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万見
- PDB-6fu4: Ligand binding domain (LBD) of the p. aeruginosa histamine recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fu4
タイトルLigand binding domain (LBD) of the p. aeruginosa histamine receptor TlpQ
要素Probable chemotaxis transducer
キーワードSIGNALING PROTEIN / chemotaxis / Pseudomonas aeruginosa / chemoreceptor / histamine
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methyl-accepting chemotaxis protein-like, first PDC sensor domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain ...Methyl-accepting chemotaxis protein-like, first PDC sensor domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HISTAMINE / PHOSPHATE ION / Methyl-accepting chemotaxis protein TlpQ
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Krell, T. / Conejero-Muriel, M. / Corral-Lugo, A. / Matilla, M.A. / Silva Jimenez, H. / Mesa Torres, N. / Martin-Mora, D.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
MICINNBIO2013-4297-P スペイン
MICINNBIO2016-74875-P スペイン
引用ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: High-Affinity Chemotaxis to Histamine Mediated by the TlpQ Chemoreceptor of the Human Pathogen Pseudomonas aeruginosa.
著者: Corral-Lugo, A. / Matilla, M.A. / Martin-Mora, D. / Silva Jimenez, H. / Mesa Torres, N. / Kato, J. / Hida, A. / Oku, S. / Conejero-Muriel, M. / Gavira, J.A. / Krell, T.
履歴
登録2018年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable chemotaxis transducer
B: Probable chemotaxis transducer
C: Probable chemotaxis transducer
D: Probable chemotaxis transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,65015
ポリマ－152,5884
非ポリマー1,06211
水5,495305
1
A: Probable chemotaxis transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4454
ポリマ－38,1471
非ポリマー2983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable chemotaxis transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3503
ポリマ－38,1471
非ポリマー2032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Probable chemotaxis transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5045
ポリマ－38,1471
非ポリマー3574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Probable chemotaxis transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3503
ポリマ－38,1471
非ポリマー2032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.616, 103.983, 147.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Probable chemotaxis transducer / LBD TlpQ


分子量: 38146.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA2654 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0I4

-
非ポリマー , 5種, 316分子

#2: 化合物
ChemComp-HSM / HISTAMINE / ヒスタミン


分子量: 111.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経伝達物質, ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 5.6
詳細: Counterdiffusion 1.5 M ammonium phosphate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97917, 0.97901, 0.97670
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979171
20.979011
30.97671
反射解像度: 2.45→84.98 Å / Num. obs: 46027 / % possible obs: 98.12 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 41.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4544 / CC1/2: 0.826 / % possible all: 98.06

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.45→84.98 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 -5 %Random
Rwork0.193 ---
obs-46027 98.12 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→84.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9065 0 70 305 9440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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