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- PDB-4i67: Crystal structure of the RRM domain of RNA helicase HERA from T. ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i67
タイトルCrystal structure of the RRM domain of RNA helicase HERA from T. thermophilus in complex with GGGC RNA
要素
  • 5'-R(P*GP*GP*GP*(RPC))-3'
  • Heat resistant RNA dependent ATPase
キーワードHYDROLASE/RNA / unwinding / ATPase / heat resistant / RNA recognition motif / RNA binding / DEAD box protein / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #1800 / : / : / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD box helicase Hera, RNA-binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. ...Alpha-Beta Plaits - #1800 / : / : / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD box helicase Hera, RNA-binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Alpha-Beta Plaits / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Heat resistant RNA dependent ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Recognition of two distinct elements in the RNA substrate by the RNA-binding domain of the T. thermophilus DEAD box helicase Hera.
著者: Steimer, L. / Wurm, J.P. / Linden, M.H. / Rudolph, M.G. / Wohnert, J. / Klostermeier, D.
履歴
登録2012年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32014年11月26日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat resistant RNA dependent ATPase
B: 5'-R(P*GP*GP*GP*(RPC))-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9542
ポリマ－10,9542
非ポリマー00
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.435, 88.435, 28.943
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Heat resistant RNA dependent ATPase / HERA RNA helicase


分子量: 9578.012 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM domain (UNP residues 431-517) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: TT_C1895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72GF3, RNA helicase
#2: RNA鎖 5'-R(P*GP*GP*GP*(RPC))-3'


分子量: 1375.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 23S ribosomal RNA fragment
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.06 M sodium malonate, pH 6.0, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.13 M potassium/sodium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
PH範囲: 6-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99997 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月21日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.999971
211
反射解像度: 2.33→44.2 Å / Num. obs: 5963 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.76 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.33→2.43 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.868 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.868 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDS(VERSION March 15データ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3I31

3i31


解像度: 2.33→38.293 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 260 4.54 %RANDOM
Rwork0.1769 ---
obs0.1794 5726 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→38.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数585 94 0 11 690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.064964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.066280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005110
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.93580.37571170.2722702X-RAY DIFFRACTION100
2.9358-38.29860.21361430.1622764X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.19490.8722.34579.4716-3.49249.25530.0381-0.50410.16040.0715-0.09330.23530.3014-0.60830.01720.60420.03460.06330.5124-0.07630.460839.368-9.2319-5.4987
23.4657-2.8465-3.69483.04111.07399.4296-0.84671.176-1.025-1.0647-0.5748-0.13181.41050.18631.09481.45340.26670.11080.9635-0.00170.943645.2416-14.5341-15.3797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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