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- PDB-5lto: Ligand binding domain of Pseudomonas aeruginosa PAO1 amino acid c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lto
タイトルLigand binding domain of Pseudomonas aeruginosa PAO1 amino acid chemoreceptors PctB in complex with L-Gln
要素Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / CHEMOTACTIC TRANSDUCER
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid binding / response to amino acid / chemotaxis / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Double Cache domain 1 / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMINE / HAMP domain-containing protein / Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.459 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Conejero-Muriel, M. / Krell, T.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
MICINNBIO2013-42297-P スペイン
引用
ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: How Bacterial Chemoreceptors Evolve Novel Ligand Specificities
著者: Gavira, J.A. / Jimenez-Rico, M. / Pineda-Molina, E. / Krell, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2013
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of the ligand-binding regions of the PctA and PctB chemoreceptors from Pseudomonas aeruginosa in complex with amino acids.
著者: Rico-Jimenez, M. / Munoz-Martinez, F. / Krell, T. / Gavira, J.A. / Pineda-Molina, E.
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年4月29日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
B: Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3188
ポリマ－63,6452
非ポリマー6736
水1629
1
A: Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1614
ポリマ－31,8231
非ポリマー3383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methyl-accepting chemotaxis protein PctB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1574
ポリマ－31,8231
非ポリマー3343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.427, 111.427, 117.715
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein PctB


分子量: 31822.553 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain, UNP residues 30-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pctB_2, AOY09_01347 / プラスミド: PET28B PLUS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6UK01, UniProt: Q9HW91*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.5
詳細: Capillary counter diffusion: 1.7M NH4 Sulphate, 3.5% PEG 400, 0.1M Na-Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.459→74.628 Å / Num. obs: 11417 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 79.59 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.459-3.4719.81.0940.6771100
16.003-74.62870.0350.994198.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L79

5l79


解像度: 3.459→74.628 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.86
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2768 545 4.78 %Random
Rwork0.2169 ---
obs0.2197 11395 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.31 Å2 / Biso mean: 77.1149 Å2 / Biso min: 4.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.459→74.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3681 0 41 9 3731
Biso mean--77.18 20.31 -
残基数----479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023829
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5345213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9922272
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.459-3.80710.31831340.23926582792
3.8071-4.35790.28471430.216526692812
4.3579-5.49030.28971280.194327082836
5.4903-74.64520.24351400.226428152955
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7544-0.7562-3.35771.83710.25763.3903-0.26991.2182-0.3093-0.2123-0.26660.12380.1916-1.09610.46960.40290.0048-0.11590.659-0.05330.497146.039656.1211.4816
28.16930.9039-0.51499.7239-0.08047.4705-0.2416-1.3157-0.28420.5789-0.00130.4358-0.4832-0.32650.33560.55790.0036-0.06120.57570.0380.391236.527959.813127.1324
32.640.8154-0.05785.02090.89086.3249-0.2046-0.06270.08030.38690.14920.0185-0.9323-0.17080.11690.56180.0734-0.10880.4817-0.04860.43141.714470.871720.8607
45.2848-0.4881-3.34123.99691.07535.7235-0.3533-0.0844-0.0999-0.23280.1571-0.38850.23840.82940.23610.3796-0.031-0.14810.52490.07090.481651.954959.44069.0242
51.51412.3207-2.48113.7074-3.90624.13380.0157-0.320.9881.2125-0.5739-0.5182-1.49911.37020.32440.6176-0.2161-0.03870.9081-0.18610.900458.358569.68195.056
67.1748-1.699-3.50012.5522-2.90058.15990.40480.02070.077-0.5382-0.0602-0.6693-0.64560.4639-0.30160.7232-0.122-0.04230.7678-0.03950.822161.794666.6507-6.4651
75.2557-1.2445-1.55064.6706-0.20716.06750.46320.51820.5382-0.4635-0.1316-0.56790.0290.4804-0.27610.38510.0221-0.05270.57090.0220.505156.230258.6331-4.5453
86.87871.739326.29932.00012-0.05520.071-0.11130.26650.01880.12370.4575-0.09090.10030.6587-0.0391-0.07370.2712-0.14691.13546.21968.930724.3154
92.4803-1.6157-2.40554.95296.0478.3104-0.0036-0.5407-0.6155-0.09971.2096-1.15610.08072.1598-1.22440.44330.0436-0.04610.8207-0.08590.753136.164736.059312.9009
106.4296-0.4911-2.71899.1588-5.32985.99040.0461-0.40430.39491.3611-0.07750.3463-1.7098-0.52720.43890.57760.0190.01760.728-0.02530.614626.221654.403527.6623
113.7262-1.1835-1.86715.1371.73235.15080.0222-0.1086-0.50960.06260.10760.0620.15180.1684-0.27920.3716-0.0136-0.06750.6659-0.0010.563823.664337.836623.1107
121.93580.1418-2.75496.95661.60034.3532-0.42990.0132-0.7220.91510.7009-0.8531.2629-0.1446-0.19570.85140.0638-0.18060.7549-0.20030.931628.498619.631610.7319
134.2442-4.0266-5.12436.11934.00766.8750.99930.49590.5274-1.1032-1.03340.1145-1.2335-0.739-0.08990.951-0.081-0.15680.7179-0.05240.767643.044112.6751-19.1025
142.9538-8.98722.11642-7.85481.9724-0.4194-0.20770.24571.27850.2418-0.5031-0.5897-0.52430.23540.59610.2232-0.11881.11660.16740.362517.657640.943225.3995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 77 )A36 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 99 )A78 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 100 through 165 )A100 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 166 through 197 )A166 - 197
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 198 through 219 )A198 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 220 through 247 )A220 - 247
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 248 through 272 )A248 - 272
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 300 through 300 )A300
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 42 through 76 )B42 - 76
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 77 through 96 )B77 - 96
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 97 through 198 )B97 - 198
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 199 through 263 )B199 - 263
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 264 through 293 )B264 - 293
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 300 through 300 )B300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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