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- PDB-1ut6: Structure of acetylcholinesterase (E.C. 3.1.1.7) complexed with N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ut6
タイトルStructure of acetylcholinesterase (E.C. 3.1.1.7) complexed with N-9-(1',2',3',4'-Tetrahydroacridinyl)-1,8- diaminooctane at 2.4 angstroms resolution.
要素ACETYLCHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE / SERINE HYDROLASE / ACETYLCHOLINESTERASE / NEUROTRANSMITTER CLEAVAGE / ALZHEIMER'S DISEASE / BIVALENT LIGAND / DUAL-SITE BINDING / INHIBITOR / TACRINE / AMINE / HETERODIMER / SERINE ESTERASE SYNAPSE / MEMBRANE / NERVE / MUSCLE / GPI-ANCHOR NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / choline metabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / synaptic cleft / side of membrane / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Acetylcholinesterase, fish/snake / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8N / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種TORPEDO CALIFORNICA (エイ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Brumshtein, B. / Wong, D.M. / Greenblatt, H.M. / Carlier, P.R. / Pang, Y.-P. / Silman, I. / Sussman, J.L.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Complexes of Alkylene-Linked Tacrine Dimers with Torpedo Californica Acetylcholinesterase: Binding of Bis(5)-Tacrine Produces a Dramatic Rearrangement in the Active-Site Gorge.
著者: Rydberg, E.H. / Brumshtein, B. / Greenblatt, H.M. / Wong, D.M. / Shaya, D. / Williams, L.D. / Carlier, P.R. / Pang, Y.-P. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Acetylcholinesterase Complexed with Bivalent Ligands Related to Huperzine A: Experimental Evidence for Species-Dependent Protein-Ligand Complementarity
著者: Wong, D.M. / Greenblatt, H.M. / Dvir, H. / Carlier, P.R. / Han, Y.-F. / Pang, Y.-P. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999
タイトル: Heterodimeric Tacrine-Based Acetylcholinesterase Inhibitors: Investigating Ligand-Peripheral Site Interactions
著者: Carlier, P.R. / Chow, E.S.-H. / Han, Y.-F. / Liu, J. / El Yazal, J. / Pang, Y.-P.
#3: ジャーナル: J. Comput. Aided Mol. Des. / 年: 1994
タイトル: Prediction of the Binding Sites of Huperzine a in Acetylcholinesterase by Docking Studies
著者: Pang, Y.-P. / Kozikowski, A.P.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Quaternary Ligand Binding to Aromatic Residues in the Active-Site Gorge of Acetylcholinesterase
著者: Harel, M. / Schalk, I. / Ehret-Sabatier, L. / Bouet, F. / Goeldner, M. / Hirth, C. / Axelsen, P.H. / Silman, I. / Sussman, J.L.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Atomic Structure of Acetylcholinesterase from Torpedo Californica: A Prototypic Acetylcholine-Binding Protein
著者: Sussman, J.L. / Harel, M. / Frolow, F. / Oefner, C. / Goldman, A. / Toker, L. / Silman, I.
履歴
登録2003年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: citation / exptl_crystal_grow ...citation / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _citation.country / _exptl_crystal_grow.temp ..._citation.country / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年5月12日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_assembly ...chem_comp / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_assembly.details ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5624
ポリマ－60,7931
非ポリマー7703
水2,882160
1
A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子

A: ACETYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,1258
ポリマ－121,5852
非ポリマー1,5406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)111.193, 111.193, 136.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 ACETYLCHOLINESTERASE / ACHE


