PDB-1qmq: Optical detection of cytochrome P450 by sensitizer-linked substrates

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qmq

タイトル

Optical detection of cytochrome P450 by sensitizer-linked substrates

要素

CYTOCHROME P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE(OXYGENASE) / RU-SUBSTRATE

機能・相同性

機能・相同性情報

camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Crane, B.R. / Dmochowski, I.J. / Gray, H.B.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Optical Detection of Cytochrome P450 by Sensitizer-Linked Substrates
著者: Dmochowski, I.J. / Crane, B.R. / Wilker, J.J. / Winkler, J.R. / Gray, H.B.

履歴

登録	1999年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2000年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 2.0	2018年10月3日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qmq.cif.gz	115.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qmq.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qmq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1qmq_validation.pdf.gz	659.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1qmq_full_validation.pdf.gz	672.2 KB	表示
XML形式データ	1qmq_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	1qmq_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/1qmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/1qmq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cppS 1akd 1c8j 1cp4 1dz4 1dz6 1dz8 1dz9 1geb 1gek 1gem 1gjm 1iwi 1iwj 1iwk 1j51 1k2o 1lwl 1mpw 1noo 1o76 1p2y 1p7r 1pha 1phb 1phc 1phd 1phe 1phf 1phg 1re9 1rf9 1t85 1t86 1t87 1t88 1uyu 1yrc 1yrd 2a1m 2a1n 2a1o 2cp4 2fe6 2fer 2feu 2h7q 2h7r 2h7s 3cp4 3cpp 4cp4 4cpp 5cp4 5cpp 6cp4 6cpp 7cpp 8cpp S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wrm-1 2a1m-2 4cpp-d 6we6-2 2qbo-d 1t86-1 1c8j-2 1lwl-d 2qbn-d 4g3r-1 2h7q-d 2a1n-2 2h7s-2 1iwj-d 1mpw-2 1t87-1 1uyu-2 2fer-d 1gek-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (3)

登録構造単位

A: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.390, 74.470, 91.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CYTOCHROME P450 / CAMPHOR 5-MONOOXYGENASE 分子量: 46556.816 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 遺伝子: CYP101 / プラスミド: PUS200 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TBY / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-DRB / DELTA-BIS(2,2'-BIPYRIDINE)-(5-METHYL-2-2'-BIPYRIDINE)-C9-ADAMANTANE RUTHENIUM (II) 分子量: 873.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₀H₅₇N₇ORu
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	CHAIN A ENGINEERED MUTATION CYS334ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.72 %

結晶化

pH: 6 / 詳細: pH 6.00

結晶

*PLUS

溶媒含有率: 49 %

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used seeding

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	0.430 mM	protein	1	drop
2	20 mM	HEPES	1	drop
3	100 mM		1	drop	KCl
4	1 mM	dithiothreitol	1	drop
5	100 mM		1	reservoir	NaOAc
6	200 mM		1	reservoir	NH4OAc
7	9-11 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月15日 / 詳細: PLATINUM MIRROR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 64764 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.6 Å² / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 37.4
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.292 / % possible all: 94.5
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.048

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	0.4	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	0.4	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CPP

2cpp

解像度: 1.55→30 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1101862.11 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	5102	8.1 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
obs	0.216	62629	95.4 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 59.0819 Å² / k_sol: 0.339642 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.25 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.17 Å	0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3212	0	181	425	3818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.75
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	0.52	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	0.92	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	0.71	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	1.11	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.61 Å / R_factor R_free error: 0.013 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	450	8.4 %
R_work	0.263	4925	-
obs	-	-	83.3 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	PARAM19X.HEME	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER.PARAM	WIRE_CLEAN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	WIRE.PAR	WIRE_CLEAN2.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	21.6
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.75

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関連情報:EMDBヘッダ

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