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万見
- PDB-1ak8: NMR SOLUTION STRUCTURE OF CERIUM-LOADED CALMODULIN AMINO-TERMINAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ak8
タイトルNMR SOLUTION STRUCTURE OF CERIUM-LOADED CALMODULIN AMINO-TERMINAL DOMAIN (CE2-TR1C), 23 STRUCTURES
要素CALMODULIN
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN / CERIUM-LOADED
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cardiac muscle cell action potential / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / calcineurin-mediated signaling / protein phosphatase activator activity / adenylate cyclase binding / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum ...regulation of cardiac muscle cell action potential / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / calcineurin-mediated signaling / protein phosphatase activator activity / adenylate cyclase binding / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / titin binding / calcium channel complex / adenylate cyclase activator activity / regulation of heart rate / protein serine/threonine kinase activator activity / sarcomere / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / spindle pole / myelin sheath / transmembrane transporter binding / protein domain specific binding / centrosome / calcium ion binding / protein kinase binding / protein-containing complex / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CERIUM (III) ION / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bentrop, D. / Bertini, I. / Cremonini, M.A. / Forsen, S. / Luchinat, C. / Malmendal, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the paramagnetic complex of the N-terminal domain of calmodulin with two Ce3+ ions by 1H NMR.
著者: Bentrop, D. / Bertini, I. / Cremonini, M.A. / Forsen, S. / Luchinat, C. / Malmendal, A.
履歴
登録1997年5月29日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALMODULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7353
ポリマ－8,4541
非ポリマー2802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)23 / 23LEAST RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CALMODULIN / CALMODULIN CERIUM TR1C-DOMAIN / RESIDUES 1 - 75


分子量: 8454.353 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, TR1C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CERIUM-LOADED N-TERMINAL DOMAIN OF VERTEBRATE CALMODULIN
由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: TESTIS / プラスミド: PLCB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG20043 / 参照: UniProt: P62157
#2: 化合物 ChemComp-CE / CERIUM (III) ION


分子量: 140.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ce

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121CLEAN-TOCSY
131DQF-COSY
1411D NOE

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試料調製

試料状態pH: 6 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRX 500BrukerDRX 5005001
Bruker AC P 300BrukerAC P 3003002

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解析

NMR software
名称開発者分類
PSEUDYANACREMONINI精密化
DYANA構造決定
PSEUDYANA構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED ACCORDING TO A RECENTLY INTRODUCED TORSION ANGLE DYNAMICS (TAD) APPROACH USING THE DYANA PROGRAM PACKAGE (GUNTERT ET AL., 1996). PSEUDOCONTACT SHIFTS ...詳細: THE STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED ACCORDING TO A RECENTLY INTRODUCED TORSION ANGLE DYNAMICS (TAD) APPROACH USING THE DYANA PROGRAM PACKAGE (GUNTERT ET AL., 1996). PSEUDOCONTACT SHIFTS WERE INTRODUCED AS CONSTRAINTS USING THE NEWLY DEVELOPED PSEUDYANA MODULE (BANCI ET AL., 1997). THE OVERALL STRATEGY OF STRUCTURE COMPUTATION COMPRISED THE FOLLOWING SUBSEQUENT STEPS:
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 23 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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