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万見
- PDB-1c5f: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c5f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI COMPLEXED WITH CYCLOSPORIN A
要素
  • CYCLOSPORIN A
  • PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
キーワードISOMERASE/IMMUNOSUPPRESSANT / ISOMERASE-IMMUNOSUPPRESSANT COMPLEX / CYCLOPHILIN-CYCLOSPORIN COMPLEX / CYCLOSPORIN A / IMMUNOSUPPRESSANT / CYCLOPHILIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein folding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclosporin A / : / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種BRUGIA MALAYI (マレー糸状虫)
TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Ellis, P.J. / Carlow, C.K.S. / Ma, D. / Kuhn, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of the Complex of Brugia Malayi Cyclophilin and Cyclosporin A.
著者: Ellis, P.J. / Carlow, C.K. / Ma, D. / Kuhn, P.
履歴
登録1999年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え1999年12月2日ID: 1QTL
改定 1.01999年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.62023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
B: CYCLOSPORIN A
C: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
D: CYCLOSPORIN A
E: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
F: CYCLOSPORIN A
G: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
H: CYCLOSPORIN A
I: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
J: CYCLOSPORIN A
K: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
L: CYCLOSPORIN A
M: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
N: CYCLOSPORIN A
O: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
P: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,80016
ポリマ－165,80016
非ポリマー00
水6,071337
1
A: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
B: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7252
ポリマ－20,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
2
C: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
D: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7252
ポリマ－20,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
3
E: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
F: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7252
ポリマ－20,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8420 Å2
手法PISA
4
G: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
H: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7252
ポリマ－20,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8100 Å2
手法PISA
5
I: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
J: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7252
ポリマ－20,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8150 Å2
手法PISA
6
K: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
L: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7252
ポリマ－20,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8330 Å2
手法PISA
7
M: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
N: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7252
ポリマ－20,7252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
8
O: PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1
P: CYCLOSPORIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7252
ポリマ－20,7252
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.000, 100.160, 133.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE 1 / E.C.5.2.1.8 / PPIASE 1 / ROTAMASE / CYCLOPHILIN


分子量: 19504.418 Da / 分子数: 8 / 断片: CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BRUGIA MALAYI (マレー糸状虫) / 遺伝子: BMCYP-1 / プラスミド: PMAL-C2 / 遺伝子 (発現宿主): MBP FUSION PROTEIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267 / 参照: UniProt: Q27450, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド
CYCLOSPORIN A / CYCLOSPORINE / CICLOSPORIN / CICLOSPORINE


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 免疫抑制剤 / 分子量: 1220.625 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
詳細: CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. CYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI.
由来: (合成) TOLYPOCLADIUM INFLATUM (菌類) / 参照: NOR: NOR00033, Cyclosporin A
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CYCLOSPORIN IS A CYCLIC UNDECAPEPTIDE. HERE, CYCLOSPORIN A IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化pH: 6 / 詳細: PEG 8000, CALCIUM ACETATE, METHANOL, MES, PH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
220 %(w/v)PEG80001reservoir
30.4 Mcadmium acetate1reservoir
40.1 MMES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→47.14 Å / Num. obs: 56200 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 53.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.47→2.53 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / % possible all: 73.1
反射
*PLUS
% possible obs: 77.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Num. measured all: 409247 / Rmerge(I) obs: 0.12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.47→47.1 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: USED MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET BASED ON STRUCTURE FACTORS WITH NO CUTOFFS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2845 5.06 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 56200 95.1 %-
溶媒の処理Bsol: 31.56 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.823 Å20 Å26.038 Å2
2--3.648 Å20 Å2
3---10.175 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→47.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11437 0 0 337 11774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.642.5
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.58 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3733 285 4.92 %
Rwork0.3172 5791 -
obs--79.17 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 47.1 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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