PDB-2x3d: Crystal Structure of SSo6206 from Sulfolobus solfataricus P2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x3d

タイトル

Crystal Structure of SSo6206 from Sulfolobus solfataricus P2

要素

SSO6206

キーワード

UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

MTH889-like domain / Protein of unknown function DUF211 / MTH889-like domain superfamily / Uncharacterized ArCR, COG1888 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF211 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / McMahon, S.A. / McEwan, A.R. / White, M.F. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J. Struct. Funct. Genomics / 年: 2010
タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: targets, methods and outputs.
著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / McMahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...

履歴

登録	2010年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年3月28日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.4	2019年1月23日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x3d.cif.gz	283 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x3d.ent.gz	235.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/2x3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ivyC 2jg5C 2jg6C 2vw8C 2vxzC 2wj9C 2x0oC 2x3eC 2x3fC 2x3gC 2x3lC 2x3mC 2x3nC 2x3oC 2x48C 2x4gC 2x4hC 2x4iC 2x4jC 2x4kC 2x4lC 2x5cC 2x5dC 2x5fC 2x5gC 2x5hC 2x5pC 2x5qC 2x5rC 2x5tC 2x7bC 2x7iC 2xu2C 2raqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3aou-d 5y3k-d 2502 1680 3v4h-2 5ah2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SSO6206

B: SSO6206

C: SSO6206

D: SSO6206

E: SSO6206

F: SSO6206

G: SSO6206

H: SSO6206

84.4 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SSO6206

B: SSO6206

C: SSO6206

D: SSO6206

E: SSO6206

F: SSO6206

G: SSO6206

H: SSO6206

A: SSO6206

B: SSO6206

C: SSO6206

D: SSO6206

E: SSO6206

F: SSO6206

G: SSO6206

H: SSO6206

ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 16 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	151.090, 82.980, 69.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	A	A	4 - 24	5 - 25
2	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	B	B	4 - 24	5 - 25
3	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	C	C	4 - 24	5 - 25
4	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	D	D	4 - 24	5 - 25
5	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	E	E	4 - 24	5 - 25
6	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	F	F	4 - 24	5 - 25
7	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	G	G	4 - 24	5 - 25
8	1	1	ARG	ARG	GLU	GLU	2	H	H	4 - 24	5 - 25
1	2	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	A	A	26 - 63	27 - 64
2	2	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	B	B	26 - 63	27 - 64
3	2	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	C	C	26 - 63	27 - 64
4	2	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	D	D	26 - 63	27 - 64
5	2	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	E	E	26 - 63	27 - 64
6	2	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	F	F	26 - 63	27 - 64
7	2	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	G	G	26 - 63	27 - 64
8	2	1	ILE	ILE	ILE	ILE	2	H	H	26 - 63	27 - 64
1	1	2	ARG	ARG	ASN	ASN	2	A	A	64 - 84	65 - 85
2	1	2	ARG	ARG	ASN	ASN	2	B	B	64 - 84	65 - 85
3	1	2	ARG	ARG	ASN	ASN	2	C	C	64 - 84	65 - 85
4	1	2	ARG	ARG	ASN	ASN	2	D	D	64 - 84	65 - 85
5	1	2	ARG	ARG	ASN	ASN	2	E	E	64 - 84	65 - 85
6	1	2	ARG	ARG	ASN	ASN	2	F	F	64 - 84	65 - 85
7	1	2	ARG	ARG	ASN	ASN	2	G	G	64 - 84	65 - 85
8	1	2	ARG	ARG	ASN	ASN	2	H	H	64 - 84	65 - 85
1	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	4	A	A	0 - 3	1 - 4
2	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	4	B	B	0 - 3	1 - 4
3	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	4	C	C	0 - 3	1 - 4
4	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	4	D	D	0 - 3	1 - 4
5	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	4	E	E	0 - 3	1 - 4
6	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	4	G	G	0 - 3	1 - 4
7	1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	4	H	H	0 - 3	1 - 4
1	1	4	ARG	ARG	GLY	GLY	6	A	A	85 - 89	86 - 90
2	1	4	ARG	ARG	GLY	GLY	6	B	B	85 - 89	86 - 90
3	1	4	ARG	ARG	GLY	GLY	6	C	C	85 - 89	86 - 90
4	1	4	ARG	ARG	GLY	GLY	6	D	D	85 - 89	86 - 90
5	1	4	ARG	ARG	GLY	GLY	6	E	E	85 - 89	86 - 90
6	1	4	ARG	ARG	GLY	GLY	6	F	F	85 - 89	86 - 90
7	1	4	ARG	ARG	GLY	GLY	6	G	G	85 - 89	86 - 90
8	1	4	ARG	ARG	GLY	GLY	6	H	H	85 - 89	86 - 90

