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- PDB-5y3k: Crystal structure of horse TLR9 in complex with two DNAs (CpG DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y3k
タイトルCrystal structure of horse TLR9 in complex with two DNAs (CpG DNA and GCGCAC DNA)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*C)-3')
  • Toll-like receptor 9
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immunity / Toll-like receptor / Leucine-rich repeat / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell differentiation / endolysosome / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of B cell activation / unmethylated CpG binding / siRNA binding / positive regulation of immunoglobulin production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production ...regulation of B cell differentiation / endolysosome / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of B cell activation / unmethylated CpG binding / siRNA binding / positive regulation of immunoglobulin production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / phagocytic vesicle / positive regulation of B cell proliferation / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / defense response to virus / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / inflammatory response / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat unit / Leucine-rich repeat / TIR domain / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. ...Leucine-rich repeat unit / Leucine-rich repeat / TIR domain / Leucine Rich repeat / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Toll-like receptor 9
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ohto, U. / Shimizu, T.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Toll-like Receptor 9 Contains Two DNA Binding Sites that Function Cooperatively to Promote Receptor Dimerization and Activation
著者: Ohto, U. / Ishida, H. / Shibata, T. / Sato, R. / Miyake, K. / Shimizu, T.
履歴
登録2017年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 9
C: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*C)-3')
B: Toll-like receptor 9
D: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,74223
ポリマ－188,5766
非ポリマー4,16717
水1,26170
1
A: Toll-like receptor 9
C: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子

E: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,26111
ポリマ－94,2883
非ポリマー1,9738
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4850 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area34660 Å2
手法PISA
2
B: Toll-like receptor 9
D: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子

F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,48212
ポリマ－94,2883
非ポリマー2,1949
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5090 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area34860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.849, 126.502, 140.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 28 - 807 / Label seq-ID: 7 - 786

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BD

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CDEF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3066.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*C)-3')


分子量: 1794.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 72分子 AB

#1: タンパク質 Toll-like receptor 9


分子量: 89427.562 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-819 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: TLR9
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q2EEY0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 17分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4-6%(w/v) PEG 4000, 4-6%(v/v) 2-propanol, 0.2M NaCl, 0.1M citrate-NaoH pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.14 Å / Num. obs: 50239 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WPC

3wpc


解像度: 2.7→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 35.444 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.35 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24552 2533 5 %RANDOM
Rwork0.20533 ---
obs0.20739 47705 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.364 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.38 Å2-0 Å21.01 Å2
2---2.96 Å2-0 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11786 644 266 70 12766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01913081
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.94817954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.003327365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4551496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.70823.545536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.546152004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.711584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8675.265996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8645.265995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1667.8867488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1677.8877489
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8845.4727085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8845.4717084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2248.14510466
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.09359.25513564
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.09259.2513563
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 48188 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.01 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 178 -
Rwork0.361 3524 -
obs--99.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1872-0.029-0.12050.1745-0.02370.4102-0.03660.04580.0432-0.07220.01750.00680.08480.01540.01910.0796-0.0131-0.00580.03020.00370.05320.3843-0.69852.2402
20.0373-0.51960.02337.7305-0.33440.0148-0.0645-0.02910.0528-0.11280.0712-1.0958-0.0041-0.0126-0.00660.27760.22810.24240.19320.17190.341114.5147-14.838961.223
30.27281.2617-0.10396.2567-0.57940.06440.0598-0.0834-0.07260.0232-0.1398-0.36480.011-0.01790.080.1409-0.1117-0.01420.15560.00510.151416.291726.51467.9934
40.2210.0478-0.02810.1131-0.03410.6037-0.0794-0.086-0.03620.07760.0082-0.0313-0.0522-0.05580.07120.12490.0602-0.00210.04640.00380.0336-10.84834.700917.3775
50.26560.39010.66.73740.58031.3936-0.1928-0.01870.0223-0.20950.19610.7191-0.2037-0.0878-0.00330.2253-0.13410.17890.1626-0.13380.2949-24.7971-9.51188.379
60.7315-1.5966-0.0535.42570.93110.3479-0.16390.2148-0.12050.2678-0.07050.7554-0.05590.13460.23440.21350.0252-0.01820.20480.05110.1463-26.802131.9061.5259
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 1009
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION3E1 - 6
4X-RAY DIFFRACTION4B28 - 1010
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 6

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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