PDB-1oa5: The solution structure of bovine pancreatic trypsin inhibitor at ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oa5

タイトル

The solution structure of bovine pancreatic trypsin inhibitor at high pressure

要素

PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Williamson, M.P. / Akasaka, K. / Refaee, M.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: The Solution Structure of Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor at High Pressure
著者: Williamson, M.P. / Akasaka, K. / Refaee, M.

履歴

登録	2003年1月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oa5.cif.gz	68.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oa5.ent.gz	53.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oa5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1oa5_validation.pdf.gz	339.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1oa5_full_validation.pdf.gz	357.3 KB	表示
XML形式データ	1oa5_validation.xml.gz	5.8 KB	表示
CIF形式データ	1oa5_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/1oa5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/1oa5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oa6C 1aal 1b0c 1bhc 1bpi 1bpt 1bth 1bti 1bz5 1bzx 1cbw 1d0d 1eaw 1ejm 1f5r 1f7z 1fan 1fy8 1g6x 1jv8 1jv9 1k6u 1ld5 1ld6 1mtn 1nag 1pit 1qlq 1tpa 2hex 2kai 2ptc 2tgp 2tpi 3btd 3bte 3btf 3btg 3bth 3btk 3btm 3btq 3btt 3btw 3tgi 3tgj 3tgk 3tpi 4pti 4tpi 5pti 6pti 7pti 8pti 9pti C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oa6-d 1tfs-d 1bpt-d 1y62-5 6pti-d 5xx8-2 5xx4-2 1fd6-d 1nag-d 2x9b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (8) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (7) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

5: PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

6.53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	3 / 3
代表モデル

#1: タンパク質	PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR / BPTI / APROTININ / TRASYLOL / BASIC PROTEASE INHIBITOR 分子量: 6527.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00974
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE CALCULATION IS A CHANGE BETWEEN 1 AND 2000 ATMOSPHERES, BASED ON CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS.

-
試料調製

詳細	内容: 200 MM SODIUM ACETATE, 10MM PROTEIN
試料状態	イオン強度: 0.2 M / pH: 4.6 / 圧: 1 atm / 温度: 309 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: THE ONLY RESTRAINTS USED WERE HOLONOMIC PLUS CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS. THESE STRUCTURES ARE REFERENCES FOR THE HIGH PRESSURE STRUCTURES, AND WERE RESTRAINED USING THE CHEMICAL SHIFTS CALCULATED BY XPLOR.

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 3 / 登録したコンフォーマーの数: 3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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