PDB-3rr2: Structure of a Cysteine synthase (O-Acetylserine Sulfhydrylase (O...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rr2

タイトル

Structure of a Cysteine synthase (O-Acetylserine Sulfhydrylase (OASS)) from Mycobacterium marinum ATCC BAA-535 / M

要素

Cysteine synthase

キーワード

TRANSFERASE / O-Acetylserine Sulfhydrylase (OASS) / Cysteine synthase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium marinum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rr2.cif.gz	122.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rr2.ent.gz	94.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/3rr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/3rr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1edz-d 1urv-d 5xcw-d 6npz-1 2jdo-d 1kkq-2 3e87-2 1vzo-d 6bg2-1 20907 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MymaA.01147.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Cysteine synthase

ソフトウェアが定義した集合体
65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.190, 51.190, 229.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-445- HOH

#1: タンパク質	Cysteine synthase 分子量: 32803.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア) 株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: cysK1, MMAR_3645 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HL85, cysteine synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→46.76 Å / Num. obs: 23516 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 27.822 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 19.29

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.95-2		0.508	4.05	14396	1682	100
2-2.06		0.413	4.9	14434	1660	100
2.06-2.12		0.375	6.09	13764	1597	99.9
2.12-2.18		0.279	7.6	13901	1545	100
2.18-2.25		0.266	8.47	13636	1529	99.7
2.25-2.33		0.214	10.44	13356	1479	99.5
2.33-2.42		0.168	12.62	13375	1416	100
2.42-2.52		0.157	13.62	12927	1351	100
2.52-2.63		0.139	15.73	12730	1317	100
2.63-2.76		0.126	17.85	12444	1271	100
2.76-2.91		0.102	21.07	12117	1210	100
2.91-3.08		0.083	25.46	11789	1161	100
3.08-3.3		0.068	30.84	11280	1091	100
3.3-3.56		0.059	35.24	10705	1020	100
3.56-3.9		0.052	39.82	9967	957	100
3.9-4.36		0.047	43.75	9148	859	99.9
4.36-5.03		0.041	47.3	8311	789	100
5.03-6.17		0.042	43.18	7228	676	100
6.17-8.72		0.036	45.89	5694	552	100
	8.72	0.032	48	3067	354	98.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 55.19 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	19.65 Å
Translation	3 Å	19.65 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→46.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.2128 / WR_factor R_work: 0.1741 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8661 / SU B: 7.469 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1564 / SU R_free: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2319	1197	5.1 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.1902	23281	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 44.2 Å² / B_iso mean: 24.792 Å² / B_iso min: 2.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2089	0	0	179	2268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.275	1.977	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	3	3377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.911	5	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.064	24.211	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.997	15	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.912	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.741	1.5	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.179	1.5	591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.33	2	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.916	3	682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.19	4.5	598

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	89	-
R_work	0.205	1576	-
all	-	1665	-
obs	-	-	99.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.647	-0.1552	-0.312	0.5688	0.1624	0.7324	-0.036	0.0465	-0.0021	0.0878	0.0289	-0.0407	-0.0326	-0.0196	0.0072	0.0467	-0.0114	-0.0136	0.0899	0.0128	0.0704	15.2219	11.2861	107.8274
2	3.5628	0.5045	-0.7396	0.9598	-1.0497	1.2964	-0.078	0.5813	-0.1641	-0.1745	0.1431	0.0805	0.1941	-0.2797	-0.0651	0.032	-0.0281	-0.0137	0.179	-0.0453	0.0396	-0.1128	9.874	96.5553
3	2.0288	-0.2792	0.6063	1.7256	0.4671	3.1101	0.0293	0.262	0.0344	-0.0684	-0.0753	-0.0289	0.0718	-0.0331	0.046	0.0074	-0.0075	0.0103	0.1503	0.0037	0.0538	25.2794	4.3513	98.2094
4	0.2762	-0.2012	0.6918	0.8833	0.5449	3.9406	-0.0241	0.0239	-0.0816	0.0808	-0.0242	0.0686	0.0784	-0.2218	0.0483	0.0316	-0.0419	0.0157	0.1348	-0.068	0.1252	16.8283	-5.0053	100.7658
5	3.0253	0.553	-0.442	2.1221	0.2811	1.6634	-0.0031	-0.1439	-0.3134	0.0874	0.0317	0.0675	0.1155	-0.0834	-0.0286	0.047	-0.0129	-0.0156	0.0896	0.0172	0.0716	23.7851	-2.2046	106.693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	60 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	162 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	219 - 275
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	276 - 299

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)