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- PDB-4mn6: Crystal structure of truncated PAS domain from S. aureus YycG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mn6
タイトルCrystal structure of truncated PAS domain from S. aureus YycG
要素Sensor protein kinase WalK
キーワードTRANSFERASE / PAS domain / Histidine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to phosphate starvation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain ...: / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor protein kinase WalK
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shaikh, N. / Hvorup, R. / Winnen, B. / Collins, B.M. / King, G.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PAS domain of S. aureus YycG
著者: Shaikh, N. / Hvorup, R. / Winnen, B. / Collins, B.M. / King, G.F.
履歴
登録2013年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein kinase WalK
B: Sensor protein kinase WalK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2344
ポリマ－24,1032
非ポリマー1312
水95553
1
A: Sensor protein kinase WalK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1172
ポリマ－12,0521
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sensor protein kinase WalK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1172
ポリマ－12,0521
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.650, 61.150, 95.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein kinase WalK


分子量: 12051.571 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 73-177 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: vicK, walK, yycG / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RDT3, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris (pH 8.0), 20 mM ZnCl2, 28% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→51.5 Å / Num. obs: 15549 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.0113 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4MN5

4mn5


解像度: 2.1→47.82 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 777 5.01 %
Rwork0.2205 --
obs0.2232 15502 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 2 53 1545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.392017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.248553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.23160.31151270.29332393X-RAY DIFFRACTION100
2.2316-2.40390.36031240.2732414X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.64580.30841410.26832417X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-3.02860.36051220.26842447X-RAY DIFFRACTION100
3.0286-3.81540.27181340.23012468X-RAY DIFFRACTION100
3.8154-47.83230.24431290.18392586X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.51322.0435-0.33698.10171.63488.66920.1858-0.5181-0.53440.6524-0.2555-0.38370.3810.18830.030.2943-0.0753-0.0650.57340.06290.37273.4843-13.4068-8.6146
26.0126-2.2919-5.08566.05573.17745.2827-0.3051-0.25610.68771.4294-0.2101-0.7185-0.0505-0.37480.58980.5792-0.1106-0.18710.6570.05560.7343-6.6244-19.1031-12.9949
30.94961.95511.38895.2510.4166.57-0.73911.4759-0.6703-0.19750.6685-0.4816-0.54040.82880.16070.3649-0.03680.00860.5264-0.13890.34346.7135-14.0144-16.2917
48.4819-0.4883-2.75354.52020.65248.77840.5994-0.08740.19890.5039-0.0822-0.5826-0.1695-0.553-0.57050.5264-0.0272-0.06340.4549-0.16780.6606-11.2857-24.9926-18.3151
57.3627-1.9951-1.6613.90023.5844.92650.2040.50860.6804-1.295-0.88351.0804-0.6146-2.07330.4560.6110.2406-0.0660.96-0.11190.5855-19.3571-23.4107-24.444
66.0399-6.22032.94276.4821-2.21595.7952-0.6792-0.0157-2.1461-0.30910.10571.88593.5753-1.71920.51591.182-0.18770.32970.7341-0.08020.7068-18.1955-37.6744-18.4229
73.5546-1.1823-2.05858.5055.44134.2466-0.8925-0.538-0.24440.3479-0.5252-0.08271.3325-1.08221.00510.4391-0.00110.08240.5051-0.08580.4756-10.342-32.3395-23.8958
80.0697-0.5170.39563.9363-2.98442.2513-0.0421-1.49131.45370.3419-0.77860.92931.58940.51390.62561.13720.32110.04191.6851-0.49161.0679-10.9893-27.4921-0.2098
98.4138-2.4266-5.03275.82672.89583.26960.0682-0.07880.76270.1160.515-0.48330.03770.1745-0.74050.4729-0.0106-0.0150.3427-0.08860.311-7.8184-28.5851-22.4629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 269 through 328 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 329 through 340 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 341 through 369 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 267 through 284 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 285 through 311 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 312 through 330 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 331 through 350 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 351 through 355 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 356 through 369 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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