[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural basis of transcription-coupled H3K36 trimethylation by Set2 in coordination with FACT.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 12, Issue 5, Page eaed1952, Year 2026
掲載日2026年1月30日
著者Tomoya Kujirai / Haruhiko Ehara / Tomoko Ito / Masami Henmi / Eriko Oya / Takehiko Kobayashi / Shun-Ichi Sekine / Hitoshi Kurumizaka /
PubMed 要旨Trimethylation of the histone H3K36 residue (H3K36me3) plays an indispensable role in ensuring transcription fidelity by suppressing undesired cryptic transcription in chromatin. H3K36me3 ...Trimethylation of the histone H3K36 residue (H3K36me3) plays an indispensable role in ensuring transcription fidelity by suppressing undesired cryptic transcription in chromatin. H3K36me3 modification is accomplished by Set2/SETD2 during transcription elongation by the RNA polymerase II elongation complex (EC). Here, we found that Set2-mediated H3K36me3 deposition occurs on the nucleosome reassembling behind the EC. The histone chaperone FACT suppresses H3K36me3 deposition on the downstream nucleosome, thereby ensuring that Set2 targets specifically on the reassembling upstream nucleosome. Cryo-electron microscopy structures of the nucleosome-transcribing EC complexed with Set2 revealed that Set2 is anchored by the Spt6 subunit of the EC to capture both of the H3 N-terminal tails in a stepwise manner during the nucleosome reassembly process. Abrogation of the Set2-EC interaction leads to defective transcription-coupled H3K36me3 deposition. These insights elucidate the structure-based mechanism of transcription-coupled H3K36me3 deposition in chromatin.
リンクSci Adv / PubMed:41604494 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 4.66 Å
構造データ

66103

9wms

EMDB-66103, PDB-9wms:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

66104

9wmt

EMDB-66104, PDB-9wmt:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, type A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

66105

9wmu

EMDB-66105, PDB-9wmu:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.28 Å

66106

9wmv

EMDB-66106, PDB-9wmv:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp130, type B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.66 Å

66107

9wmw

EMDB-66107, PDB-9wmw:
Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, FACT-hexamer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

由来
  • Komagataella phaffii (菌類)
  • komagataella phaffii gs115 (菌類)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
  • komagataella phaffii (strain gs115 / atcc 20864) (菌類)
キーワードTRANSCRIPTION / chromatin / nucleosome

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る