PDB-4nx1: Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nx1

タイトル

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from Sulfitobacter sp. nas-14.1, target EFI-510292, with bound alpha-D-taluronate

要素

C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

: / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfitobacter sp. NAS-14.1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nx1_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nx1_full_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示
XML形式データ	4nx1_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	4nx1_validation.cif.gz	48.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/4nx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/4nx1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ovp-1 7aqb-2 4xgq-2 5h5h-d 3wgn-1 5hnv-d 4idb-d 1ob3-2 2wdt-1 5fod-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510292

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リンク

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登録構造単位

A: C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

B: C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	127.523, 82.425, 106.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 140.060, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

C4-dicarboxylate transport system substrate-binding protein

分子量: 36615.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Sulfitobacter sp. NAS-14.1 (バクテリア)
株: sp. NAS-14.1 / 遺伝子: NAS141_03721 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3T0D1

#2: 糖

ChemComp-X1X / alpha-D-talopyranuronic acid / alpha-D-taluronate

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₇

識別子	タイプ	プログラム
DTalpAa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-talopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-TalpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
TalA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (32.6 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM D-Taluronate); Reservoir (0.1 M Tris Hydrochloride pH 8.5, 1.2 M tri-Sodium Citrate Dihydrate); Cryoprotection (1.6 M Na3Citrate), ...詳細: Protein (32.6 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM D-Taluronate); Reservoir (0.1 M Tris Hydrochloride pH 8.5, 1.2 M tri-Sodium Citrate Dihydrate); Cryoprotection (1.6 M Na3Citrate), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.01 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (32.6 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM D-Taluronate); Reservoir (0.1 M Tris Hydrochloride pH 8.5, 1.2 M tri-Sodium Citrate Dihydrate); Cryoprotection (1.6 M Na3Citrate), ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→32.55 Å / Num. all: 93292 / Num. obs: 93292 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.811 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 13576 / R_sym value: 0.811 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	AUTSOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→27.159 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.64 / FOM work R set: 0.9016 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 17.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1769	4675	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1525	-	-	-
obs	0.1537	93281	99.78 %	-
all	-	93281	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.63 Å² / B_iso mean: 27.8729 Å² / B_iso min: 10.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.159 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4727	0	26	797	5550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.289	6559
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	754
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	859
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.021	1820

