PDB-2x48: ORF 55 from Sulfolobus islandicus rudivirus 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x48

タイトル

ORF 55 from Sulfolobus islandicus rudivirus 1

要素

CAG38821

キーワード

VIRAL PROTEIN / ARCHEAL VIRUS

機能・相同性

Homeodomain-like domain / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein 56

機能・相同性情報

生物種

SULFOLOBUS ISLANDICUS ROD-SHAPED VIRUS 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S. / Naismith, J.H. / White, M.F.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x48.cif.gz	80.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x48.ent.gz	63.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x48.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/2x48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/2x48	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3dC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5k28-2 4kju-2 4w4m-13 4w4m-7 4w4m-1 3q1j-d 1fgp-d 6a8r-1 4uz0-2 4w4m-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CAG38821

B: CAG38821

C: CAG38821

ヘテロ分子

19.1 kDa, 3 ポリマー
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1

A: CAG38821

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
6.42 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CAG38821

ソフトウェアが定義した集合体
6.33 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CAG38821

ソフトウェアが定義した集合体
6.33 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	119.110, 119.110, 119.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
3	1	C
1	2	B
2	2	A
3	2	C
1	3	B
2	3	A
3	3	C
1	4	B
2	4	C
3	4	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	VAL	VAL	B	B	5 - 10	5 - 10
2	1	ILE	ILE	VAL	VAL	A	A	5 - 10	5 - 10
3	1	ILE	ILE	VAL	VAL	C	C	5 - 10	5 - 10
1	2	ARG	ARG	ASP	ASP	B	B	11 - 19	11 - 19
2	2	ARG	ARG	ASP	ASP	A	A	11 - 19	11 - 19
3	2	ARG	ARG	ASP	ASP	C	C	11 - 19	11 - 19
1	3	LEU	LEU	GLN	GLN	B	B	20 - 35	20 - 35
2	3	LEU	LEU	GLN	GLN	A	A	20 - 35	20 - 35
3	3	LEU	LEU	GLN	GLN	C	C	20 - 35	20 - 35
1	4	GLN	GLN	ARG	ARG	B	B	36 - 50	36 - 50
2	4	GLN	GLN	ARG	ARG	C	C	36 - 50	36 - 50
3	4	GLN	GLN	ARG	ARG	A	A	36 - 50	36 - 50

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	CAG38821 / UNCHARACTERIZED PROTEIN 56 / ORF55 分子量: 6328.236 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SULFOLOBUS ISLANDICUS ROD-SHAPED VIRUS 1 (ウイルス) Variant: XX / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q8QHM9
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: PH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→84.22 Å / Num. obs: 8384 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.6 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 36
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→84.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 25.848 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26657	419	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22316	-	-	-
obs	0.22528	8384	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 3.091 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→84.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1305	0	5	22	1332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.997	1.971	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.792	3	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.428	5	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.288	24.091	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.083	15	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.605	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.224	1.5	807
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.043	1.5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.449	2	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.837	3	532
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.543	4.5	495
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	2	A	70	loose positional	0.41	5
1	1	B	70	loose positional	0.22	5
1	3	C	70	loose positional	0.44	5
2	2	A	138	loose positional	0.43	5
2	1	B	138	loose positional	0.34	5
2	3	C	138	loose positional	0.48	5
3	2	A	206	loose positional	0.28	5
3	1	B	206	loose positional	0.31	5
3	3	C	206	loose positional	0.39	5
4	3	A	210	loose positional	0.87	5
4	1	B	210	loose positional	0.88	5
4	2	C	210	loose positional	1.04	5
1	2	A	70	loose thermal	1.41	10
1	1	B	70	loose thermal	0.75	10
1	3	C	70	loose thermal	0.73	10
2	2	A	138	loose thermal	0.63	10
2	1	B	138	loose thermal	0.37	10
2	3	C	138	loose thermal	0.9	10
3	2	A	206	loose thermal	1.11	10
3	1	B	206	loose thermal	0.82	10
3	3	C	206	loose thermal	1.44	10
4	3	A	210	loose thermal	1.37	10
4	1	B	210	loose thermal	0.77	10
4	2	C	210	loose thermal	0.9	10

