PDB-5t65: LIGAND BINDING DOMAIN OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 AMINO ACID C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t65

タイトル

LIGAND BINDING DOMAIN OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 AMINO ACID CHEMORECEPTOR PCTA IN COMPLEX WITH L-ILE

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein PctA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / LIGAND BINDING DOMAIN / Pseudomonas aeruginosa / CHEMOTACTIC TRANSDUCER

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid binding / response to amino acid / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Ortega, A. / Conejero-Muriel, M. / Zhulin, I. / Krell, T.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: How Bacterial Chemoreceptors Evolve Novel Ligand Specificities
著者: Gavira, J.A. / Jimenez-Rico, M. / Pineda-Molina, E. / Krell, T.

履歴

登録	2016年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月12日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t65.cif.gz	214.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t65.ent.gz	173.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t65_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t65_full_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示
XML形式データ	5t65_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	5t65_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lt9C 5ltoC 5ltvC 5ltxC 5t7mC 3c8cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t7m-1 6ioq-d 3jxi-4 5ltx-1 4m5t-1 2c04-1 5lto-1 3nsu-d 5t59-2 1em8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein PctA

B: Methyl-accepting chemotaxis protein PctA

ヘテロ分子

59.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl-accepting chemotaxis protein PctA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyl-accepting chemotaxis protein PctA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.610, 132.610, 77.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein PctA 分子量: 29473.318 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 30-278 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pctA, PA4309 / プラスミド: PET28B PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G3XD24
#2: 化合物	ChemComp-ILE / ISOLEUCINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	L-ISOLEUCINE (ILE): ILE A1264 BOUNDED TO CHAIN A ILE B 1267 BOUNDED TO CHAIN B

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.08 %
結晶化	温度: 293.5 K / 手法: liquid diffusion / pH: 5 詳細: Capillary COUNTER-DIFFUSION: 2.8 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE pH 5.0, T 20 C PH範囲: 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月25日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→33.153 Å / Num. obs: 39288 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 38.91 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/av σ(I): 20.99 / Net I/σ(I): 20.99
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / CC_1/2: 0.866 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
SCALA	データスケーリング
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C8C

3c8c

解像度: 2.2→33.153 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.07

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2038	1973	5 %	Random selection
R_work	0.1663	-	-	-
obs	0.1681	39271	99.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.153 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3668	0	31	248	3947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4015
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.162	5491
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.38	1500
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	718

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.255	0.2236	153	0.1982	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.255-2.316	0.2859	147	0.197	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.316-2.3841	0.2565	129	0.1914	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3841-2.4611	0.2262	140	0.1878	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4611-2.549	0.2336	134	0.1833	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.549-2.651	0.2485	143	0.1759	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.651-2.7716	0.2442	135	0.187	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7716-2.9176	0.218	138	0.1922	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9176-3.1003	0.2464	138	0.2013	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1003-3.3395	0.2365	133	0.1826	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3395-3.6752	0.1906	162	0.1682	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6752-4.2061	0.1663	133	0.1438	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2061-5.2957	0.1629	164	0.1287	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2957-33.1562	0.195	124	0.159	2748	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6188	-0.4667	-0.6087	0.9456	0.9559	0.6732	-0.2648	0.0023	-0.1457	0.3646	0.29	0.2412	0.2029	0.0605	-0.003	0.2892	0.0707	0.0005	0.2773	-0.0114	0.227	40.9573	24.7182	-5.178
2	0.8174	-0.7806	-0.1262	0.9656	0.841	1.4051	0.0267	-0.0448	0.2378	-0.0334	0.015	-0.1396	-0.1971	0.0249	-0.0001	0.3027	0.0288	0.0202	0.2649	-0.0262	0.283	41.1542	55.6683	7.9716
3	2.224	0.0055	0.3078	2.6278	1.5462	1.1851	0.1405	-0.0203	-0.0191	0.5575	0.1411	-0.0727	-0.0025	-0.0592	0.0005	0.3271	0.0595	0.0149	0.3	-0.0069	0.2218	47.5148	45.4941	4.4987
4	0.7557	-0.9853	-0.026	1.7217	-0.0129	1.4844	0.1166	-0.2913	-0.3311	0.8576	0.0924	-0.2987	0.7356	0.1108	0.0166	0.5304	0.0765	-0.0863	0.3687	-0.0409	0.3104	47.9315	25.2469	7.6266
5	0.9285	-0.1671	0.4089	1.2923	0.9656	1.0177	0.2764	-0.0479	-0.2713	0.3629	-0.0626	-0.4219	0.7518	0.3307	0.0124	0.605	0.1656	-0.1187	0.3486	-0.0426	0.3873	49.8289	19.1389	1.2717
6	1.4593	0.481	-0.37	0.3629	0.4938	1.6123	-0.1698	-0.1215	-0.4557	0.105	0.0889	-0.1157	0.3053	-0.0257	-0.0085	0.3049	0.0319	0.047	0.3276	0.0345	0.387	27.53	29.4413	-2.4309
7	0.8846	0.7084	0.2933	0.9666	-0.394	0.893	-0.1331	0.1516	0.2829	0.0741	0.0154	0.1873	-0.2413	0.0661	-0	0.3377	0.0614	0.0053	0.3048	0.044	0.2942	25.4087	54.8203	-14.9397
8	0.895	-0.193	0.1015	1.7228	-0.4111	0.0882	0.0911	0.1787	-0.0206	-0.4179	-0.0427	0.187	0.0698	-0.2865	-0.0001	0.3993	0.0537	0.0369	0.3355	0.0228	0.3098	16.1835	44.4498	-13.8607
9	2.4591	1.3659	-0.394	1.4289	-1.2327	1.6423	-0.018	0.0003	-0.4284	-0.4369	-0.0727	0.1105	0.0703	0.0127	-0.0097	0.2282	0.0202	0.0193	0.249	0.016	0.2555	24.1626	35.0818	-10.0836
10	0.7236	-0.2113	-0.1865	0.5673	0.0694	0.1216	-0.0518	0.3502	-0.4613	-0.7542	0.1567	0.8883	0.4124	-0.4993	-0.0094	0.4953	-0.0576	-0.0733	0.4411	-0.0414	0.7008	13.3012	23.5263	-14.0991
11	1.2632	-0.533	-0.328	1.2009	-0.8817	1.0709	-0.0922	0.1761	-0.4954	-0.3626	0.1093	0.378	0.2918	-0.1111	-0.0006	0.4108	-0.0094	0.0469	0.3188	-0.0367	0.5491	18.3556	20.2683	-8.1283
12	-0.0061	-0.0017	-0.0198	0.2018	-0.2843	0.3887	-0.1747	0.2253	-0.8086	-0.3552	-0.2776	0.9984	0.5642	-0.1663	-0.0834	0.6181	0.015	0.2311	0.2544	-0.0569	0.6802	25.0286	12.0475	-9.9797
13	0.1681	0.0067	0.0995	0.0205	0.04	0.0904	-0.046	-0.1843	0.4573	0.2141	0.1505	-0.04	-0.1586	0.072	0.0003	0.4755	0.1398	-0.0096	0.7227	-0.0928	0.3874	33.4343	48.2555	-3.7035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 22 THROUGH 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 70 THROUGH 114 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 115 THROUGH 175 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 176 THROUGH 211 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 212 THROUGH 261 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 27 THROUGH 69 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 70 THROUGH 114 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 115 THROUGH 145 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 146 THROUGH 190 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 191 THROUGH 222 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 223 THROUGH 247 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 248 THROUGH 265 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN A AND (RESID 1264), CHAIN B AND (RESID 1264)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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