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	SSO6206 分子量: 10552.231 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: P2 / プラスミド: PEHISTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97ZR0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.75 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS ARE REPORTED IN MCEWAN ET AL.(2006)OVEREXPRESSION, PURIFICATION, CRYSTALLIZATION AND DATA COLLECTION OF SULFOLOBUS SOLFATARICUS SSO6206, A NOVEL HIGHLY CONSERVED ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS ARE REPORTED IN MCEWAN ET AL.(2006)OVEREXPRESSION, PURIFICATION, CRYSTALLIZATION AND DATA COLLECTION OF SULFOLOBUS SOLFATARICUS SSO6206, A NOVEL HIGHLY CONSERVED PROTEIN. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F. F62, 228-230, PH 7.75

結晶

マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 7.75
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS ARE REPORTED IN MCEWAN ET AL.(2006)OVEREXPRESSION, PURIFICATION, CRYSTALLIZATION AND DATA COLLECTION OF SULFOLOBUS SOLFATARICUS SSO6206, A NOVEL HIGHLY CONSERVED ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→29.6 Å / Num. obs: 21244 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0090	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RAQ

2raq

解像度: 2.7→29.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 28.899 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE STRUCTURE IS ONLY ORDERED FROM RESIDUES 0 TO 89. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24731	1155	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2262	-	-	-
obs	0.22734	21244	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.734 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	-0 Å²	0.25 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5462	0	0	11	5473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.124	1.998	7436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.805	3	9216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.914	5	726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.202	25	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.08	15	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.764	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6025
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	959
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.228	1.5	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.068	1.5	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.454	2	5787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.981	3	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.675	4.5	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	346	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	346	tight positional	0.02	0.05
1	3	C	346	tight positional	0.02	0.05
1	4	D	346	tight positional	0.02	0.05
1	5	E	346	tight positional	0.02	0.05
1	6	F	346	tight positional	0.03	0.05
1	7	G	346	tight positional	0.02	0.05
1	8	H	346	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	124	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	124	tight positional	0.02	0.05
2	3	C	124	tight positional	0.02	0.05
2	4	D	124	tight positional	0.03	0.05
2	5	E	124	tight positional	0.02	0.05
2	6	F	124	tight positional	0.03	0.05
2	7	G	124	tight positional	0.03	0.05
