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- PDB-2gj3: Crystal structure of the FAD-containing PAS domain of the protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gj3
タイトルCrystal structure of the FAD-containing PAS domain of the protein NifL from Azotobacter vinelandii.
要素Nitrogen fixation regulatory protein
キーワードTRANSFERASE / PAS domain / FAD / redox sensor / atomic resolution
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen fixation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogen fixation negative regulator NifL / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase ...Nitrogen fixation negative regulator NifL / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Nitrogen fixation regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Key, J. / Hefti, M. / Purcell, E. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure of the redox sensor domain of Azotobacter vinelandii NifL at atomic resolution: signaling, dimerization, and mechanism.
著者: Key, J. / Hefti, M. / Purcell, E.B. / Moffat, K.
履歴
登録2006年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0889
ポリマ－27,0872
非ポリマー2,0017
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
2
A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,53054
ポリマ－162,52212
非ポリマー12,00942
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area41030 Å2
ΔGint-571 kcal/mol
Surface area63150 Å2
手法PISA
3
A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子

A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子

A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,26527
ポリマ－81,2616
非ポリマー6,00421
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area22050 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area29480 Å2
手法PISA
4
A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子

A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子

A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,26527
ポリマ－81,2616
非ポリマー6,00421
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area18470 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area33620 Å2
手法PISA
5
A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子

A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,17718
ポリマ－54,1744
非ポリマー4,00314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area10750 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area23600 Å2
手法PISA
6
A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子

A: Nitrogen fixation regulatory protein
B: Nitrogen fixation regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,17718
ポリマ－54,1744
非ポリマー4,00314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
Buried area10280 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.111, 68.111, 302.064
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-653-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nitrogen fixation regulatory protein


分子量: 13543.469 Da / 分子数: 2 / 断片: PAS1 of NifL containing FAD (Residues 21-140) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: nifL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30663, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.25M Ammonium sulfate, 5% ethanol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→50 Å / Num. obs: 126308 / % possible obs: 94.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.03→1.07 Å / % possible obs: 63.1 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Num. unique obs: 8336 / Χ2: 0.792 / % possible all: 50

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.04→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 0.885 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 11569 10 %RANDOM
Rwork0.154 ---
all0.158 126308 --
obs0.158 115137 88.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.636 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å2-0.33 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1920 0 126 340 2386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0222015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.4582.0422768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.1735236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.16623.37777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58115310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1021513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1920.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.021449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.31054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.51402
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2720.5476
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2490.395
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3810.594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.121218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.92631900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.69221003
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9263868
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.50532176
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.5763337
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.2431940
LS精密化 シェル解像度: 1.04→1.067 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 463 -
Rwork0.259 4384 -
obs-4847 50.99 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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