#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 1998 タイトル: Potent Acetylcholinesterase Inhibitors: Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationships of Bis-Interacting Ligands in the Galanthamine Series 著者: Mary, A. / Renko, D.Z. / Guillou, C. / Thal, C.
FIRST THREE RESIDUES IN BOTH CHAINS NOT VISIBLE. LAST 8 RESIDUES IN BOTH CHAINS NOT VISIBLE. ...FIRST THREE RESIDUES IN BOTH CHAINS NOT VISIBLE. LAST 8 RESIDUES IN BOTH CHAINS NOT VISIBLE. RESIDUES 486-489 NOT VISIBLE IN CHAIN A, BUT ARE VISIBLE IN CHAIN B.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: ISOMORPHOUS TO NATIVE ORTHORHOMBIC FORM
結晶化
温度: 277 K / 詳細: 35-40% W/V PEG 200, 0.1M MES PH5.8 4 DEG. CELSIUS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.3→35 Å / Num. obs: 63928 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.9
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1.1
精密化
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→34.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1695038.47 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: PHTHALIMIDE AND LINKER GROUP NOT VISIBLE FOR INHIBITORS IN EITHER ACTIVE SITE OF ASYMMETRIC UNIT. PROTEIN RESIDUES 284-289, PART OF ACTIVE SITE, HAVE LITTLE OR NO ELECTRON DENSITY IN BOTH CHAINS.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.283
3188
5 %
RANDOM
Rwork
0.236
-
-
-
obs
0.236
63894
98.3 %
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溶媒の処理
溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 33.0197 Å2 / ksol: 0.3497 e/Å3
原子変位パラメータ
Biso mean: 42.98 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-10.54 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
24.61 Å2
0 Å2
3-
-
-
-14.07 Å2
Refine analyze
Free
Obs
Luzzati coordinate error
0.37 Å
0.31 Å
Luzzati d res low
-
5 Å
Luzzati sigma a
0.47 Å
0.42 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.17 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
8238
0
98
115
8451
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION
c_bond_d
0.016
X-RAY DIFFRACTION
c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_deg
1.8
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_dihedral_angle_d
24
X-RAY DIFFRACTION
c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_improper_angle_d
1.23
X-RAY DIFFRACTION
c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_mcbond_it
1.3
1.5
X-RAY DIFFRACTION
c_mcangle_it
2.1
2
X-RAY DIFFRACTION
c_scbond_it
5.68
2
X-RAY DIFFRACTION
c_scangle_it
6.25
2.5
LS精密化 シェル
解像度: 2.3→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 8