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万見
- PDB-5w7z: Crystal structure of DNA polymerase III subunit beta from Rickett... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w7z
タイトルCrystal structure of DNA polymerase III subunit beta from Rickettsia conorii
要素DNA polymerase III subunit beta
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia conorii (丘疹熱リケッチア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of DNA polymerase III subunit beta from Rickettsia conorii
著者: Bowatte, K. / Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly / Item: _pdbx_struct_assembly.details
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit beta
B: DNA polymerase III subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9346
ポリマ－86,6292
非ポリマー3044
水16,592921
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area33350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.520, 86.910, 79.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Dimer as determined by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit beta


分子量: 43314.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia conorii (strain ATCC VR-613 / Malish 7) (丘疹熱リケッチア)
株: ATCC VR-613 / Malish 7 / 遺伝子: dnaN, RC0583 / プラスミド: Rico.17987.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92I37, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Rigaku Reagents Precipitant Synergy Screen 2, condition e8:2.01 %v/v MPD, 13.4%w/v PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid pH 6.5: RicoA.17987.a.B1.PW38227 at 20 mg/ml, cryo 20% EG, tray ...詳細: Rigaku Reagents Precipitant Synergy Screen 2, condition e8:2.01 %v/v MPD, 13.4%w/v PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid pH 6.5: RicoA.17987.a.B1.PW38227 at 20 mg/ml, cryo 20% EG, tray 290986e8, puck sgk8-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月3日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→36.275 Å / Num. obs: 102967 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 21.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 17.29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.743.1050.5642.1275800.760.68399.4
1.74-1.793.4240.4552.8573810.860.53899.6
1.79-1.843.4280.3293.9171890.9230.38999.5
1.84-1.93.4320.255.1470090.9510.29699.6
1.9-1.963.4380.181767800.9710.21499.5
1.96-2.033.4380.1369.0865810.9840.16199.7
2.03-2.113.4430.10111.6563160.990.1299.7
2.11-2.193.4340.08314.3660990.9930.09899.5
2.19-2.293.4450.07116.5358360.9940.08499.7
2.29-2.43.4370.05919.3656320.9960.0799.6
2.4-2.533.4370.05321.3652780.9960.06299.6
2.53-2.693.4320.04624.5150630.9970.05499.7
2.69-2.873.4280.0427.647550.9970.04799.4
2.87-3.13.4070.03431.443780.9980.0499.3
3.1-3.43.3750.0336.0540500.9980.03699.3
3.4-3.83.3450.02739.6936870.9980.03299.2
3.8-4.393.4070.02442.5832580.9990.02899.4
4.39-5.383.3970.02244.3227540.9990.02699.5
5.38-7.63.4410.02343.0821550.9990.02799
7.6-503.2960.0245.511860.9990.02497.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12rc1_2807精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDN entry: 4tszA

解像度: 1.7→36.275 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1859 2000 1.94 %0, random
Rwork0.164 ---
obs0.1645 102941 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.68 Å2 / Biso mean: 29.5489 Å2 / Biso min: 12.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→36.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5794 0 20 932 6746
Biso mean--44.65 39.71 -
残基数----761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.838414
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581031
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0873915
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.74250.28561390.24571787317100
1.7425-1.78960.29031460.224871457291100
1.7896-1.84230.26191400.223171947334100
1.8423-1.90170.24621340.20772017335100
1.9017-1.96970.24461290.177772077336100
1.9697-2.04860.18891550.176471697324100
2.0486-2.14180.20571680.17372007368100
2.1418-2.25470.19561390.167572037342100
2.2547-2.39590.19661500.164471987348100
2.3959-2.58090.20011430.167371997342100
2.5809-2.84050.19271460.166172277373100
2.8405-3.25130.18971400.162872107350100
3.2513-4.09540.13671380.142672687406100
4.0954-36.28350.15811330.14387342747599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4229-0.0019-0.48290.93080.46574.6493-0.0206-0.0362-0.09350.0025-0.0151-0.00080.1109-0.12660.03320.1079-0.0042-0.00140.1258-0.00410.1432-10.8235-1.185810.8713
22.25830.041.30570.5809-0.03573.20220.0233-0.1478-0.0430.00670.02130.03710.0283-0.1815-0.03550.1408-0.00170.0150.1162-0.00490.1583-4.98421.901138.8187
32.976-0.517-0.73860.90.06181.25220.0414-0.16570.12640.03130.0295-0.0374-0.13770.0795-0.05440.1428-0.0160.01010.1369-0.01780.136720.69090.769747.1153
41.68280.24-0.20892.14040.27352.6817-0.00160.0073-0.0059-0.00580.02510.11930.0414-0.0177-0.01720.09860.004-0.00090.110.01470.135638.6757-11.356928.4856
52.1456-0.48191.46670.5302-0.39023.09790.22070.4259-0.2148-0.088-0.15820.01170.34780.3531-0.03680.22520.0384-0.01570.2061-0.040.178633.4771-18.50190.8576
62.5998-0.6450.15321.077-0.24811.58140.08240.3575-0.0937-0.0561-0.08160.0450.01530.04730.01280.1375-0.0068-0.00470.2102-0.0330.11729.866-8.3922-10.8469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 125 )A0 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 126 through 257 )A126 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 258 through 379 )A258 - 379
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 115 )B-1 - 115
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 116 through 257 )B116 - 257
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 258 through 379 )B258 - 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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