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- PDB-6phc: Pfs25 in complex with the human transmission blocking antibody 2544 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6phc | ||||||
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Title | Pfs25 in complex with the human transmission blocking antibody 2544 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab / Complex / Antigen / Immunoglobulin | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McLeod, B.R. / Julien, J.P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Potent antibody lineage against malaria transmission elicited by human vaccination with Pfs25. Authors: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. ...Authors: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. / King, C.R. / Julien, J.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 463.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 381.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 474.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 483.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 40.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 54.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20233.270 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 24460.242 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23834.557 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Chemical | ChemComp-GOL / Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.45 Å3/Da / Density % sol: 64.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M HEPES NaOH, pH 7.5, 20 % (w/v) PEG 4000, 10 % (v/v) 2-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 3, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→40 Å / Num. obs: 42529 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 9.9 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Redundancy: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.832 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4085 / CC1/2: 0.533 / Rpim(I) all: 0.249 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: in house model Resolution: 2.9→39.568 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.06
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→39.568 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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