PDB-3bzv: Crystal structural of the mutated T264A EscU C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bzv

タイトル

Crystal structural of the mutated T264A EscU C-terminal domain

要素

(EscU) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / Auto cleavage protein / Intein / T3SS

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity / protein secretion / isomerase activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the essential self-cleaving type III secretion proteins EscU and SpaS.
著者: Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2008年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bzv.cif.gz	35.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bzv.ent.gz	25 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bzv_validation.pdf.gz	410.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bzv_full_validation.pdf.gz	411.2 KB	表示
XML形式データ	3bzv_validation.xml.gz	4.4 KB	表示
CIF形式データ	3bzv_validation.cif.gz	5.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bzlC 3bzoC 3bzpC 3bzrC 3bzsC 3bztC 3bzxC 3bzyC 3bzzC 3c00C 3c01C 3c03C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1i8v-2 6r1c-3 4i67-d 2qzj-2 5lzn-d 3fg8-5 1i7a-2 4ls4-2 2w2w-7 5u78-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EscU

B: EscU

15.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.086, 52.086, 155.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	EscU 分子量: 5991.751 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 215-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7DB59, UniProt: Q9AJ26*PLUS
#2: タンパク質	EscU 分子量: 9450.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 263-345 / Mutation: T264A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: Li2SO4, Bis-Tris, Peg3350, NaCl, pH 5.5, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 9981 / Num. obs: 9941 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 1.389 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.94-2.01	11.4	0.725	929	0.596	1	97.4
2.01-2.09	13.7	0.467	959	0.676	1	100
2.09-2.18	13.7	0.345	975	0.74	1	99.9
2.18-2.3	13.8	0.228	952	0.845	1	100
2.3-2.44	13.6	0.181	976	0.865	1	100
2.44-2.63	13.6	0.125	978	1.027	1	99.6
2.63-2.9	13.5	0.092	999	1.27	1	99.9
2.9-3.32	13.3	0.069	996	1.778	1	99.9
3.32-4.18	12.3	0.063	1032	3.184	1	99.8
4.18-50	11	0.051	1145	2.936	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.94→45.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 8.683 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	474	4.8 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
all	0.217	9981	-	-
obs	0.217	9886	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.088 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	-0.22 Å²	0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→45.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	825	0	0	31	856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	860
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.108	1.998	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.153	3	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.195	5	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.892	24.706	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.636	15	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	29.276	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.158	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	153
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.098	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.111	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.21	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.256	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.628	1.5	724
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.355	1.5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.006	2	871
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.743	3	395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.62	4.5	296

LS精密化シェル

解像度: 1.94→1.992 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	31	-
R_work	0.245	672	-
all	-	703	-
obs	-	-	98.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.9659	0.2962	1.1568	35.7439	-9.7807	2.8161	0.0371	-0.1699	-0.4277	-0.4231	-0.2989	-0.8408	-0.1534	-0.3642	0.2618	0	0.0622	0.063	0.1913	-0.0671	0.046	5.0699	21.9896	2.8098
2	24.5239	-3.0918	-5.7793	6.8721	-2.9502	5.4403	1.2883	-0.2581	-0.6644	0.4399	-1.1958	-1.599	1.7724	0.1107	-0.0926	0.1057	0.3267	-0.0633	-0.4134	0.0226	-0.1878	-3.6316	9.4042	4.7501
3	7.9332	0.3001	7.8715	3.8627	4.2123	25.5399	-0.0143	0.3974	-0.298	0.1417	0.1522	0.0074	0.2511	0.2709	-0.1379	-0.2799	0.022	-0.0132	-0.1795	-0.1162	-0.2076	-9.5225	16.1126	-0.7592
4	1.708	1.0305	0.6167	8.0212	6.2793	13.9048	0.0243	0.2478	-0.2201	0.3537	0.1865	-0.1052	0.1525	0.8402	-0.2108	-0.3064	0.0641	-0.034	-0.0719	-0.1329	-0.1642	-3.602	18.7577	2.8405
5	8.5489	-0.8913	-0.7667	14.0144	-8.2641	27.2298	0.2111	0.4882	-0.8243	1.1478	0.3856	-0.2185	2.7616	-0.0222	-0.5967	0.0016	0.1094	-0.0998	-0.4614	-0.191	-0.1955	-9.3421	6.0365	-1.5478
6	7.1534	2.193	1.3957	7.3302	-0.6376	4.4896	-0.065	1.3052	0.1797	-0.1395	0.3227	0.3893	0.1126	0.2422	-0.2577	-0.3086	0.0284	-0.0116	-0.0505	-0.1361	-0.2969	-10.2444	20.7467	-5.7045
7	9.9725	1.3977	0.3083	3.0656	2.9349	9.4648	-0.1565	0.168	0.3113	-0.0698	-0.0503	0.3908	-0.6889	-0.1287	0.2067	-0.2886	0.0108	-0.01	-0.1865	-0.1083	-0.2037	-9.0012	26.904	2.6358
8	18.7794	4.8554	0.9625	30.0172	5.7946	24.6841	-0.2185	-1.5865	-0.7366	2.5559	0.3039	1.7679	2.0354	-0.9039	-0.0854	-0.0446	-0.0579	0.2196	-0.0208	-0.1439	-0.0711	-19.1188	17.9458	9.0389

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	239 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	249 - 257
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	258 - 262
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	264 - 273
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	274 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	289 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	304 - 321
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	322 - 337
9	X-RAY DIFFRACTION	8	B	338 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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