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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h22 | ||||||
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タイトル | Structure of acetylcholinesterase (E.C. 3.1.1.7) complexed with (S,S)-(-)-bis(10)-hupyridone at 2.15A resolution | ||||||
要素 | ACETYLCHOLINESTERASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SERINE HYDROLASE / ACETYLCHOLINESTERASE / NEUROTRANSMITTER CLEAVAGE / ALZHEIMER'S DISEASE / BIVALENT LIGAND / DUAL-SITE BINDING / INHIBITOR / HUPERZINE A / SERINE ESTERASE SYNAPSE / MEMBRANE / NERVE / MUSCLE / GPI-ANCHOR NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / GLYCOPROTEIN / BIS(10)-HUPYRID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / choline metabolic process / acetylcholinesterase activity / synaptic cleft / side of membrane / synapse / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | TORPEDO CALIFORNICA (エイ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Wong, D.M. / Greenblatt, H.M. / Carlier, P.R. / Han, Y.-F. / Pang, Y.-P. / Silman, I. / Sussman, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003 タイトル: Acetylcholinesterase Complexed with Bivalent Ligands Related to Huperzine A: Experimental Evidence for Species-Dependent Protein-Ligand Complementarity 著者: Wong, D.M. / Greenblatt, H.M. / Dvir, H. / Carlier, P.R. / Han, Y.-F. / Pang, Y.-P. / Silman, I. / Sussman, J.L. #1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2000 タイトル: Dimerization of an Inactive Fragment of Huperzine a Produces a Drug with Twice the Potency of the Natural Product 著者: Carlier, P.R. / Du, D.-M. / Han, Y.-F. / Liu, J. / Perola, E. / Williams, I.D. / Pang, Y.-P. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure of Acetylcholinesterase Complexed with the Nootropic Alkaloid, (-)-Huperzine A 著者: Raves, M.L. / Harel, M. / Pang, Y.-P. / Silman, I. / Kozikowski, A.P. / Sussman, J.L. #3: ジャーナル: J. Comput. Aided Mol. Des. / 年: 1994 タイトル: Prediction of the Binding Sites of Huperzine a in Acetylcholinesterase by Docking Studies 著者: Pang, Y.-P. / Kozikowski, A.P. #4: ジャーナル: Science / 年: 1991 タイトル: Atomic Structure of Acetylcholinesterase from Torpedo Californica: A Prototypic Acetylcholine-Binding Protein 著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h22.cif.gz | 127.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h22.ent.gz | 97 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h22.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h22_validation.pdf.gz | 701.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1h22_full_validation.pdf.gz | 712 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1h22_validation.xml.gz | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h22_validation.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/1h22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/1h22 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61325.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: SYNTHETIC BIVALENT HUPA-LIKE DIMER, (S, S)-(-)-BIS(10)-HUPYRIDONE ((S, S)-(-)-N, N'-DI-5'- -[5', 6', 7', 8'-TETRAHYDRO-2'(1'H)-QUINOLINONYL] -1, 10-DIAMINODECANE) DIHYDROCHLORIDE, WITH ONE ...詳細: SYNTHETIC BIVALENT HUPA-LIKE DIMER, (S, S)-(-)-BIS(10)-HUPYRIDONE ((S, S)-(-)-N, N'-DI-5'- -[5', 6', 7', 8'-TETRAHYDRO-2'(1'H)-QUINOLINONYL] -1, 10-DIAMINODECANE) DIHYDROCHLORIDE, WITH ONE MONOMER UNIT BOUND TO THE 'ANIONIC' SUBSITE, NEAR THE BOTTOM OF THE ACTIVE SITE GORGE, AND THE SECOND MONOMER UNIT BOUND TO THE 'PERIPHERAL' ANIONIC SITE AT THE TOP OF THE GORGE, THUS SPANNING THE ACTIVE SITE GORGE 由来: (天然) TORPEDO CALIFORNICA (エイ) / 器官: ELECTRIC ORGAN / Variant: G2 FORM / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-E10 / ( | ||||
#3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | COMPOUND HYDROLYZES CHOLINE RELEASED INTO THE SYNAPSE. CATALYTIC ACTIVITY: ACETYLCHOLINE + H(2)O = ...COMPOUND HYDROLYZES | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 5.8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 28-30% V/V PEG 200 0.5M MES PH 5.8 AT 4 DEG. CELSIUS; THEN SOAKED IN MOTHER LIQUOR (40% V/V PEG 200 IN 0.1 M MES BUFFER, PH 5.8) CONTAINING 2MM (S,S)-(-)-BIS(10)- ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 28-30% V/V PEG 200 0.5M MES PH 5.8 AT 4 DEG. CELSIUS; THEN SOAKED IN MOTHER LIQUOR (40% V/V PEG 200 IN 0.1 M MES BUFFER, PH 5.8) CONTAINING 2MM (S,S)-(-)-BIS(10)-HUPYRIDONE DIHYDROCHLORIDE FOR ONE DAY. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月7日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→26.4 Å / Num. obs: 53982 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / % possible all: 96.8 |
反射 | *PLUS Num. all: 53982 / Num. obs: 51434 / Num. measured all: 447124 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ACE 解像度: 2.15→26.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.004385 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: SEVERAL RESIDUES ARE NOT SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE, DUE TO DISORDER. THESE INCLUDE ASP A1, ASP A2, HIS A3 AND THE C-TERMINAL RESIDUES AFTER THR A535. SEVERAL RESIDUES MISSING IN CHAIN ...詳細: SEVERAL RESIDUES ARE NOT SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE, DUE TO DISORDER. THESE INCLUDE ASP A1, ASP A2, HIS A3 AND THE C-TERMINAL RESIDUES AFTER THR A535. SEVERAL RESIDUES MISSING IN CHAIN BREAK, FROM HIS A486 - GLU A489 (INCLUSIVE). TWO ALTERNATE SIDE CHAIN CONFORMATIONS WERE FITTED FOR THE RESIDUES LEU A143 (SET TO 50% OCCUPANCY EACH), AND ARG A243 (SET TO 80% AND 20% OCCUPANCY).
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.6 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.244 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→26.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.0144 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rfree: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.19 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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