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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3c01 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structural of native SpaS C-terminal domain | ||||||
Components | (Surface presentation of antigens protein ...) x 2 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / Auto cleavage protein / flagella / EscU / YscU / Intein / T3SS / membrane / Inner membrane / Transmembrane / Virulence | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2008Title: Structural analysis of the essential self-cleaving type III secretion proteins EscU and SpaS. Authors: Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3c01.cif.gz | 102.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3c01.ent.gz | 81.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3c01.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3c01_validation.pdf.gz | 520.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3c01_full_validation.pdf.gz | 530.1 KB | Display | |
| Data in XML | 3c01_validation.xml.gz | 18.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 3c01_validation.cif.gz | 25.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c01 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3bzlC ![]() 3bzoC ![]() 3bzpC ![]() 3bzrC ![]() 3bzsC ![]() 3bztC ![]() 3bzvC ![]() 3bzxC ![]() 3bzyC ![]() 3bzzC ![]() 3c00C ![]() 3c03C C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 269 - 276 / Label seq-ID: 11 - 18
|
-
Components
-Surface presentation of antigens protein ... , 2 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein/peptide | Mass: 5708.480 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 211-258 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (bacteria) / Strain: EPEC E2348/69 / Gene: spaS / Plasmid: pET28a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 11367.178 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 259-356 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (bacteria) / Strain: EPEC E2348/69 / Gene: spaS / Plasmid: pET28a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 46 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-CYS / #5: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.29 Å3/Da / Density % sol: 71.36 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 8 Details: (NH4)SO4, MPD, L-Cystein, NaCl, Tris, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 293K, pH 8.00 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 1 |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2007 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.6→83.62 Å / Num. obs: 36776 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.6→2.69 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / % possible all: 98.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 2.6→83.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 14.774 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.215 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 20.23 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→83.62 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Salmonella typhimurium (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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