY DIFFRACTION43(CHAIN I AND RESID 61:70)
44X-RAY DIFFRACTION44(CHAIN I AND RESID 71:124)
45X-RAY DIFFRACTION45(CHAIN I AND RESID 125:268)
46X-RAY DIFFRACTION46(CHAIN J AND RESID 1:6)
47X-RAY DIFFRACTION47(CHAIN J AND RESID 7:24)
48X-RAY DIFFRACTION48(CHAIN J AND RESID 25:106)
49X-RAY DIFFRACTION49(CHAIN J AND RESID 107:155)
50X-RAY DIFFRACTION50(CHAIN J AND RESID 156:212)
51X-RAY DIFFRACTION51(CHAIN K AND RESID 1:62)
52X-RAY DIFFRACTION52(CHAIN K AND RESID 63:107)
53X-RAY DIFFRACTION53(CHAIN K AND RESID 108:134)
54X-RAY DIFFRACTION54(CHAIN K AND RESID 135:172)
55X-RAY DIFFRACTION55(CHAIN K AND RESID 173:225)
56X-RAY DIFFRACTION56(CHAIN L AND RESID 8:60)
57X-RAY DIFFRACTION57(CHAIN L AND RESID 61:70)
58X-RAY DIFFRACTION58(CHAIN L AND RESID 71:118)
59X-RAY DIFFRACTION59(CHAIN L AND RESID 123:128)
60X-RAY DIFFRACTION60(CHAIN L AND RESID 129:268)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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