+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rcw | ||||||
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Title | Crystal structure of human Slitrk1 | ||||||
Components | SLIT and NTRK-like protein 1 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Leucine rich-repeat / synaptic adhesion | ||||||
Function / homology | Function and homology information Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / synaptic membrane adhesion / positive regulation of synapse assembly / adult behavior / positive regulation of axonogenesis / homeostatic process / regulation of presynapse assembly / GABA-ergic synapse / synapse assembly / axonogenesis ...Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / synaptic membrane adhesion / positive regulation of synapse assembly / adult behavior / positive regulation of axonogenesis / homeostatic process / regulation of presynapse assembly / GABA-ergic synapse / synapse assembly / axonogenesis / postsynaptic density membrane / multicellular organism growth / glutamatergic synapse / synapse / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1925 Å | ||||||
Authors | Kim, H.M. / Park, B.S. / Kim, D. / Lee, S.G. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2014 Title: Structural basis for LAR-RPTP/Slitrk complex-mediated synaptic adhesion. Authors: Um, J.W. / Kim, K.H. / Park, B.S. / Choi, Y. / Kim, D. / Kim, C.Y. / Kim, S.J. / Kim, M. / Ko, J.S. / Lee, S.G. / Choii, G. / Nam, J. / Heo, W.D. / Kim, E. / Lee, J.O. / Ko, J. / Kim, H.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rcw.cif.gz | 196.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rcw.ent.gz | 161.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rcw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rcw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4rcaC 3m18S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27326.533 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SLITRK1, KIAA1910, LRRC12, UNQ233/PRO266 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q96PX8 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 100 mM Na-citrate, pH 5.5, 16% isopropanol, and 12% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.99362 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 19, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99362 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.1925→50 Å / Num. all: 10729 / Num. obs: 10569 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3.4 / Redundancy: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 107 Å2 / Net I/σ(I): 35 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3M18 Resolution: 3.1925→48.567 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.45 / Phase error: 28.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1925→48.567 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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