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- PDB-2x3m: Crystal Structure of Hypothetical Protein ORF239 from Pyrobaculum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x3m
タイトルCrystal Structure of Hypothetical Protein ORF239 from Pyrobaculum Spherical Virus
要素HYPOTHETICAL PROTEIN ORF239
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #670 / : / ORF239-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種PYROBACULUM SPHERICAL VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili, D. / Botting, C.H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H.
履歴
登録2010年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN ORF239


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4071
ポリマ－27,4071
非ポリマー00
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.898, 53.715, 95.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN ORF239


分子量: 27406.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PYROBACULUM SPHERICAL VIRUS (ウイルス)
プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q6ZYJ2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM ACETATE CRYOPROTECTION WITH 20% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.6
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→1.5 Å / Num. obs: 39560 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0079精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.45→19.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.098 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 1924 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.178 36291 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→19.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1347 0 0 212 1559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221469
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9161.9512004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79232458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0535183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.43222.31969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.67915257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7041516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9181.5870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3441.5346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54621413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4113582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.594.5566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.56838644
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.2545212
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.5252446
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 113 -
Rwork0.277 1968 -
obs--72.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.93318.5342-3.463312.8292-0.90195.5402-0.02880.0324-0.3182-0.1340.0024-0.75920.20760.36660.02640.08290.01910.03530.11590.03880.10711.19858.00923.19
25.04540.39521.69633.3488-0.3354.4823-0.0399-0.11710.0760.1265-0.0102-0.1201-0.18070.10740.05010.0586-0.00950.00480.03110.00970.04973.98367.37926.251
33.68962.1412-0.91273.6368-0.94531.93720.1172-0.10480.0540.3329-0.0938-0.0212-0.08440.1152-0.02340.10320.00830.00450.05010.00710.03431.70258.95134.565
47.3744-0.65922.6612.3764-1.09583.6820.03470.19370.0188-0.1692-0.0686-0.00670.0740.04680.03390.0696-0.00160.01410.02570.00470.02751.88650.4327.397
54.34510.12530.64231.7174-0.05782.3512-0.0313-0.115-0.0134-0.0778-0.0334-0.2222-0.01910.29770.06470.01660.0010.01150.07250.01930.03896.02745.94636.417
67.6199-5.6985-9.47539.84744.383720.98780.01620.1933-0.05190.24350.0290.7086-0.5473-1.0145-0.04530.05570.04080.03450.11130.01920.1061-11.52150.25341.729
74.3389-0.3233-1.66381.4350.25912.7266-0.0334-0.2968-0.15890.0777-0.05710.06040.07480.06190.09040.0096-0.00570.0040.06980.0350.0383-4.66741.01746.005
83.46232.2906-2.1747.2439-1.924.20360.2044-0.4673-0.00260.2405-0.1946-0.0384-0.28210.3876-0.00980.0435-0.0352-0.01210.12860.00420.0293-0.04949.62249.584
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A71 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2A83 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3A111 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4A144 - 160
5X-RAY DIFFRACTION5A161 - 175
6X-RAY DIFFRACTION6A176 - 187
7X-RAY DIFFRACTION7A188 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8A214 - 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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