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- PDB-4idb: Structure of the Fragaria x ananassa enone oxidoreductase in comp... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4idb | ||||||
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Title | Structure of the Fragaria x ananassa enone oxidoreductase in complex with NADP+ | ||||||
![]() | Ripening-induced protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / medium chain dehydrogenase/reductase family / zinc-independent / Rossmann fold / Enone oxidoreductase / furaneol / hydride transfer / NADPH / NADH | ||||||
Function / homology | ![]() 2-methylene-furan-3-one reductase / furaneol oxidoreductase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis for the enzymatic formation of the key strawberry flavor compound 4-hydroxy-2,5-dimethyl-3(2H)-furanone Authors: Schiefner, A. / Sinz, Q. / Neumaier, I. / Schwab, W. / Skerra, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 148 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 114.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 751.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 754.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4idaC ![]() 4idcSC ![]() 4iddC ![]() 4ideC ![]() 4idfC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35377.387 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 17-336 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-NAP / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||||
#4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | NATURAL VARIANT AT THIS POSITION | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 21-16% (w/v) PEG3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris/HCl pH 7.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Apr 28, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→30 Å / Num. all: 64320 / Num. obs: 64320 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.66 % / Biso Wilson estimate: 26.532 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 24.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4IDC Resolution: 1.55→29.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / WRfactor Rfree: 0.165 / WRfactor Rwork: 0.1398 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9142 / SU B: 1.912 / SU ML: 0.037 / SU R Cruickshank DPI: 0.0554 / SU Rfree: 0.0584 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.058 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 150.08 Å2 / Biso mean: 24.4402 Å2 / Biso min: 11.32 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→29.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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