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Yorodumi- PDB-3aou: Structure of the Na+ unbound rotor ring modified with N,N f-Dicyc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3aou | ||||||
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Title | Structure of the Na+ unbound rotor ring modified with N,N f-Dicyclohexylcarbodiimide of the Na+-transporting V-ATPase | ||||||
Components | V-type sodium ATPase subunit K | ||||||
Keywords | HYDROLASE / SODIUM ION TRANSPORT / V-ATPAse / DCCD / Membrane rotor ring | ||||||
Function / homology | Function and homology information proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterococcus hirae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 3.14 Å | ||||||
Authors | Mizutani, K. / Yamamoto, M. / Yamato, I. / Kakinuma, Y. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Murata, T. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2011 Title: Structure of the rotor ring modified with N,N'-dicyclohexylcarbodiimide of the Na+-transporting vacuolar ATPase. Authors: Mizutani, K. / Yamamoto, M. / Suzuki, K. / Yamato, I. / Kakinuma, Y. / Shirouzu, M. / Walker, J.E. / Yokoyama, S. / Iwata, S. / Murata, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3aou.cif.gz | 572.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3aou.ent.gz | 479.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3aou.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3aou_validation.pdf.gz | 775.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3aou_full_validation.pdf.gz | 808.7 KB | Display | |
Data in XML | 3aou_validation.xml.gz | 56.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3aou_validation.cif.gz | 73.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/3aou | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2db4SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16043.918 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus hirae (bacteria) / Gene: ntpK, ntpN / Production host: Enterococcus hirae (bacteria) / Strain (production host): 25D / References: UniProt: P43457 #2: Chemical | ChemComp-DCW / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.82 Å3/Da / Density % sol: 74.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 100mM Tris-HCl pH7.5, 4% Glycerol, 240mM potassium citrate, 35% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 25, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.14→48.79 Å / Num. all: 55386 / Num. obs: 51929 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
Reflection shell | Resolution: 3.14→3.31 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 7587 / Rsym value: 0.671 / % possible all: 94.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB ENTRY 2DB4 Resolution: 3.14→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 30.828 / SU ML: 0.237 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.279 / ESU R Free: 0.391 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 71.158 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.14→48.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.14→3.222 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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