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- PDB-3zxn: Moorella thermoacetica RsbS S58E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zxn
タイトルMoorella thermoacetica RsbS S58E
要素ANTI-SIGMA-FACTOR ANTAGONIST (STAS) DOMAIN PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / STAS domain / STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Anti-sigma-factor antagonist (STAS) domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Quin, M.B. / Berrisford, J.M. / Newman, J.A. / Basle, A. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The Bacterial Stressosome: A Modular System that Has Been Adapted to Control Secondary Messenger Signaling.
著者: Quin, M.B. / Berrisford, J.M. / Newman, J.A. / Basle, A. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J.
履歴
登録2011年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTI-SIGMA-FACTOR ANTAGONIST (STAS) DOMAIN PROTEIN
B: ANTI-SIGMA-FACTOR ANTAGONIST (STAS) DOMAIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3624
ポリマ－27,2462
非ポリマー1162
水3,045169
1
A: ANTI-SIGMA-FACTOR ANTAGONIST (STAS) DOMAIN PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6231
ポリマ－13,6231
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ANTI-SIGMA-FACTOR ANTAGONIST (STAS) DOMAIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7393
ポリマ－13,6231
非ポリマー1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.940, 60.820, 88.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ANTI-SIGMA-FACTOR ANTAGONIST (STAS) DOMAIN PROTEIN / RSBS


分子量: 13623.000 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2RIF5
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 58 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 58 TO GLU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.81 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES PH7, 8% (W/V) PEG 8000, 0.1 M SODIUM THIOCYANATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.94 Å / Num. obs: 21867 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 30.263 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VY9

2vy9


解像度: 1.9→29.144 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 1-2, 23 AND 121 TO 123 ARE DISORDERED IN CHAIN A. RESIDUES 1-4 AND RESIDUES 119 TO 123 ARE DISORDERED IN CHAIN B.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 2040 5 %
Rwork0.1919 --
obs0.1942 40692 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 73.257 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.582 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.9862 Å20 Å20 Å2
2--2.0881 Å20 Å2
3----12.0742 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.144 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1787 0 6 169 1962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0322521
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.751698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94420.30751580.2942561X-RAY DIFFRACTION99
1.9442-1.99280.29511410.26222590X-RAY DIFFRACTION99
1.9928-2.04670.3231210.23562623X-RAY DIFFRACTION99
2.0467-2.10690.2921430.22322563X-RAY DIFFRACTION99
2.1069-2.17490.26081450.22492631X-RAY DIFFRACTION99
2.1749-2.25260.25031300.20542596X-RAY DIFFRACTION99
2.2526-2.34280.26891250.18482590X-RAY DIFFRACTION99
2.3428-2.44930.26551120.18662609X-RAY DIFFRACTION100
2.4493-2.57840.28731340.19232605X-RAY DIFFRACTION99
2.5784-2.73980.28141450.19032596X-RAY DIFFRACTION99
2.7398-2.95120.24311390.20132588X-RAY DIFFRACTION99
2.9512-3.24780.2441380.18192589X-RAY DIFFRACTION99
3.2478-3.7170.2211570.17912591X-RAY DIFFRACTION100
3.717-4.67980.19131350.15792528X-RAY DIFFRACTION97
4.6798-29.14780.21681170.20082392X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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