PDB: 296 件ウェブページステータス検索Chemie searchBIRD

---

3MFI	DNA Polymerase Eta in Complex With a cis-syn Thymidine Dimer 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, 5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*(DOC))-3', 5'-D(*TP*AP*AP*(TTD)P*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*C)-3', ... 著者 Silverstein, T.D, Johnson, R.E, Jain, R, Prakash, L, Prakash, S, Aggarwal, A.K. 登録日 2010-04-02 公開日 2010-06-23 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.76 Å) 主引用文献 Structural basis for the suppression of skin cancers by DNA polymerase eta. Nature, 465, 2010
3MFH	DNA Polymerase Eta in Complex With Undamaged DNA 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, 5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*(DOC))-3', 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*C)-3', ... 著者 Silverstein, T.D, Johnson, R.E, Jain, R, Prakash, L, Prakash, S, Aggarwal, A.K. 登録日 2010-04-02 公開日 2010-06-23 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2 Å) 主引用文献 Structural basis for the suppression of skin cancers by DNA polymerase eta. Nature, 465, 2010
8SKI	Crystal structure of human DNA polymerase eta incorporating 5F-dUTP across HX 分子名称: 2'-deoxy-5-fluorouridine 5'-(tetrahydrogen triphosphate), CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'), ... 著者 Jung, H. 登録日 2023-04-19 公開日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.163 Å) 主引用文献 Crystal structure of human DNA polymerase eta incorporating 5F-dUTP across dA To Be Published
7L69	Crystal structure of human polymerase eta complexed with syn N7-benzylguanine 分子名称: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*TP*(7BG)P*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta 著者 Jung, H, Lee, S. 登録日 2020-12-23 公開日 2022-01-05 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.91 Å) 主引用文献 Crystal structure of human polymerase eta complexed with syn N7-benzylguanine To Be Published
2I5O	Solution Structure of the Ubiquitin-Binding Zinc Finger (UBZ) Domain of the Human DNA Y-Polymerase Eta 分子名称: DNA polymerase eta, ZINC ION 著者 Zhou, P, Bomar, M.G. 登録日 2006-08-25 公開日 2007-03-13 最終更新日 2024-05-29 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structure of the ubiquitin-binding zinc finger domain of human DNA Y-polymerase eta. Embo Rep., 8, 2007
3TQ1	Human DNA Polymerase eta in binary complex with DNA 分子名称: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta 著者 Ummat, A, Silverstein, T.D, Jain, R, Buku, A, Johnson, R.E, Prakash, L, Prakash, S, Aggarwal, A.K. 登録日 2011-09-08 公開日 2012-02-08 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.556 Å) 主引用文献 Human DNA Polymerase Eta Is Pre-Aligned for dNTP Binding and Catalysis. J.Mol.Biol., 415, 2012
6UI2	Structure of human DNA polymerase eta complexed with N7MG in the template base paired with incoming non-hydrolyzable CTP 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*TP*(FMG)P*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Koag, M.C, Lee, S. 登録日 2019-09-30 公開日 2020-01-15 最終更新日 2023-10-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.35 Å) 主引用文献 Bypass of the Major Alkylative DNA Lesion by Human DNA Polymerase eta. Molecules, 24, 2019
6UQI	Crystal structure of Q38A human DNA polymerase eta bound with 8-oxoadenine (oxoA) and non-hydrolyzable dGTP analog (dGTP*) 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*TP*(A38)P*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3'), ... 著者 Jung, H, Lee, S. 登録日 2019-10-19 公開日 2020-10-28 最終更新日 2023-10-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Crystal structure of Q38A human DNA polymerase eta bound with 8-oxoadenine (oxoA) and non-hydrolyzable dGTP analog (dGTP*) To Be Published
