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- PDB-4dqo: Crystal Structure of PG16 Fab in Complex with V1V2 Region from HI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dqo
タイトルCrystal Structure of PG16 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV-1 strain ZM109
要素
  • 1FD6-V1V2 scaffold ZM109 HIV-1 strain
  • PG16 Fab Heavy Chain
  • PG16 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / immune recognition / glycan / HIV-1 / V1V2 / Envelope glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulins ...Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.438 Å
データ登録者Pancera, M. / McLellan, J.S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for diverse N-glycan recognition by HIV-1-neutralizing V1-V2-directed antibody PG16.
著者: Pancera, M. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Doria-Rose, N.A. / McLellan, J.S. / Bailer, R.T. / Dai, K. / Loesgen, S. / Louder, M.K. / Staupe, R.P. / Yang, Y. / Zhang, B. / Parks, R. / Eudailey, J. ...著者: Pancera, M. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Doria-Rose, N.A. / McLellan, J.S. / Bailer, R.T. / Dai, K. / Loesgen, S. / Louder, M.K. / Staupe, R.P. / Yang, Y. / Zhang, B. / Parks, R. / Eudailey, J. / Lloyd, K.E. / Blinn, J. / Alam, S.M. / Haynes, B.F. / Amin, M.N. / Wang, L.X. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Nabel, G.J. / Mascola, J.R. / Bewley, C.A. / Kwong, P.D.
履歴
登録2012年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Derived calculations / Other
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32013年7月24日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12021年5月19日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 3.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: PG16 Fab Heavy Chain
L: PG16 Fab Light Chain
C: 1FD6-V1V2 scaffold ZM109 HIV-1 strain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1615
ポリマ－63,0343
非ポリマー3,1272
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint39 kcal/mol
Surface area27380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.054, 207.561, 87.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 PG16 Fab Heavy Chain


分子量: 26831.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PG16 Fab Light Chain


分子量: 22713.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 149分子 C

#3: タンパク質 1FD6-V1V2 scaffold ZM109 HIV-1 strain


分子量: 13489.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6TCP8*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1891.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-1-2-3-1-4-5-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d2-e1_e4-f1_f6-g2_h3-i1_h6-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% Isopropanol, 15% PEG 3550, 0.2M ammonium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射モノクロメーター: SI220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. all: 25408 / Num. obs: 25408 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rsym value: 0.181 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1700 / % possible all: 61.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MUG

3mug


解像度: 2.438→45.112 Å / SU ML: 0.79 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2295 1271 5.02 %Random
Rwork0.2014 ---
obs0.2028 25294 90.33 %-
all-25294 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.99 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.8664 Å2-0 Å2-0 Å2
2---7.0669 Å2-0 Å2
3----5.7995 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.438→45.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4109 0 211 148 4468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7236079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.3341656
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042731
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4383-2.53590.3251960.30681778X-RAY DIFFRACTION61
2.5359-2.65130.31581170.27872123X-RAY DIFFRACTION73
2.6513-2.7910.2781320.26482469X-RAY DIFFRACTION85
2.791-2.96590.28151570.23882796X-RAY DIFFRACTION96
2.9659-3.19480.27871370.23162920X-RAY DIFFRACTION99
3.1948-3.51620.27051580.21862914X-RAY DIFFRACTION99
3.5162-4.02470.2151660.18762942X-RAY DIFFRACTION100
4.0247-5.06960.16961590.14642992X-RAY DIFFRACTION100
5.0696-45.11950.19831490.18583089X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1530.83540.72863.99492.40224.6894-0.039-0.0789-0.0206-0.05510.1204-0.06750.2249-0.0201-0.09110.2391-0.01780.00590.22110.0460.115423.9581-61.969417.6696
22.2388-0.2472-0.16164.6076-1.434.4944-0.06350.31460.4274-0.11380.20170.5816-0.5804-0.4884-0.08730.29090.01080.0090.3710.07980.345118.7476-30.625911.386
31.7023-0.19190.41924.6523-1.67943.60930.04760.1126-0.2231-0.0246-0.0028-0.21260.50530.254-0.00220.31590.0531-0.03410.2781-0.04420.162627.411-67.3476-1.7159
42.90630.32940.49114.57561.20576.6350.02580.25840.5511-0.00870.3111-0.0159-0.2638-0.1865-0.26640.4619-0.1082-0.00280.31960.13810.346531.4571-26.39233.0097
50.63980.7527-0.78212.797-0.37211.1041-0.071-0.3434-0.72420.40210.04720.2110.62520.1205-0.08371.0421-0.00360.05840.42620.0360.817919.9505-99.49118.2109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain L and resid 1:110
2X-RAY DIFFRACTION2chain L and resid 111:210
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 1:137
4X-RAY DIFFRACTION4chain H and resid 138:216
5X-RAY DIFFRACTION5chain C and resid 119:317

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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