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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1up5 | ||||||
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タイトル | Chicken Calmodulin | ||||||
![]() | Calmodulin | ||||||
![]() | SIGNALLING PROTEIN / CA SIGNALLING / CALCIUM-BINDING / PHOSPHORYLATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() CH domain binding / myosin binding / enzyme regulator activity / disordered domain specific binding / calcium ion binding / protein-containing complex 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilson, M.A. / Rupp, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Two New Crystal Forms of Calmodulin 著者: Rupp, B. / Marshak, D. / Parkin, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1clmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16763.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: HANGING DROPS 12UL CAM 12MG/ML + 8UL PRECIPITANT, SEEDED 10MM NAOAC, PH 4.0, 30% MPD, 15% ISOPROPANOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 125 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1995年12月15日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→17.46 Å / Num. obs: 21890 / % possible obs: 77.8 % / 冗長度: 1.14 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / % possible all: 67.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1CLM 解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 5.251 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
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拘束条件 |
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