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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n9l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Phot-LOV1 domain from Chlamydomonas reinhardtii in the dark state. | ||||||
![]() | putative blue light receptor | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / phototropin / flavin | ||||||
機能・相同性 | ![]() blue light signaling pathway / blue light photoreceptor activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity ...blue light signaling pathway / blue light photoreceptor activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fedorov, R. / Schlichting, I. / Hartmann, E. / Domratcheva, T. / Fuhrmann, M. / Hegemann, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures and molecular mechanism of a light-induced signaling switch: The Phot-LOV1 domain from Chlamydomonas reinhardtii. 著者: Fedorov, R. / Schlichting, I. / Hartmann, E. / Domratcheva, T. / Fuhrmann, M. / Hegemann, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 766.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 768.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11989.646 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 17-125 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET16 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.43 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: HEPES, ammonium sulfate, PEG8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 or Si311 crystals, LN2 cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→15 Å / Num. all: 16467 / Num. obs: 16142 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.351 / % possible all: 96.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 77830 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.351 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1G28 解像度: 1.9→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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