PDB-3bzx: Crystal structure of the mutated H265A EscU C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bzx

タイトル

Crystal structure of the mutated H265A EscU C-terminal domain

要素

(EscU) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / Auto cleavage protein / intein / T3SS

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity / protein secretion / isomerase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the essential self-cleaving type III secretion proteins EscU and SpaS.
著者: Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2008年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bzx.cif.gz	37.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bzx.ent.gz	26.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bzx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bzx_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bzx_full_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示
XML形式データ	3bzx_validation.xml.gz	7.4 KB	表示
CIF形式データ	3bzx_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bzlC 3bzoC 3bzpC 3bzrC 3bzsC 3bztC 3bzvC 3bzyC 3bzzC 3c00C 3c01C 3c03C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jml-d 3bzy-d 4wn5-1 2w2w-5 1p13-2 2m16-d 1bnz-d 6uyu-1 1x57-d 4q2q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EscU

B: EscU

ヘテロ分子

15.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: EscU

B: EscU

ヘテロ分子

A: EscU

B: EscU

ヘテロ分子

A: EscU

B: EscU

ヘテロ分子

A: EscU

B: EscU

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: EscU

B: EscU

ヘテロ分子

A: EscU

B: EscU

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: EscU

B: EscU

ヘテロ分子

A: EscU

B: EscU

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.739, 59.024, 72.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	EscU 分子量: 5991.751 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 215-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#2: タンパク質	EscU 分子量: 9412.995 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 263-345 / Mutation: H265A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EPEC E2348/69 / 遺伝子: escU / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AJ26
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: K2PO4 Peg3350, NaCl, Tris, pH 8.0, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→45.69 Å / Num. all: 16060 / Num. obs: 15546 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.034 / Χ²: 1.277 / Net I/σ(I): 23

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.66	6	0.237	1562	0.955	1	99.6
1.66-1.72	6.4	0.188	1568	1.041	1	100
1.72-1.8	6.6	0.133	1598	1.044	1	100
1.8-1.9	6.3	0.1	1581	1.435	1	99.7
1.9-2.02	5.9	0.075	1471	1.884	1	92.2
2.02-2.17	6	0.048	1457	1.479	1	90.8
2.17-2.39	6.6	0.036	1529	1.259	1	96.3
2.39-2.73	7.4	0.032	1616	1.33	1	99.9
2.73-3.44	7.6	0.023	1615	1.01	1	98.8
3.44-16	6.3	0.032	1549	1.51	1	90.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.6→16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 2.765 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	768	4.9 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
all	0.197	16060	-	-
obs	0.197	15521	96.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.302 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	789	0	5	92	886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.023	898
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.537	2.016	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.575	5	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.985	26.176	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.636	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.204	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	981
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	153
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.161	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.297	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.326	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.918	1.5	749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.231	1.5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.025	2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.056	3	399
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.896	4.5	308

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.488	66	-
R_work	0.436	1083	-
all	-	1149	-
obs	-	-	98.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.0322	5.0638	-5.3374	14.0748	-5.0726	10.3657	-0.2815	0.081	-0.0994	-1.0602	-0.1184	-0.6886	0.6252	0.2684	0.3999	0.1438	0.0356	0.0247	0.0298	0.0599	0.0707	-13.7932	-14.5187	-21.0796
2	3.6903	1.2794	2.8656	5.5701	1.0261	4.2308	-0.0194	0.0458	0.0344	0.067	0.0282	-0.0079	-0.0474	0.11	-0.0088	0.0771	-0.0155	-0.0257	0.0377	0.0302	0.0289	-12.2693	-19.9345	-9.2308
3	2.1876	2.718	1.0434	13.6342	2.1418	3.8139	-0.1495	0.2581	0.0981	-0.8492	-0.0897	0.438	-0.1017	0.2076	0.2392	0.1097	-0.0021	-0.0359	0.0898	0.0262	0.0546	-12.487	-24.2779	-16.7641
4	2.411	-1.4232	1.7335	3.9622	-5.0168	6.3747	-0.1275	0.1451	0.1307	0.5649	0.1194	0.1963	-0.7084	-0.0316	0.0081	0.1202	-0.0179	-0.0142	0.0099	0.0229	0.0036	-15.396	-15.5755	-8.1925
5	4.4154	0.6152	0.4411	5.4782	-1.4622	10.9956	-0.0267	0.0924	0.0936	0.063	-0.0367	-0.4785	0.0134	0.6271	0.0634	0.0156	-0.0086	-0.0095	0.0286	0.0198	0.0548	-4.3325	-26.2026	-9.0193
6	5.0459	0.5314	-4.8718	6.0821	-2.0918	12.0487	0.031	0.1072	-0.0909	-0.2419	-0.0757	0.0283	0.361	0.1624	0.0447	0.0694	0.0009	-0.0043	0.0314	-0.0163	0.0281	-11.0112	-34.3402	-11.4952
7	18.3585	-7.6695	3.0553	9.6529	-1.8362	2.2601	-0.15	-0.4796	0.0214	0.3966	0.2122	0.4998	-0.1095	-0.2453	-0.0622	0.0297	-0.013	0.0164	-0.0112	-0.0271	0.0742	-21.1256	-29.5488	-7.5838
8	17.645	1.8327	7.5387	0.5962	1.5878	4.8166	-0.6445	1.8279	0.2843	-0.5483	0.2552	-0.6718	-0.0692	0.2553	0.3893	0.0598	-0.0642	0.0244	0.1175	0.1303	0.2044	-31.3336	-23.197	-14.4173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	246 - 255
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	256 - 262
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	263 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	272 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	291 - 312
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	313 - 322
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	323 - 331
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	332 - 339
9	X-RAY DIFFRACTION	8	B	340 - 345

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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