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- PDB-3hmf: Crystal Structure of the second Bromodomain of Human Poly-bromodo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hmf
タイトルCrystal Structure of the second Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1)
要素Protein polybromo-1
キーワードTRANSCRIPTION / PB1 / polybromo 1 isoform 1 / BAF180 / Polybromo-1D / PBRM1 / BRG1-associated factor 180 / Bromodomain / Chromatin regulator / DNA-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / mitotic cell cycle / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group ...Protein polybromo-1, Bromodomain 5 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein polybromo-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Keates, T. / Muniz, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.
履歴
登録2009年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4956
ポリマ－13,2311
非ポリマー2645
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein polybromo-1
ヘテロ分子

A: Protein polybromo-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,99012
ポリマ－26,4632
非ポリマー52810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2810 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.810, 49.360, 33.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-9-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein polybromo-1 / PB1 / hPB1 / Polybromo-1D / BRG1-associated factor 180 / BAF180


分子量: 13231.299 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain, UNP residues 178-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PB1, PBRM1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q86U86
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 % / Mosaicity: 0.57 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.01M Zn_Cl, 15w/v PEG_6000, 10v/v ethylene_glycol, 5.5pH MES, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→28.15 Å / Num. all: 17439 / Num. obs: 17021 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2357 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 92.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.63 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å27.18 Å
Translation2.5 Å27.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NXB, 2OO1, 2OSS, 2OUO, 2RFJ, 3DAI, 3D7C, 3DWY

2nxb

2oo1

2oss

2ouo

2rfj

3dai

3d7c

3dwy


解像度: 1.63→27.177 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.892 / SU ML: 1.3 / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 821 4.93 %
Rwork0.171 --
all0.172 17489 -
obs0.172 16669 95.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.312 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 87.42 Å2 / Biso mean: 25.614 Å2 / Biso min: 7.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.601 Å20 Å21.609 Å2
2--7.902 Å20 Å2
3----5.301 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→27.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数924 0 8 200 1132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8481301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.175365
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.63-1.7320.1931260.1782389251587
1.732-1.8660.1941280.1632561268992
1.866-2.0530.1791250.1542657278296
2.053-2.3510.1691460.1482688283498
2.351-2.9610.2021390.1632747288699
2.961-27.1810.1951570.17228062963100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64130.50670.2681.34610.55651.20320.03660.0901-0.16070.0476-0.1002-0.10710.3239-0.18170.02630.1718-0.050.01280.0442-0.0270.107833.20296.69085.2207
20.3690.17520.00430.2106-0.4106-0.34510.1596-0.06280.05470.174-0.21250.1335-0.04050.04890.05090.1385-0.11220.03350.1975-0.05420.107917.61467.027611.3487
31.22050.6850.81620.54670.61731.78090.1623-0.1827-0.17120.139-0.1406-0.07030.4299-0.2232-0.02760.1634-0.0587-0.0030.04620.01550.08732.78797.249415.1039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 176:210)A176 - 210
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 211:241)A211 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 242:291)A242 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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