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Yorodumi- PDB-5lt9: Ligand binding domain of Pseudomonas aeruginosa PAO1 amino acid c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lt9 | ||||||
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Title | Ligand binding domain of Pseudomonas aeruginosa PAO1 amino acid chemoreceptors PctB in complex with L-Arg | ||||||
Components | Methyl-accepting chemotaxis protein PctB | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / CHEMOTACTIC TRANSDUCER | ||||||
Function / homology | Function and homology information amino acid binding / response to amino acid / chemotaxis / signal transduction / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Ortega, A. / Conejero-Muriel, M. / Zhulin, I. / Krell, T. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2020 Title: How Bacterial Chemoreceptors Evolve Novel Ligand Specificities Authors: Gavira, J.A. / Jimenez-Rico, M. / Pineda-Molina, E. / Krell, T. #1: Journal: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. Year: 2013 Title: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of the ligand-binding regions of the PctA and PctB chemoreceptors from Pseudomonas aeruginosa in complex with amino acids. Authors: Rico-Jimenez, M. / Munoz-Martinez, F. / Krell, T. / Gavira, J.A. / Pineda-Molina, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5lt9.cif.gz | 210.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5lt9.ent.gz | 170.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5lt9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5lt9_validation.pdf.gz | 471.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5lt9_full_validation.pdf.gz | 478.8 KB | Display | |
Data in XML | 5lt9_validation.xml.gz | 20.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5lt9_validation.cif.gz | 26.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5lt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5lt9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ltoC 5ltvC 5ltxC 5t65SC 5t7mC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31822.553 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: pctB_2, AOY09_01347 / Plasmid: PET28B PLUS / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0F6UK01, UniProt: Q9HW91*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.85 Å3/Da / Density % sol: 68.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: liquid diffusion / pH: 7.5 Details: Capillary counterdiffusion: 1.25 M sodium citrate & 0.1 M Hepes pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 13, 2012 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3→117.55 Å / Num. obs: 17440 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9 % / Biso Wilson estimate: 86.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 157570 / Scaling rejects: 3 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5T65 Resolution: 3→37.353 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.27
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 197.05 Å2 / Biso mean: 86.1166 Å2 / Biso min: 34.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→37.353 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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