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検索 (著者・登録者: sekine & s)の結果150件中、1から50件目までを表示しています

EMDB-64225:
RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-4) of the H3-H4 octasome
手法: 単粒子 / : Ho CH, Nozawa K, Nishimura M, Oi M, Kujirai T, Ogasawara M, Ehara H, Sekine S, Takizawa Y, Kurumizaka H

EMDB-64226:
RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-0.5) of the H3-H4 octasome (tetrasome)
手法: 単粒子 / : Ho CH, Nozawa K, Nishimura M, Oi M, Kujirai T, Ogasawara M, Ehara H, Sekine S, Takizawa Y, Kurumizaka H

PDB-9ujs:
RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-4) of the H3-H4 octasome
手法: 単粒子 / : Ho CH, Nozawa K, Nishimura M, Oi M, Kujirai T, Ogasawara M, Ehara H, Sekine S, Takizawa Y, Kurumizaka H

PDB-9ujt:
RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-0.5) of the H3-H4 octasome (tetrasome)
手法: 単粒子 / : Ho CH, Nozawa K, Nishimura M, Oi M, Kujirai T, Ogasawara M, Ehara H, Sekine S, Takizawa Y, Kurumizaka H

EMDB-68371:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, Spt6 reconstruction)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-68372:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, Spt6-Set2(AID) reconstruction)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-68373:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, Nucleosome-Set2(CD) reconstruction)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-66103:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type B)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-66104:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type A)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-66105:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type A)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-66106:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type B)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-66107:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, FACT-hexamer)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

PDB-9wms:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type B)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

PDB-9wmt:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type A)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

PDB-9wmu:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type A)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

PDB-9wmv:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type B)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

PDB-9wmw:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, FACT-hexamer)
手法: 単粒子 / : Kujirai T, Ehara H, Ito T, Henmi M, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-60592:
RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-5) of the nucleosome containing histone variant H2A.B
手法: 単粒子 / : Akatsu M, Kujirai T, Hirano R, Ehara H, Takizawa Y, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-60593:
RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome containing histone variant H2A.B
手法: 単粒子 / : Akatsu M, Kujirai T, Rina H, Ehara H, Takizawa Y, Sekine S, Kurumizaka H

PDB-9ii7:
RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome containing histone variant H2A.B
手法: 単粒子 / : Akatsu M, Kujirai T, Rina H, Ehara H, Takizawa Y, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-61058:
Paused elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (PEC2-nuc)
手法: 単粒子 / : Naganuma M, Kujirai T, Ehara H, Uejima T, Ito T, Goto M, Aoki M, Henmi M, Miyamoto-Kohno S, Shirouzu M, Kurumizaka H, Sekine S

EMDB-61059:
Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC1-nuc)
手法: 単粒子 / : Naganuma M, Kujirai T, Ehara H, Uejima T, Ito T, Goto M, Aoki M, Henmi M, Miyamoto-Kohno S, Shirouzu M, Kurumizaka H, Sekine S

EMDB-61060:
Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC2-nuc)
手法: 単粒子 / : Naganuma M, Kujirai T, Ehara H, Uejima T, Ito T, Goto M, Aoki M, Henmi M, Miyamoto-Kohno S, Shirouzu M, Kurumizaka H, Sekine S

PDB-9j0n:
Paused elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (PEC2-nuc)
手法: 単粒子 / : Naganuma M, Kujirai T, Ehara H, Uejima T, Ito T, Goto M, Aoki M, Henmi M, Miyamoto-Kohno S, Shirouzu M, Kurumizaka H, Sekine S

PDB-9j0o:
Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC1-nuc)
手法: 単粒子 / : Naganuma M, Kujirai T, Ehara H, Uejima T, Ito T, Goto M, Aoki M, Henmi M, Miyamoto-Kohno S, Shirouzu M, Kurumizaka H, Sekine S

PDB-9j0p:
Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC2-nuc)
手法: 単粒子 / : Naganuma M, Kujirai T, Ehara H, Uejima T, Ito T, Goto M, Aoki M, Henmi M, Miyamoto-Kohno S, Shirouzu M, Kurumizaka H, Sekine S

EMDB-38877:
Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (closed form)
手法: 単粒子 / : Tanaka H, Nishimura M, Takizawa Y, Nozawa K, Ehara H, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-38878:
Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (intermediate form2)
手法: 単粒子 / : Tanaka H, Nishimura M, Takizawa Y, Nozawa K, Ehara H, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-38879:
Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (open form)
手法: 単粒子 / : Tanaka H, Nishimura M, Takizawa Y, Nozawa K, Ehara H, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-38880:
Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (intermediate form1)
手法: 単粒子 / : Tanaka H, Nishimura M, Takizawa Y, Nozawa K, Ehara H, Sekine S, Kurumizaka H

