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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4l4c | ||||||
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Title | Structure of L358P/K178G mutant of P450cam bound to camphor | ||||||
![]() | Camphor 5-monooxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / mono-oxygenase / cytochrome P450 | ||||||
Function / homology | ![]() camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Batabyal, D. / Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Synergistic Effects of Mutations in Cytochrome P450cam Designed To Mimic CYP101D1. Authors: Batabyal, D. / Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 342.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 278.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4l49C ![]() 4l4aC ![]() 4l4bC ![]() 4l4dC ![]() 4l4eC ![]() 4l4fC ![]() 4l4gC ![]() 2cppS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 46599.840 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C334A, L358P, K178G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 50 mM Tris, 400 mM potassium chloride, 32% PEG4000, 1.2 mM D-camphor, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2012 |
Radiation | Monochromator: VariMax optic / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 37084 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 68 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2CPP Resolution: 2.2→29.263 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→29.263 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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