PDB-2x5t: Crystal structure of ORF131 from Sulfolobus islandicus rudivirus 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x5t

タイトル

Crystal structure of ORF131 from Sulfolobus islandicus rudivirus 1

要素

ORF 131

キーワード

VIRAL PROTEIN / DOMAIN-SWAP / ARCHEAL VIRUS

機能・相同性

Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #60 / : / PHA01746-like protein / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / MALONATE ION / Uncharacterized protein 131

機能・相同性情報

生物種

SULFOLOBUS ISLANDICUS RUDIVIRUS 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Naismith, J.H. / White, M.F.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月10日	Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x5t.cif.gz	52.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x5t.ent.gz	38.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x5t_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x5t_full_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示
XML形式データ	2x5t_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	2x5t_validation.cif.gz	7.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/2x5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gSC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x7bC 2x7iC 2xu2C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zh2-d 2x5g-1 3i76-1 1oys-d 1r1s-5 1syx-1 4efr-4 4irv-2 4qhi-1 4irv-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ORF 131

ヘテロ分子

11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ORF 131

ヘテロ分子

A: ORF 131

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.810, 57.810, 69.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2004- HOH

#1: タンパク質	ORF 131 / UNCHARACTERIZED PROTEIN 131 / CAG38830 分子量: 11031.764 Da / 分子数: 1 / 断片: TRUNCATED VERSION, RESIDUES 2-96 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SULFOLOBUS ISLANDICUS RUDIVIRUS 1 (ウイルス) Variant: XX / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8QL44
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 2.1 M SODIUM MALONATE AND CRYOPROTECTED WITH 2.4 M MALONATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.6
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月12日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 6828 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X5G

2x5g

解像度: 2.2→50.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 12.682 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27493	337	4.7 %	RANDOM
R_work	0.22146	-	-	-
obs	0.22379	6828	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.914 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.09 Å²	0.55 Å²	0 Å²
2-	-	1.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	758	0	7	30	795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	779
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.984	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.795	3.001	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.014	5	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.617	25.676	37
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.949	15	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.139	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	833
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.204	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.223	1.5	638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.104	1.5	186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.976	2	757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.12	3	385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.596	4.5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	25	-
R_work	0.269	503	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 26.516 Å / Origin y: -9.337 Å / Origin z: 16.949 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.214 Å²	-0.0029 Å²	0.0202 Å²	-	-0.1999 Å²	0.01 Å²	-	-	-0.2137 Å²
L	3.0398 °²	0.4218 °²	-1.3675 °²	-	4.541 °²	2.9115 °²	-	-	8.0239 °²
S	-0.1643 Å °	0.2742 Å °	-0.219 Å °	-0.0193 Å °	-0.0563 Å °	0.162 Å °	0.2544 Å °	-0.5988 Å °	0.2206 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1096

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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