PDB-7dfn: Crystal structure of glycoside hydrolase family 11 beta-xylanase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dfn

タイトル

Crystal structure of glycoside hydrolase family 11 beta-xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86 in complex with alpha-L-arabinofuranosyl xylotetraose

要素

Endo-1,4-beta-xylanase

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase family 11

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Kaneko, S.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2021
タイトル: Structure-based substrate specificity analysis of GH11 xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86.
著者: Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Teramoto, K. / Tsutsui, S. / Kaneko, S.

履歴

登録	2020年11月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7dfn.cif.gz	177.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7dfn.ent.gz	136.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7dfn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/7dfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/7dfn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dfmSC 7dfoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hkl-d 6jxl-d 1xyp-1 6jzp-d 1h4g-1 7dfm-2 1xyp-2 1ree-1 7dfm-3 4s2h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (10) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase

B: Endo-1,4-beta-xylanase

C: Endo-1,4-beta-xylanase

D: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

94.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.233, 134.233, 72.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-310- CL
2	1	D-457- HOH

#1: タンパク質

Endo-1,4-beta-xylanase

分子量: 22537.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB LC578783
由来: (組換発現)

Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)
株: E-86 / 遺伝子: gxyn1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G1MBT0*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase

#2: 多糖

alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 678.589 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
LArafa1-3[DXylpb1-4]DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a212h-1b_1-5][a211h-1a_1-4]/1-1-1-2-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(3+1)][a-L-Araf]{}[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.98 % / 解説: needle
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 2.9 M sodium chloride, 0.1 M sodium citrate buffer pH 5.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→100 Å / Num. obs: 50743 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17.4 % / R_merge(I) obs: 0.257 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / R_merge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 48052

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7DFM

7dfm

解像度: 2→49.217 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 4.599 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.159 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2093	2660	5.245 %	ramdom
R_work	0.1649	48052	-	-
all	0.167	-	-	-
obs	-	50712	99.768 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.721 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.681 Å²	0.34 Å²	0 Å²
2-	-	0.681 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.209 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.217 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5965	0	198	451	6614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	6317
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	5107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.687	8623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.364	1.6	11870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.542	5	767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.8	22.073	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.096	15	840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.018	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	4833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	3047
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2967
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.104	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.527	2.235	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.523	2.234	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.173	3.344	3843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.173	3.344	3844
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.041	2.461	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.04	2.461	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.111	3.627	4778
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.111	3.627	4779
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.33	25.64	7206
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.307	25.614	7195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.274	181	0.249	3465	X-RAY DIFFRACTION	97.5649
2.052-2.108	0.293	168	0.231	3433	X-RAY DIFFRACTION	99.7507
2.108-2.169	0.27	168	0.218	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.244	176	0.191	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.245	163	0.188	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.39	0.23	169	0.178	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.481	0.264	153	0.191	2959	X-RAY DIFFRACTION	99.9679
2.481-2.582	0.233	163	0.18	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.8673
2.582-2.697	0.232	176	0.184	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.697-2.828	0.235	173	0.189	2572	X-RAY DIFFRACTION	99.7094
2.828-2.981	0.201	122	0.17	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.981-3.162	0.222	146	0.169	2328	X-RAY DIFFRACTION	100
3.162-3.38	0.189	113	0.146	2232	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.65	0.155	110	0.132	2081	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.998	0.178	117	0.121	1898	X-RAY DIFFRACTION	100
3.998-4.47	0.142	106	0.103	1733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-5.16	0.152	99	0.113	1522	X-RAY DIFFRACTION	100
5.16-6.316	0.182	69	0.151	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
6.316-8.92	0.227	59	0.168	1041	X-RAY DIFFRACTION	100
8.92-49.217	0.202	29	0.195	599	X-RAY DIFFRACTION	99.2101

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