6D0M	Polymerase Eta post-insertion binary complex with cytarabine (AraC) 分子名称: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, DNA/RNA (5'-D(*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*T)-R(P*(CAR))-3'), ... 著者 Rechkoblit, O, Aggarwal, A.K. 登録日 2018-04-10 公開日 2018-09-05 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.832 Å) 主引用文献 Structural basis for polymerase eta-promoted resistance to the anticancer nucleoside analog cytarabine. Sci Rep, 8, 2018
3JAA	HUMAN DNA POLYMERASE ETA in COMPLEX WITH NORMAL DNA AND INCO NUCLEOTIDE (NRM) 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*T*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3, DNA (5'-D(*TP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), ... 著者 Lau, W.C.Y, Li, Y, Zhang, Q, Huen, M.S.Y. 登録日 2015-05-19 公開日 2015-12-23 最終更新日 2024-03-20 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (22 Å) 主引用文献 Molecular architecture of the Ub-PCNA/Pol eta complex bound to DNA Sci Rep, 5, 2015
6D0Z	Polymerase Eta cytarabine (AraC) extension ternary complex 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*T)-3'), DNA polymerase eta, ... 著者 Rechkoblit, O, Aggarwal, A.K. 登録日 2018-04-11 公開日 2018-09-05 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.75 Å) 主引用文献 Structural basis for polymerase eta-promoted resistance to the anticancer nucleoside analog cytarabine. Sci Rep, 8, 2018
3WUP	Crystal Structure of the Ubiquitin-Binding Zinc Finger (UBZ) Domain of the Human DNA Polymerase Eta 分子名称: CHLORIDE ION, DNA polymerase eta, GLYCEROL, ... 著者 Suzuki, N, Wakatsuki, S, Kawasaki, S. 登録日 2014-05-01 公開日 2015-06-17 最終更新日 2024-05-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.6 Å) 主引用文献 A novel mode of ubiquitin recognition by the ubiquitin-binding zinc finger domain of WRNIP1. Febs J., 283, 2016
3SI8	Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex with the 5'T of a CPD in the active site (TT2) 分子名称: (2R,3S,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-tetrahydro-2-(hydroxymethyl)furan-3-ol, 1,2-ETHANEDIOL, 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, ... 著者 Biertumpfel, C, Zhao, Y, Kondo, Y, Ramon-Maiques, S, Gregory, M, Lee, J.Y, Masutani, C, Lehmann, A.R, Hanaoka, F, Yang, W. 登録日 2011-06-17 公開日 2011-08-03 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.15 Å) 主引用文献 Structure and mechanism of human DNA polymerase eta. Nature, 465, 2010
6V5K	Crystal structure of human DNA polymerase eta complexed with N7-nitrogen half-mustard guanine (NHMG) and dCTP* 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine, DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*T*(QRV)P*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3'), ... 著者 Jung, H, Lee, S. 登録日 2019-12-04 公開日 2020-12-09 最終更新日 2023-10-11 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.69 Å) 主引用文献 Crystal structure of human DNA polymerase eta complexed with N7-nitrogen half-mustard guanine (NHMG) and dCTP* To Be Published
6W5X	Crystal structure of human polymerase eta complexed with N7-benzylguanine and dCTP* 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine, DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*TP*(DRG)P*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3'), ... 著者 Jung, H, Lee, S. 登録日 2020-03-14 公開日 2021-03-17 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.59 Å) 主引用文献 Crystal structure of human polymerase eta complexed with N7-benzylguanine and dCTP* To Be Published
6WK6	Crystal structure of human polymerase eta complexed with Xanthine containing DNA 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine, DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*TP*(3ZO)P*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3'), ... 著者 Jung, H, Lee, S. 登録日 2020-04-15 公開日 2021-01-06 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.35 Å) 主引用文献 Structural insights into the bypass of the major deaminated purines by translesion synthesis DNA polymerase. Biochem.J., 477, 2020
