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- PDB-4g3r: Crystal Structure of Nitrosyl Cytochrome P450cam -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g3r
タイトルCrystal Structure of Nitrosyl Cytochrome P450cam
要素Camphor 5-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / HEME / MONOOXYGENASE / Putidaredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CAMPHOR / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / NITRIC OXIDE / Camphor 5-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Madrona, Y. / Tripathi, S.M. / Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of substrate-free and nitrosyl cytochrome p450cin: implications for o(2) activation.
著者: Madrona, Y. / Tripathi, S. / Li, H. / Poulos, T.L.
履歴
登録2012年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Camphor 5-monooxygenase
B: Camphor 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7599
ポリマ－93,1142
非ポリマー1,6467
水7,602422
1
A: Camphor 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3654
ポリマ－46,5571
非ポリマー8083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Camphor 5-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3955
ポリマ－46,5571
非ポリマー8384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.553, 62.269, 95.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Camphor 5-monooxygenase / Cytochrome P450-cam / Cytochrome P450cam


分子量: 46556.816 Da / 分子数: 2 / 変異: C334A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: camC, cyp101 / プラスミド: pCWori-P450cam / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha / 参照: UniProt: P00183, camphor 5-monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 429分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CAM / CAMPHOR / (+)-カンファ-


分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 50mM Tris-HCl pH 7.4, 26-32% PEG 4000, 250mM KCl, 1mM D-Camphor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月11日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Cu Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→33.1 Å / Num. all: 40554 / Num. obs: 39581 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.2-2.28192.7
2.28-2.37194.3
2.37-2.48195.9
2.48-2.61197.4
2.61-2.77198.7
2.77-2.99199.1
2.99-3.29199.3
3.29-3.76199.7
3.76-4.74199.7
4.74-33.1199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→33.1 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2499 2001 5.06 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
obs0.193 39549 97.55 %-
all-39571 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6427 0 112 422 6961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0649147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3512514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07985
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.38621400.29452529X-RAY DIFFRACTION93
2.255-2.3160.34991240.2782523X-RAY DIFFRACTION93
2.316-2.38410.35641530.26512575X-RAY DIFFRACTION95
2.3841-2.4610.32481320.26062632X-RAY DIFFRACTION97
2.461-2.5490.35881590.25262676X-RAY DIFFRACTION97
2.549-2.6510.36481270.23572687X-RAY DIFFRACTION98
2.651-2.77160.26351440.23362672X-RAY DIFFRACTION98
2.7716-2.91760.31071450.22182707X-RAY DIFFRACTION99
2.9176-3.10030.30431360.2182757X-RAY DIFFRACTION99
3.1003-3.33940.28791400.2052711X-RAY DIFFRACTION99
3.3394-3.67510.24721460.17812782X-RAY DIFFRACTION100
3.6751-4.2060.19371590.14942712X-RAY DIFFRACTION100
4.206-5.29560.17981470.13372778X-RAY DIFFRACTION100
5.2956-33.10.16681490.14462807X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1549-0.0592-0.12980.05880.02190.10090.0545-0.0063-0.02150.1012-0.06990.14250.0617-0.378-00.2437-0.0262-0.00850.22070.00640.24857.1895-2.535863.9671
20.1527-0.08690.11510.14490.09350.1804-0.0226-0.11480.0757-0.03260.1016-0.07050.0033-0.050.00080.2142-0.02320.01310.13510.01260.246926.24234.331658.1315
30.0239-0.06420.03780.1484-0.08690.06680.14560.5537-0.0253-0.282-0.2719-0.1393-0.1508-0.0461-0.00470.37450.0854-0.00880.61340.00230.28520.94621.343225.9383
40.1165-0.0610.04080.1617-0.02320.06990.04030.3218-0.3191-0.1234-0.10810.109-0.07090.0164-0.00090.21220.0021-0.02620.1292-0.07290.291621.2515-10.009538.6079
50.0357-0.0914-0.0620.24140.12680.06220.07890.2787-0.0518-0.1269-0.0049-0.30360.0049-0.00330.00010.2174-0.0060.03640.1753-0.02920.356540.0863-6.055344.6265
60.2942-0.1538-0.14010.54850.04830.14560.06240.1098-0.0154-0.0702-0.0301-0.0091-0.0669-0.1354-00.19940.057-0.0130.19140.00860.200514.46526.496846.3274
70.1498-0.2064-0.03040.2679-0.02050.05960.05430.1181-0.0681-0.0832-0.07370.26120.1589-0.1475-0.00850.2426-0.009-0.10940.3554-0.03540.30284.9513-4.513332.5126
80.1696-0.0953-0.15110.1878-0.04320.19790.0212-0.84390.45430.31760.02270.3518-0.0763-0.41740.0870.4578-0.00770.18640.7802-0.04880.317642.86372.1182105.7713
90.5671-0.16430.31690.34770.05810.18460.0639-0.07570.02410.03710.03650.02860.030.05570.00020.2179-0.0199-0.0070.19360.00070.167861.17930.743184.5909
100.2344-0.4098-0.16540.47170.19850.17570.0908-0.2563-0.0860.10350.0490.08550.05660.0113-00.3061-0.0261-0.02050.32750.06820.241364.341-5.29390.9944
110.66430.2219-0.00520.175-0.015-0.02650.0752-0.22170.16440.00720.0540.1921-0.0975-0.01090.01880.24420.03540.06940.3342-0.04130.248947.401910.363990.182
120.1028-0.0770.03980.34060.11890.0867-0.0192-0.28670.154-0.05080.05710.2334-0.015-0.2025-0.01440.1819-0.1062-0.04980.2360.06850.235842.3783-2.731674.744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 8:60)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 61:120)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 121:145)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 146:192)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 193:234)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 235:375)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 376:414)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 10:89)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 90:170)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 171:266)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 267:377)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 378:414)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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