分子量: 60792.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: SYNTHETIC HETEROBIVALENT TACRINE-BASED DIMER, A8NH2 (N-9-(1', 2', 3', 4'-TETRAHYDROACRIDINYL)-1, 8-DIAMINOOCTANE) DIHYDROCHLORIDE WITH THE TACRINE MOIETY BOUND TO THE 'ANIONIC' SUBSITE, NEAR ...詳細: SYNTHETIC HETEROBIVALENT TACRINE-BASED DIMER, A8NH2 (N-9-(1', 2', 3', 4'-TETRAHYDROACRIDINYL)-1, 8-DIAMINOOCTANE) DIHYDROCHLORIDE WITH THE TACRINE MOIETY BOUND TO THE 'ANIONIC' SUBSITE, NEAR THE BOTTOM OF THE ACTIVE SITE GORGE, AND THE 8-AMINO MOIETY BOUND TO THE 'PERIPHERAL' ANIONIC SITE (PAS) AT THE TOP OF THE GORGE OF TCACHE. THE LIGAND, A8NH2, THUS BINDS BY SPANNING THE ACTIVE-SITE GORGE.
由来: (天然) TORPEDO CALIFORNICA (エイ) / 器官: ELECTRIC ORGAN / Variant: G2 FORM / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-A8N / N-9-(1',2',3',4'-TETRAHYDROACRIDINYL)-1,8-DIAMINOOCTANE / (9S)-9-[(8-AMMONIOOCTYL)AMINO]-1,2,3,4,9,10-HEXAHYDROACRIDINIUM


分子量: 327.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H33N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PROTEIN HYDROLYZES CHOLINE RELEASED INTO THE SYNAPSE. CATALYTIC ACTIVITY: ACETYLCHOLINE + H(2)O = CHOLINE
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE DESCRIBED BELOW IS THAT OF THE T-ISOFORM SPLICE VARIANT OF SWISSPROT ENTRY P04058 AND ...THE SEQUENCE DESCRIBED BELOW IS THAT OF THE T-ISOFORM SPLICE VARIANT OF SWISSPROT ENTRY P04058 AND ANNOTATED IN FTID=VSP_001460 GLU A 536 SWS P04058 ALA 557 THR A 537 SWS P04058 CYS 558

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.56 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.8
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 28-33% V/V PEG 200 0.5M MES PH 5.8 AT 4 DEG. CELSIUS; THEN SOAKED IN MOTHER LIQUOR (40% V/V PEG 200 IN 0.1 M MES BUFFER, PH 5.8) CONTAINING 2MM N-9-(1',2',3',4'- ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 28-33% V/V PEG 200 0.5M MES PH 5.8 AT 4 DEG. CELSIUS; THEN SOAKED IN MOTHER LIQUOR (40% V/V PEG 200 IN 0.1 M MES BUFFER, PH 5.8) CONTAINING 2MM N-9-(1',2',3',4'-TETRAHYDROACRIDINYL) -1,8-DIAMINOOCTANE BIS-HYDROCHLORIDE (A8NH2.2HCL)

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月18日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL MIRRO
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 38785 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.22 % / Biso Wilson estimate: 37.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 9.95 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACE

2ace


解像度: 2.4→29.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1843636.65 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: SEVERAL RESIDUES ARE NOT SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE, DUE TO DISORDER. THESE INCLUDE ASP A1, ASP A2, HIS A3 AND THE C-TERMINAL RESIDUES AFTER THR A535. SEVERAL RESIDUES MISSING IN CHAIN ...詳細: SEVERAL RESIDUES ARE NOT SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE, DUE TO DISORDER. THESE INCLUDE ASP A1, ASP A2, HIS A3 AND THE C-TERMINAL RESIDUES AFTER THR A535. SEVERAL RESIDUES MISSING IN CHAIN BREAK, FROM HIS A486 - GLU A489 (INCLUSIVE).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1873 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 37571 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.7999 Å2 / ksol: 0.351354 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.8 Å27.96 Å20 Å2
2--9.8 Å20 Å2
3----19.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4181 0 52 160 4393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9422
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9532.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 187 5.1 %
Rwork0.309 3504 -
obs--95.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2A8N_1.PARA8N.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CIS_PEPTIDE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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