PDB-8y3c:
Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (closed form)
手法: 単粒子 / : Tanaka H, Nishimura M, Takizawa Y, Nozawa K, Ehara H, Sekine S, Kurumizaka H

PDB-8y3d:
Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (intermediate form2)
手法: 単粒子 / : Tanaka H, Nishimura M, Takizawa Y, Nozawa K, Ehara H, Sekine S, Kurumizaka H

PDB-8y3e:
Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (open form)
手法: 単粒子 / : Tanaka H, Nishimura M, Takizawa Y, Nozawa K, Ehara H, Sekine S, Kurumizaka H

PDB-8y3f:
Cryo-EM structure of the overlapping di-nucleosome (intermediate form1)
手法: 単粒子 / : Tanaka H, Nishimura M, Takizawa Y, Nozawa K, Ehara H, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-39211:
Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex
手法: 単粒子 / : Yanagisawa T, Murayama Y, Ehara H, Sekine SI

EMDB-39221:
Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex
手法: 単粒子 / : Yanagisawa T, Murayama Y, Ehara H, Sekine SI

EMDB-39226:
Cryo EM structure of Komagataella phaffii RNAPII-Rat1-Rai1 pre-termination complex
手法: 単粒子 / : Murayama Y, Yanagisawa T, Ehara H, Sekine S

EMDB-39227:
Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft
手法: 単粒子 / : Murayama Y, Yanagisawa T, Ehara H, Sekine S

PDB-8yf5:
Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex
手法: 単粒子 / : Yanagisawa T, Murayama Y, Ehara H, Sekine SI

PDB-8yfe:
Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex
手法: 単粒子 / : Yanagisawa T, Murayama Y, Ehara H, Sekine SI

PDB-8yfq:
Cryo EM structure of Komagataella phaffii RNAPII-Rat1-Rai1 pre-termination complex
手法: 単粒子 / : Murayama Y, Yanagisawa T, Ehara H, Sekine S

PDB-8yfr:
Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1 complex bound within the RNAPII cleft
手法: 単粒子 / : Murayama Y, Yanagisawa T, Ehara H, Sekine S

EMDB-39119:
Cryo-EM structure of human nucleosome core particle composed of the Widom 601 DNA sequence
手法: 単粒子 / : Kimura T, Hirai S, Kujirai T, Ogasawara M, Takizawa Y, Kurumizaka H

EMDB-39120:
Cryo-EM structure of the human nucleosome containing the H3.1 E97K mutant
手法: 単粒子 / : Kimura T, Hirai S, Kujirai T, Ogasawara M, Takizawa Y, Kurumizaka H

PDB-8ybj:
Cryo-EM structure of human nucleosome core particle composed of the Widom 601 DNA sequence
手法: 単粒子 / : Kimura T, Hirai S, Kujirai T, Ogasawara M, Takizawa Y, Kurumizaka H

PDB-8ybk:
Cryo-EM structure of the human nucleosome containing the H3.1 E97K mutant
手法: 単粒子 / : Kimura T, Hirai S, Kujirai T, Ogasawara M, Takizawa Y, Kurumizaka H

EMDB-34022:
Cryo-EM structure of human topoisomerase II beta in complex with DNA and etoposide
手法: 単粒子 / : Naganuma M, Ehara H, Kim D, Nakagawa R, Cong A, Bu H, Jeong J, Jang J, Schellenberg MJ, Bunch H, Sekine S

PDB-7yq8:
Cryo-EM structure of human topoisomerase II beta in complex with DNA and etoposide
手法: 単粒子 / : Naganuma M, Ehara H, Kim D, Nakagawa R, Cong A, Bu H, Jeong J, Jang J, Schellenberg MJ, Bunch H, Sekine S

EMDB-36251:
RNA polymerase II elongation complex bound with Elf1, Spt4/5 and foreign DNA, stalled at SHL(-1) of the nucleosome
手法: 単粒子 / : Akatsu M, Fujita R, Ogasawara M, Ehara H, Kujirai T, Takizawa Y, Sekine S, Kurumizaka H

EMDB-36252:
RNA polymerase II elongation complex containing 40 bp upstream DNA loop, stalled at SHL(-1) of the nucleosome
手法: 単粒子 / : Akatsu M, Fujita R, Ogasawara M, Ehara H, Kujirai T, Takizawa Y, Sekine S, Kurumizaka H

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EMN検索について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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EMN検索

3次元電子顕微鏡データ検索

豊富な検索条件と表示条件で、EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリを検索できます。

関連情報:EMDB / PDB / EM Navigator / Q: EM Navigatorの情報源は？ / 万見検索 / 2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

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