2	8	H	124	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	385	medium positional	0.02	0.5
1	2	B	385	medium positional	0.02	0.5
1	3	C	385	medium positional	0.02	0.5
1	4	D	385	medium positional	0.02	0.5
1	5	E	385	medium positional	0.03	0.5
1	6	F	385	medium positional	0.03	0.5
1	7	G	385	medium positional	0.02	0.5
1	8	H	385	medium positional	0.02	0.5
2	1	A	143	medium positional	0.02	0.5
2	2	B	143	medium positional	0.02	0.5
2	3	C	143	medium positional	0.02	0.5
2	4	D	143	medium positional	0.03	0.5
2	5	E	143	medium positional	0.04	0.5
2	6	F	143	medium positional	0.04	0.5
2	7	G	143	medium positional	0.03	0.5
2	8	H	143	medium positional	0.03	0.5
3	1	A	40	medium positional	0.38	0.5
3	2	B	40	medium positional	0.35	0.5
3	3	C	40	medium positional	0.39	0.5
3	4	D	40	medium positional	0.72	0.5
3	5	E	40	medium positional	0.64	0.5
3	3	F	40	medium positional	0.44	0.5
3	6	G	40	medium positional	0.4	0.5
4	1	A	72	loose positional	0.28	5
4	2	B	72	loose positional	0.35	5
4	3	C	72	loose positional	0.48	5
4	4	D	72	loose positional	0.5	5
4	5	E	72	loose positional	0.24	5
4	6	F	72	loose positional	0.65	5
4	7	G	72	loose positional	0.43	5
4	8	H	72	loose positional	0.28	5
1	1	A	346	tight thermal	0.04	0.5
1	2	B	346	tight thermal	0.04	0.5
1	3	C	346	tight thermal	0.05	0.5
1	4	D	346	tight thermal	0.04	0.5
1	5	E	346	tight thermal	0.04	0.5
1	6	F	346	tight thermal	0.04	0.5
1	7	G	346	tight thermal	0.04	0.5
1	8	H	346	tight thermal	0.04	0.5
2	1	A	124	tight thermal	0.04	0.5
2	2	B	124	tight thermal	0.03	0.5
2	3	C	124	tight thermal	0.04	0.5
2	4	D	124	tight thermal	0.04	0.5
2	5	E	124	tight thermal	0.04	0.5
2	6	F	124	tight thermal	0.03	0.5
2	7	G	124	tight thermal	0.04	0.5
2	8	H	124	tight thermal	0.04	0.5
1	1	A	385	medium thermal	0.04	2
1	2	B	385	medium thermal	0.04	2
1	3	C	385	medium thermal	0.04	2
1	4	D	385	medium thermal	0.04	2
1	5	E	385	medium thermal	0.04	2
1	6	F	385	medium thermal	0.04	2
1	7	G	385	medium thermal	0.04	2
1	8	H	385	medium thermal	0.04	2
2	1	A	143	medium thermal	0.04	2
2	2	B	143	medium thermal	0.04	2
2	3	C	143	medium thermal	0.05	2
2	4	D	143	medium thermal	0.05	2
2	5	E	143	medium thermal	0.05	2
2	6	F	143	medium thermal	0.05	2
2	7	G	143	medium thermal	0.05	2
2	8	H	143	medium thermal	0.05	2
3	1	A	40	medium thermal	0.35	2
3	2	B	40	medium thermal	0.21	2
3	3	C	40	medium thermal	0.2	2
3	4	D	40	medium thermal	0.29	2
3	5	E	40	medium thermal	0.44	2
3	3	F	40	medium thermal	0.35	2
3	6	G	40	medium thermal	0.35	2
4	1	A	72	loose thermal	1.87	10
4	2	B	72	loose thermal	0.55	10
4	3	C	72	loose thermal	1.32	10
4	4	D	72	loose thermal	5.66	10
4	5	E	72	loose thermal	1.27	10
4	6	F	72	loose thermal	1.34	10
4	7	G	72	loose thermal	2.82	10
4	8	H	72	loose thermal	0.55	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	93	-
R_work	0.305	1545	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4283	4.0342	-2.8064	9.0631	-2.922	10.5019	-0.0862	0.1714	0.2026	0.2601	0.2769	0.6136	-0.0094	-0.6094	-0.1907	0.0728	0.0467	0.0149	0.0953	0.0164	0.1127	-28.573	-16.291	12.927
2	10.6952	5.7716	-3.0961	3.8823	-3.9405	8.1896	-0.0941	0.3923	0.2861	0.1731	0.2636	0.27	-0.3098	-0.3115	-0.1695	0.2954	0.0334	0.0925	0.0694	-0.0711	0.2677	-23.521	-10.194	13.355
3	4.9233	-0.7148	-0.0448	11.1674	-3.6851	8.5262	0.0165	-0.0994	-0.1541	-0.1146	0.2688	0.7967	0.3339	-0.3613	-0.2853	0.0591	0.0222	0.0233	0.1159	-0.0321	0.2091	-31.691	-39.326	11.847
