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万見
- PDB-2c04: GMPPCP complex of SRP GTPase Ffh NG Domain at ultra-high resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c04
タイトルGMPPCP complex of SRP GTPase Ffh NG Domain at ultra-high resolution
要素SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / GMPPNP / GTP-BINDING / RNA-BINDING / SRP / SRP54 / NUCLEOTIDE-BINDING / SIGNAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity
類似検索 - 分子機能
SRP54, nucleotide-binding domain / Signal recognition particle protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily ...SRP54, nucleotide-binding domain / Signal recognition particle protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Signal recognition particle protein
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS AQUATICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Ramirez, U.D. / Preininger, A.M. / Freymann, D.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Nucleotide-Binding Flexibility in Ultrahigh-Resolution Structures of the Srp Gtpase Ffh
著者: Ramirez, U.D. / Focia, P.J. / Freymann, D.M.
履歴
登録2005年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年10月16日Group: Advisory / Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_validate_polymer_linkage / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2 / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2666
ポリマ－65,1432
非ポリマー1,1234
水10,539585
1
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1734
ポリマ－32,5721
非ポリマー6013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0932
ポリマ－32,5721
非ポリマー5211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.006, 54.440, 98.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.804508, 0.001286, -0.593941), (0.015166, 0.999716, -0.018378), (0.059375, -0.023792, -0.804299)
ベクター: 92.1906)

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要素

#1: タンパク質 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN / FIFTY-FOUR HOMOLOG


分子量: 32571.637 Da / 分子数: 2 / 断片: NG, RESIDUES 1-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMUS AQUATICUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O07347
#2: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MANDATORY FOR EFFICIENT EXPORT OF EXTRA-CYTOPLASMIC PROTEINS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
解説: DATA WERE COLLECTED IN THREE OVERLAPPING RESOLUTION RANGES
結晶化pH: 4.7
詳細: 30% MPD, 0.1M NAACETATE, PH4.7, 20MM CACL2, 0.15M KOACETATE, 2MM MGCL2, 2MM GMPPCP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→19.6 Å / Num. obs: 192311 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JPN

1jpn


解像度: 1.15→19.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.58 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 13065 7.1 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.146 169992 89.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å2-0.44 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4557 0 66 585 5208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228559
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4872.03811608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.772319300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.52751109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.20622.93372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.466151567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.87815107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021718
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.26638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.22861
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.24228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0950.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1561.55622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6571.52233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.73928613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.29933347
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.7054.52994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 818 -
Rwork0.199 10713 -
obs--80.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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