LS精密化シェル

解像度: 2.599→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	38	-
R_work	0.294	597	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	48.3089	-21.1803	28.6413	32.2342	-27.2972	42.8888	-0.1621	0.4497	1.4666	0.2081	-0.202	-0.4303	-0.8597	0.1389	0.3641	0.6637	-0.0387	0.0431	0.1826	-0.0374	0.5826	-7.805	-8.153	47.102
2	37.0398	1.0212	18.9866	3.1288	-8.656	29.1832	-0.7877	0.809	1.9874	-0.392	0.0885	0.1615	-0.7831	0.0412	0.6993	0.7542	0.0216	-0.0089	0.4151	-0.0135	0.668	-8.444	-10.641	41.54
3	5.33	-2.3214	0.1639	10.4947	-5.456	14.7296	0.0131	0.3112	-0.2616	-0.3163	0.0427	-0.0404	0.0427	0.3222	-0.0558	0.3729	-0.0713	-0.0166	0.3451	-0.053	0.4854	-10.385	-20.272	49.192
4	13.5687	5.5038	1.2147	16.0594	-8.66	10.5916	-0.2655	1.0842	0.1869	-0.5383	0.7563	2.0195	0.0296	-1.4027	-0.4908	0.3947	0.0271	-0.0765	0.7929	-0.0808	0.9172	-19.443	-19.104	47.777
5	14.9396	1.7917	-4.9275	19.0748	-0.0505	13.0793	-0.0116	0.0737	0.7222	-0.0844	0.4094	0.5142	-0.4439	-1.7497	-0.3977	0.7113	0.0893	-0.0169	0.5444	0.1175	0.7	2.783	-10.431	46.948
6	6.877	0.4532	8.9251	26.8717	3.9925	41.2083	-0.3678	0.6844	0.7608	-0.4265	0.117	0.9687	-0.2631	-1.1748	0.2508	0.4746	-0.1062	-0.0327	0.6271	0.0734	0.687	4.966	-12.59	41.651
7	2.2384	-2.2387	5.9381	10.9505	-9.1469	25.671	0.1735	0.2936	0.086	-0.2656	0.0195	-0.1588	-0.0124	0.575	-0.193	0.4166	0.0116	0.0263	0.315	0.0227	0.5381	12.085	-19.064	49.483
8	14.6345	-3.1655	1.7744	11.5103	-0.2133	20.5204	0.3549	0.4967	-1.721	-0.6651	0.167	0.8437	1.6074	-1.591	-0.5219	0.5831	-0.187	-0.1328	0.4489	0.1339	0.78	5.934	-25.871	48.205
9	21.8438	10.1575	13.3966	36.4106	14.2865	15.045	-0.0347	-0.8923	-0.5253	-0.8956	-0.3697	1.0304	-0.4399	-0.6977	0.4043	0.3838	-0.0354	0.0983	0.5202	0.1195	0.7427	10.689	-2.393	47.278
10	18.7939	-5.293	-7.5396	23.1652	14.7527	30.0689	-0.7117	0.78	-0.7811	-0.734	-0.073	1.3068	0.6816	-0.1193	0.7847	0.5074	-0.028	0.0605	0.3395	0.0533	0.7071	13.215	-2.025	41.662
11	6.9967	-0.8682	7.3335	9.8466	5.3548	16.2767	-0.2772	-0.5062	-0.0484	-0.3891	-0.0592	-0.4589	-0.8357	0.11	0.3364	0.2296	-0.0332	0.1122	0.6563	0.0624	0.7529	22.464	0.863	49.231
12	24.8071	-1.8298	0.921	3.7942	2.892	8.3223	0.0775	0.5178	-0.4955	-0.2191	0.2919	-0.6924	1.0046	0.3591	-0.3694	0.5932	0.0331	0.0661	0.6564	0.0816	0.926	25.268	-7.685	47.581

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	36 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	20 - 35
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	36 - 54
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 10
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	20 - 35
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	36 - 54

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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