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- PDB-9ii7: RNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ii7
タイトルRNA polymerase II elongation complex stalled at SHL(-1) of the nucleosome containing histone variant H2A.B
要素
  • (DNA (198-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
  • (RNA polymerase II ...) x 4
  • (RNA polymerase subunit ABC10- ...) x 2
  • (Transcription elongation factor ...) x 3
  • Histone H2A-Bbd type 2/3
  • Histone H2B type 1-J
  • Histone H3.3
  • Histone H4
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*G)-3')
  • RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription-DNA-RNA COMPLEX / RNAPII
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of septum digestion after cytokinesis / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / RNA polymerase I core binding / DSIF complex / regulation of rRNA processing / intracellular mRNA localization ...negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / regulation of septum digestion after cytokinesis / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / RNA polymerase I core binding / DSIF complex / regulation of rRNA processing / intracellular mRNA localization / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / rDNA heterochromatin / transcription elongation factor complex / intracellular phosphate ion homeostasis / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / snRNP binding / U4 snRNA binding / transcription elongation factor activity / chromatin-protein adaptor activity / kinetochore assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / spliceosomal complex assembly / RNA polymerase II complex binding / termination of RNA polymerase II transcription / U5 snRNA binding / termination of RNA polymerase I transcription / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / chromosome, centromeric region / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / positive regulation of translational initiation / mitotic metaphase chromosome alignment / U2 snRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U6 snRNA binding / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / U1 snRNA binding / pericentric heterochromatin / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / termination of RNA polymerase III transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / negative regulation of megakaryocyte differentiation / RNA polymerase II, core complex / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / protein localization to CENP-A containing chromatin / transcription by RNA polymerase I / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / transcription-coupled nucleotide-excision repair / translation initiation factor binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / positive regulation of autophagy / telomere organization / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / translesion synthesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / Meiotic synapsis / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Transcriptional regulation by small RNAs / lipopolysaccharide binding / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / euchromatin / HDMs demethylate histones / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / transcription elongation by RNA polymerase II / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / G2/M DNA damage checkpoint / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Meiotic recombination / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / : ...Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / : / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / S1 domain profile. / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / : / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / Zinc finger, TFIIS-type / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / S1 RNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase subunit ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit / Transcription elongation factor SPT4 / Histone H2B type 1-J / Histone H2A-Bbd type 2/3 / Histone H4 / Histone H3.3
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Akatsu, M. / Kujirai, T. / Rina, H. / Ehara, H. / Takizawa, Y. / Sekine, S. / Kurumizaka, H.
資金援助 日本, 10件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K15033 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K06098 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23H05475 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23K17392 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24H02328 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
Japan Science and TechnologyJPMJSP2108 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24ama121009 日本
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2025
タイトル: Structural basis of RNAPII transcription on the nucleosome containing histone variant H2A.B.
著者: Munetaka Akatsu / Rina Hirano / Tomoya Kujirai / Mitsuo Ogasawara / Haruhiko Ehara / Shun-Ichi Sekine / Yoshimasa Takizawa / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: H2A.B is a distant histone H2A variant associated with actively transcribed regions of the genome, suggesting its positive role in promoting transcription. In the present study, we demonstrate that ...H2A.B is a distant histone H2A variant associated with actively transcribed regions of the genome, suggesting its positive role in promoting transcription. In the present study, we demonstrate that the RNA polymerase II elongation complex (EC) transcribes the nucleosome containing H2A.B more efficiently than that with canonical H2A in vitro. Our cryo-electron microscopy analysis of the H2A.B nucleosome during transcription revealed that the proximal H2A.B-H2B dimer is released from the nucleosome as the EC transcribes the proximal half of the nucleosomal DNA. This dissociation, which is not observed in the canonical H2A nucleosome, likely enhances the EC elongation efficiency in the H2A.B nucleosome. Mutational analyses suggested that the unique short C-terminal region of H2A.B alone enhances EC elongation efficiency when substituted for its counterpart in canonical H2A. Additionally, other regions of H2A.B contribute to this enhancement. These structural and biochemical findings provide new insights into the role of H2A.B in regulating gene expression.
履歴
登録2024年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
D: RNA polymerase II subunit B32
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
G: RNA polymerase II subunit
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
K: RNA polymerase II subunit B12.5
L: RNA polymerase subunit ABC10-alpha
M: Transcription elongation factor 1 homolog
N: DNA (198-MER)
P: RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*G)-3')
T: DNA (198-MER)
V: Transcription elongation factor SPT4
W: Transcription elongation factor SPT5
a: Histone H3.3
b: Histone H4
c: Histone H2A-Bbd type 2/3
d: Histone H2B type 1-J
e: Histone H3.3
f: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)844,87535
ポリマ－844,19724
非ポリマー67811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit Rpb1


分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R4Y0, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II subunit Rpb2


分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4QZQ7, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QPE6

-
RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

#3: タンパク質 RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / RNA polymerase II subunit Rpb3


分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R7L2
#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit B32 / RNA polymerase II subunit Rpb4


分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R2U9
#7: タンパク質 RNA polymerase II subunit / RNA polymerase II subunit Rpb7


分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R9A1
#11: タンパク質 RNA polymerase II subunit B12.5 / RNA polymerase II subunit Rpb11


分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R3Z5

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit Rpb5


分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R3P8
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit Rpb8


分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R273

-
タンパク質 , 5種, 7分子 Faebfcd

#6: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase II subunit Rpb6


分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R1V1
#19: タンパク質 Histone H3.3


分子量: 15360.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H3-3A, H3.3A, H3F3, H3F3A, PP781, H3-3B, H3.3B, H3F3B
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84243
#20: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#21: タンパク質 Histone H2A-Bbd type 2/3 / H2A Barr body-deficient / H2A.Bbd


分子量: 12732.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AB2, H2AFB2, H2AB3, H2ABBD, H2AFB, H2AFB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C5Z0
#22: タンパク質 Histone H2B type 1-J / Histone H2B.1 / Histone H2B.r / H2B/r


分子量: 13935.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2BJ, H2BFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899

-
RNA polymerase subunit ABC10- ... , 2種, 2分子 JL

#10: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase II subunit Rpb10


分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R009
#12: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-alpha / RNA polymerase II subunit Rpb12


分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QMI1

-
Transcription elongation factor ... , 3種, 3分子 MVW

#13: タンパク質 Transcription elongation factor 1 homolog


分子量: 12395.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_c121_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4QZ45
#17: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4


分子量: 12627.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: SPT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QTA2
#18: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5


分子量: 101248.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr3_1136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R370

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 DNA (198-MER)


分子量: 61381.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#16: DNA鎖 DNA (198-MER)


分子量: 60869.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#15: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*CP*GP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*G)-3')


分子量: 5123.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 11分子

#23: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA polymerase II - nucleosome complexCOMPLEX#1-#220MULTIPLE SOURCES
2RNA polymerase IICOMPLEX#1-#131NATURAL
3HistonesCOMPLEX#19-#221RECOMBINANT
4DNACOMPLEX#14, #161RECOMBINANT
5RNACOMPLEX#151RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Komagataella phaffii (菌類)460519
23Homo sapiens (ヒト)9606
34synthetic construct (人工物)32630
45synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES-KOH(pH7.5), 200 nM Zinc acetate, 0.1 mM TCEP-HCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES-KOH(pH7.5)1
2200 nMZinc acetate(CH3COO)2Zn1
30.1 mMTCEP-HCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: dsDNA concentration is 0.06 mg/mL. This sample contains 0.003% NP-40.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 1.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 297456 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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