+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bzl | ||||||
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Title | Crystal structural of native EscU C-terminal domain | ||||||
Components | (EscU) x 2 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / Auto cleavage protein / Intein / T3SS / Type III secretion system | ||||||
Function / homology | Function and homology information dioxygenase activity / protein secretion / isomerase activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 1.71 Å | ||||||
Authors | Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2008 Title: Structural analysis of the essential self-cleaving type III secretion proteins EscU and SpaS. Authors: Zarivach, R. / Deng, W. / Vuckovic, M. / Felise, H.B. / Nguyen, H.V. / Miller, S.I. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bzl.cif.gz | 61.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3bzl.ent.gz | 45.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bzl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3bzl_validation.pdf.gz | 463.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3bzl_full_validation.pdf.gz | 466.2 KB | Display | |
Data in XML | 3bzl_validation.xml.gz | 11.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3bzl_validation.cif.gz | 15.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3bzoC 3bzpC 3bzrC 3bzsC 3bztC 3bzvC 3bzxC 3bzyC 3bzzC 3c00C 3c01C 3c03C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 5991.751 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 215-262 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: EPEC E2348/69 / Gene: escU / Plasmid: pET28a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9AJ26 #2: Protein | Mass: 9480.065 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 263-345 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: EPEC E2348/69 / Gene: escU / Plasmid: pET28a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9AJ26 #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Chemical | ChemComp-FMT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: NaFormate, NaCl, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.97945 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97945 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 4.3 % / Av σ(I) over netI: 12 / Number: 35978 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.79 / D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 8295 / % possible obs: 99 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.71→50 Å / Num. all: 28254 / Num. obs: 27830 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 2.629 / Net I/σ(I): 19.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SIRAS |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 1.71→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.146 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.102 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.875 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.71→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.71→1.759 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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