4	3.2676	4.8344	0.5544	13.786	-3.3084	8.4773	0.0074	-0.1092	-0.1228	0.0738	-0.0195	0.6318	-0.1809	-0.3384	0.0121	0.1158	0.1053	0.0445	0.1659	-0.0377	0.2831	-32.393	-31.549	11.668
5	8.4785	-2.9654	1.4645	8.5063	-1.9075	8.2268	0.224	-0.3367	-0.2305	-0.0502	-0.043	0.1907	0.1856	-0.1107	-0.181	0.0156	-0.0104	-0.007	0.1617	-0.0259	0.018	-17.092	-57.394	13.55
6	2.1874	-3.4956	2.1446	13.2844	-2.4994	6.8033	0.3216	-0.0247	-0.1064	0.1198	-0.2243	0.7325	-0.0049	-0.261	-0.0972	0.1327	0.0077	0.0423	0.2609	-0.0044	0.178	-23.184	-52.758	12.34
7	10.5813	0.5283	4.2319	4.3537	1.0553	9.6547	0.2853	-0.0982	-0.379	0.2527	-0.0101	-0.1575	0.1599	0.5651	-0.2752	0.1119	-0.0171	0.0201	0.1095	-0.0011	0.0489	5.642	-58.861	17.546
8	10.9873	-3.6986	6.3408	3.2862	0.0771	7.3591	0.1808	0.0945	-0.0857	0.2135	-0.2015	-0.0693	0.2432	0.1006	0.0207	0.1569	-0.1036	0.0619	0.1703	-0.0083	0.1269	-1.929	-60.02	16.188
9	5.8379	2.4229	1.2891	9.3077	4.1799	11.1745	0.072	-0.2606	0.0276	0.2425	-0.0249	-0.5135	-0.0518	0.0557	-0.0471	0.1105	0.0119	0.0008	0.1209	0.0815	0.1131	23.684	-44.55	20.1
10	12.4365	2.4291	7.1083	3.9533	3.8268	10.8112	-0.0832	-0.2681	-0.282	0.1132	-0.0156	-0.3046	0.1984	-0.1635	0.0988	0.2528	-0.0678	0.0475	0.1382	0.0998	0.1799	18.626	-50.547	19.258
11	4.1172	-0.7552	-1.1118	11.0429	2.8585	9.8372	-0.0895	-0.381	0.3562	0.2874	0.3277	-0.4607	-0.221	0.4756	-0.2382	0.081	0.0045	-0.0839	0.1565	-0.0187	0.1324	27.133	-21.296	20.142
12	6.4349	3.3643	1.4987	12.2211	5.6621	6.418	-0.3368	-0.4224	0.0308	-0.1271	0.3384	-0.2886	0.0978	0.1445	-0.0016	0.2592	0.0933	-0.0381	0.1722	0.0807	0.153	27.907	-29.48	19.633
13	9.7726	-4.0842	-1.3183	10.0082	0.9388	7.3151	0.0283	-0.5345	0.3321	0.3564	0.1555	-0.0916	-0.1209	-0.1582	-0.1838	0.048	-0.0078	-0.0158	0.1625	-0.0067	0.0303	12.423	-3.578	17.669
14	5.5841	-6.5777	-3.6985	11.1193	2.4265	7.4588	-0.0701	-0.396	0.3121	0.3795	0.0982	-0.3643	0.0558	0.1527	-0.0281	0.0948	0.0004	-0.0782	0.3449	-0.0401	0.1527	18.561	-8.24	18.16
15	10.4361	1.4427	-1.8075	4.4098	-0.9593	8.0642	0.1313	-0.2561	0.5391	0.3504	0.0183	0.2644	-0.103	-0.3372	-0.1495	0.0649	-0.0026	-0.0029	0.0519	-0.0101	0.106	-10.593	-1.88	15.145
16	11.082	-3.0342	-4.0344	5.1161	0.4093	7.4792	-0.0689	-0.2939	0.1799	0.4838	0.0895	0.0403	-0.0649	0.3404	-0.0206	0.1711	-0.062	-0.0711	0.165	-0.0327	0.1049	-2.335	-1.65	16.177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	64 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	0 - 63
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	64 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	0 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	64 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	0 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	64 - 89
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	2 - 63
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	64 - 89
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	0 - 63
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	64 - 89
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	0 - 63
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	64 - 90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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