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- PDB-1xyp: STRUCTURAL COMPARISON OF TWO MAJOR ENDO-1,4-BETA-XYLANASES FROM T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xyp
タイトルSTRUCTURAL COMPARISON OF TWO MAJOR ENDO-1,4-BETA-XYLANASES FROM TRICHODREMA REESEI
要素ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II
キーワードHYDROLASE / XYLANASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Rouvinen, J. / Torronen, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structural comparison of two major endo-1,4-xylanases from Trichoderma reesei.
著者: Torronen, A. / Rouvinen, J.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: Three-Dimensional Structure of Endo-1,4-Beta-Xylanase II from Trichoderma Reesei: Two Conformational States in the Active Site
著者: Torronen, A. / Harkki, A. / Rouvinen, J.
履歴
登録1994年8月9日処理サイト: BNL
改定 1.01995年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status ...entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6772
ポリマ－41,6772
非ポリマー00
水5,909328
1
A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8381
ポリマ－20,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8381
ポリマ－20,8381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.820, 60.900, 38.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 53 / 2: CIS PROLINE - PRO A 83 / 3: CIS PROLINE - PRO B 53 / 4: CIS PROLINE - PRO B 83
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9868, -0.024399, 0.1601), (-0.025399, -0.999699, 0.0041), (0.16, -0.008099, -0.987099)
ベクター: 40.1283, 58.0471, 12.7067)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 1 .. A 190 B 1 .. B 190 0.243

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要素

#1: タンパク質 ENDO-1,4-BETA-XYLANASE II


分子量: 20838.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / 参照: UniProt: P36217, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Torronen, A., (1993) J. Mol. Biol., 233, 313.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1drop
325 %ammonium sulfate1drop
425 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 41141 / % possible obs: 68 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 2.25 % / Rmerge(I) obs: 0.0855
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 39973 / % possible obs: 66 % / Num. measured all: 90097 / Rmerge(I) obs: 0.0855

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.5→8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.189 -
obs0.189 39560
原子変位パラメータBiso mean: 17.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 0 0 328 3288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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