5VTP	X-ray diffraction data of DNA Polymerase Eta (RAD30) of Saccharomyces cerevisiae with a single magnesium bound in absence of DNA and incoming dNTP 分子名称: DNA polymerase eta, MAGNESIUM ION 著者 Powers, K.T, Washington, M.T. 登録日 2017-05-17 公開日 2018-01-24 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.8 Å) 主引用文献 The C-terminal region of translesion synthesis DNA polymerase eta is partially unstructured and has high conformational flexibility. Nucleic Acids Res., 46, 2018
4ECV	Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex: Reaction in the AT crystal at pH 7.0 for 230 sec 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DIPHOSPHATE, ... 著者 Nakamura, T, Zhao, Y, Yang, W. 登録日 2012-03-26 公開日 2012-07-11 最終更新日 2024-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.521 Å) 主引用文献 Watching DNA polymerase eta make a phosphodiester bond Nature, 487, 2012
4ED7	Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex: TG crystal at pH 7.0 (K+ MES) with 1 Ca2+ ion 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*GP*CP*G)-3'), ... 著者 Nakamura, T, Zhao, Y, Yang, W. 登録日 2012-03-27 公開日 2012-07-11 最終更新日 2024-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.717 Å) 主引用文献 Watching DNA polymerase eta make a phosphodiester bond Nature, 487, 2012
4ECR	Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex: Reaction in the AT crystal at pH 7.0 for 40 sec 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), ... 著者 Nakamura, T, Zhao, Y, Yang, W. 登録日 2012-03-26 公開日 2012-07-11 最終更新日 2024-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.892 Å) 主引用文献 Watching DNA polymerase eta make a phosphodiester bond Nature, 487, 2012
4ECY	Human DNA polymerase eta - DNA ternary complex: AT crystal at pH 6.0 (Na+ MES) with 1 Ca2+ ion 分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*T)-3'), ... 著者 Nakamura, T, Zhao, Y, Yang, W. 登録日 2012-03-26 公開日 2012-07-11 最終更新日 2024-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.943 Å) 主引用文献 Watching DNA polymerase eta make a phosphodiester bond Nature, 487, 2012
4RNN	Crystal structure of human polymerase eta inserting dGMPnPP opposite DNA template containing an abasic site 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]guanosine, DNA polymerase eta, GLYCEROL, ... 著者 Patra, A, Egli, M. 登録日 2014-10-24 公開日 2015-02-18 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.808 Å) 主引用文献 Structural and Kinetic Analysis of Nucleoside Triphosphate Incorporation Opposite an Abasic Site by Human Translesion DNA Polymerase eta. J.Biol.Chem., 290, 2015
4RU9	Crystal structure of human DNA polymerase eta inserting dCMPNPP opposite a MeFapy-dG adducted DNA template 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine, DNA polymerase eta, MAGNESIUM ION, ... 著者 Patra, A, Egli, M. 登録日 2014-11-18 公開日 2015-08-05 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.65 Å) 主引用文献 Structural Basis for Error-Free Bypass of the 5-N-Methylformamidopyrimidine-dG Lesion by Human DNA Polymerase eta and Sulfolobus solfataricus P2 Polymerase IV. J.Am.Chem.Soc., 137, 2015
4RNM	Crystal structure of human polymerase eta inserting dAMPnPP opposite DNA template containing an abasic site 分子名称: 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine, DNA Primar: AGCGTCAT, DNA Template: CAT(3DR)ATGACGCT, ... 著者 Patra, A, Egli, M. 登録日 2014-10-24 公開日 2015-02-18 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.144 Å) 主引用文献 Structural and Kinetic Analysis of Nucleoside Triphosphate Incorporation Opposite an Abasic Site by Human Translesion DNA Polymerase eta. J.Biol.Chem., 290, 2015
4RNO	Crystal structure of human polymerase eta extending an abasic site-dA pair by inserting dCTP opposite template G 分子名称: 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE, CALCIUM ION, DNA polymerase eta, ... 著者 Patra, A, Egli, M. 登録日 2014-10-24 公開日 2015-02-18 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.82 Å) 主引用文献 Structural and Kinetic Analysis of Nucleoside Triphosphate Incorporation Opposite an Abasic Site by Human Translesion DNA Polymerase eta. J.Biol.Chem., 290, 2015

 

123456789101112>