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2913	175	0.2588	2921	3096	99
1.6182-1.6372	0.2836	143	0.2449	2926	3069	100
1.6372-1.6572	0.2279	153	0.2306	2938	3091	100
1.6572-1.6781	0.2375	139	0.2208	2982	3121	100
1.6781-1.7002	0.2564	140	0.2118	2947	3087	100
1.7002-1.7235	0.2586	148	0.2029	2984	3132	100
1.7235-1.7481	0.2331	147	0.191	2951	3098	100
1.7481-1.7742	0.2382	172	0.1935	2900	3072	100
1.7742-1.8019	0.2032	179	0.1826	2946	3125	100
1.8019-1.8315	0.2079	148	0.1748	2955	3103	100
1.8315-1.863	0.1898	163	0.1624	2928	3091	100
1.863-1.8969	0.2103	150	0.1599	2995	3145	100
1.8969-1.9334	0.1727	148	0.1559	2906	3054	100
1.9334-1.9728	0.1782	156	0.157	2968	3124	100
1.9728-2.0157	0.192	170	0.1486	2928	3098	100
2.0157-2.0626	0.1828	146	0.1433	2988	3134	100
2.0626-2.1142	0.1879	152	0.1394	2987	3139	100
2.1142-2.1713	0.1669	167	0.1376	2942	3109	100
2.1713-2.2352	0.1506	152	0.1366	2940	3092	100
2.2352-2.3073	0.1944	146	0.1338	2945	3091	100
2.3073-2.3897	0.1735	162	0.1367	2951	3113	100
2.3897-2.4853	0.16	155	0.1375	2979	3134	100
2.4853-2.5983	0.1728	146	0.1478	2963	3109	100
2.5983-2.7352	0.1836	193	0.1538	2941	3134	100
2.7352-2.9064	0.1997	134	0.156	2971	3105	100
2.9064-3.1305	0.1817	154	0.1683	2974	3128	100
3.1305-3.445	0.2049	142	0.1538	3010	3152	100
3.445-3.9422	0.1467	177	0.1342	2948	3125	100
3.9422-4.9618	0.1208	161	0.1141	2987	3148	100
4.9618-27.1632	0.1664	157	0.1673	2905	3062	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6077	0.5704	-1.2143	0.9499	0.3346	0.7706	-0.0644	0.5491	-0.1894	-0.4363	-0.1119	-0.0639	0.1267	0.1219	0.1751	0.2242	0.0598	0.0113	0.2799	0.0244	0.1568	31.0938	31.054	44.1017
2	2.0525	0.7246	-0.6244	1.8632	-0.2547	1.5245	-0.0965	0.6465	0.1249	-0.5742	0.0382	-0.0849	-0.1455	-0.0085	0.046	0.2519	0.0235	0.0117	0.2788	0.0408	0.1469	31.2334	38.5899	40.8047
3	1.1608	-0.2727	-0.6114	1.0723	-0.1218	0.6032	-0.0122	-0.0582	-0.1293	-0.0779	-0.0719	-0.0405	0.0602	0.1651	0.0786	0.1365	0.0182	0.005	0.1702	0.0415	0.1745	33.9318	29.9628	54.954
4	0.8703	0.0383	0.2832	0.6683	-0.355	2.3417	0.0365	0.0013	0.3144	-0.0876	-0.1932	-0.2286	-0.7005	0.1287	0.1013	0.2203	0.03	-0.0351	0.1992	0.0109	0.2268	26.4475	41.0717	67.3926
5	2.1753	-1.4493	-0.0655	0.9713	-0.0932	0.9695	-0.3314	0.0687	1.3461	0.2067	0.0003	-0.3871	-0.6109	0.1454	0.1858	0.3367	-0.0203	-0.1158	0.1949	0.0402	0.4528	30.1201	47.4323	61.7031
6	1.5245	-0.4595	0.2459	0.8889	-0.2108	1.2515	-0.0077	-0.1758	-0.261	0.0271	0.0277	0.2391	0.0541	-0.1364	0.0109	0.1066	0.0097	0.0009	0.1495	0.0456	0.219	18.7431	28.463	66.4892
7	1.5913	-0.0015	-0.2861	1.418	-0.3779	1.1813	0.0007	-0.0099	-0.178	-0.1451	-0.0482	0.1289	-0.0231	-0.0258	0.0216	0.1136	0.0248	-0.0308	0.1082	0.0312	0.1527	24.1159	34.3552	57.1028
8	2.5427	0.3659	-0.5752	0.6979	-0.0929	0.7559	0.101	0.1933	-0.0282	-0.1622	-0.0755	0.1439	-0.1285	-0.0921	-0.0256	0.1909	0.0497	-0.0396	0.1823	0.0426	0.1827	20.4119	41.1612	49.4172
9	1.7639	0.5617	1.1516	1.3717	0.0809	1.735	-0.3349	-0.4452	0.5242	0.3277	0.0151	0.5733	-0.5217	-0.3294	0.2768	0.3127	0.0724	-0.046	0.2906	-0.0601	0.388	17.8453	40.8644	73.5945
10	0.8506	-0.4288	-0.448	1.2763	0.0048	1.446	0.0269	0.2922	-0.2217	-0.2342	-0.03	0.4077	0.1485	-0.4233	-0.0327	0.1887	-0.0102	-0.0542	0.2866	-0.047	0.2379	-23.6389	52.3785	43.0975
11	1.3666	-0.2177	-0.2805	1.0834	0.316	1.0879	0.0046	-0.0931	-0.0648	0.036	0.0604	-0.0388	0.0487	0.0848	-0.065	0.1677	0.0341	-0.0015	0.1484	-0.0088	0.1266	-7.3772	54.031	50.5494
12	1.4964	0.0928	-0.1477	1.1257	-0.1395	1.7	0.0514	-0.023	0.2243	-0.1775	-0.0574	-0.1252	-0.3283	0.1302	-0.0157	0.2398	-0.0052	0.0353	0.1578	-0.0154	0.1712	2.2019	68.8286	46.906
13	0.8564	0.0309	0.2847	1.4149	0.282	1.0211	0.0233	0.1163	0.0861	-0.3086	-0.0148	0.0707	-0.1302	-0.0296	-0.012	0.2055	0.0628	-0.0072	0.1396	-0.0112	0.078	-9.5007	61.1635	40.706
14	2.4603	0.4886	-1.551	1.3095	-0.4507	2.4225	-0.0217	0.1601	-0.3565	-0.2684	-0.0249	0.0963	0.2799	-0.0732	0.0345	0.2574	0.0247	-0.0174	0.1543	-0.0467	0.1747	-11.581	46.3443	39.0981
15	0.4195	-0.0504	0.3002	0.7599	0.2301	1.8294	0.0916	0.0498	-0.0011	-0.1546	0.0231	-0.3202	0.1685	0.6287	-0.1201	0.2008	0.0563	0.0159	0.2662	-0.0484	0.2257	6.7371	57.0478	50.3241
16	1.7819	-0.3805	-0.9657	0.2949	0.31	0.5739	-0.0603	0.0957	0.4341	-0.2177	0.3765	0.1786	-0.1868	-0.2645	0.175	0.6551	0.1828	-0.1122	0.3476	-0.0043	0.347	48.6194	32.4337	38.3853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 41 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 67 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 99 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 100 through 116 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 117 through 140 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 141 through 221 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 222 through 253 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 254 through 289 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 290 through 328 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 29 through 84 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 85 through 163 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 164 through 195 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 196 through 253 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 254 through 289 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 290 through 330 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 6 through 11)	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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